次の実験に向けて理想的なマルチオミクスアプローチを決定するのは、困難な作業となることがあります。この表は、お客様のニーズに最適なオミクスソリューションを選択する際の参考になるように作られています。バルクシーケンス、シングルセル、空間シーケンス法などのマルチモーダル技術の利点とソリューションを確認し、次回のマルチオミクス研究の幅を広げ、生物学の理解を深める方法を探ります。
バルクシーケンスとは、細胞集団、組織、その他のサンプルをプールして平均的な測定値を得るアプローチを指します。この手法は、サンプル間の差異を評価する際、費用対効果の高い幅広い分析に有用です。
| 主な利点 | ライブラリー調製 | システム | インフォマティクス | |
|---|---|---|---|---|
ゲノミクス |
||||
| 全ゲノムシーケンス | ゲノム全体の考察 | |||
| エクソームシーケンス | エクソンバリアントの検出 | |||
| 主な利点 | ライブラリー調製 | システム | インフォマティクス | |
|---|---|---|---|---|
トランスクリプトミクス |
||||
| トータルRNA-Seq | 完全なトランスクリプトームデータを入手 | |||
| mRNA-Seq | コーディングトランスクリプトームを閲覧 | |||
| 主な利点 | ライブラリー調製 | システム | インフォマティクス | |
|---|---|---|---|---|
プロテオミクス |
||||
| NGSベースのプロテオミクス | 幅広い発見パネルでタンパク質定量レベルを同定 |
|
||
| 主な利点 | ライブラリー調製 | システム | インフォマティクス | |
|---|---|---|---|---|
トランスクリプトミクス + プロテオミクス |
||||
| BEN-Seq | 遺伝子発現と表面タンパク質発現プロファイルの同時取得 | |||
| 主な利点 | ライブラリー調製 | システム | インフォマティクス | |
|---|---|---|---|---|
リキッドバイオプシー |
||||
| ctDNAシーケンス | 固形腫瘍の血漿中のctDNAを検出する非侵襲的なアプローチ | |||
| 主な利点 | ライブラリー調製 | システム | インフォマティクス | |
|---|---|---|---|---|
固形腫瘍 |
||||
| ターゲットがんスクリーニング | シングルアッセイで全ての変異クラスとIOバイオマーカーを同定する | |||
シングルセルシーケンスは、個々の細胞の解像度でオミクスシーケンスを解析できる高度な手法です。このようなアプローチにより、研究者はバルクシーケンス研究では見逃される可能性のある集団の不均一性を包括的に評価することができます。
| 主な利点 | ソリューション | 詳細はこちら | ||
|---|---|---|---|---|
トランスクリプトミクス |
||||
| シングルセルシーケンス | Illumina Single Cell 3' RNA Prep | イルミナのアクセス可能で拡張性の高いシングルセルテクノロジー | Illumina Single Cell 3' RNA Prepは、NovaSeq X、NovaSeq 6000システム、NextSeq 1000および2000プラットフォームに対応しています。データ解析はDRAGEN、Partek、Ilumina Connected Analyticsにより提供されます。 | 詳細はこちら |
| RNA | シングルセルRNA-Seq | トランスクリプトームの細胞間のバリエーションを明らかにする | シングルセルRNA-Seq法は、NovaSeq 6000システムおよびNextSeq 2000プラットフォームとの互換性があり、ライブラリー調製とデータ解析は10X Genomics、またはIllumina DRAGEN Single Cell BaseSpace Appにより提供されます。 | 10X Genomicsの詳細はこちら |
| 主な利点 | ソリューション | 詳細はこちら | ||
|---|---|---|---|---|
エピジェネティクス |
||||
| エピジェネティクス | シングルセルATAC-Seq | クロマチンアクセシビリティのパターンにアクセスして、細胞間のバリエーションを考察する | シングルセルATAC-Seq法は、NovaSeq 6000システムおよびNextSeq 2000プラットフォームとの互換性があり、ライブラリー調製とデータ解析は10X Genomics、およびBowtie 2やSatija LabによるSeuratといったオープンソースツールにより提供されます。 | 10X Genomicsの詳細はこちら |
| RNA + エピジェネティクス | Single-Cell Gene Expression + ATAC-Seq | シングルセルレベルでトランスクリプトームとクロマチンアクセシビリティのパターンを相関付ける | NovaSeq 6000システムおよびNextSeq 2000プラットフォーム上で、10X GenomicsのMultiome Single-Cell ATAC-Seq + 遺伝子発現調製キットを使用します。 | テクニカルノートをダウンロードする |
| 主な利点 | ソリューション | 詳細はこちら | ||
|---|---|---|---|---|
プロテオミクス |
||||
| RNA + プロテオミクス | CITE-Seq | シングルセル解像度で、遺伝子発現レベルと表面タンパク質発現レベルを同時評価する | CITE-SeqはNovaSeq 6000システムおよびNextSeq 2000プラットフォームとの互換性があり、BDまたはBioLegendの互換性ある抗体、および10X Genomicsのシングルセル調製キットを備えています。解析ツールは10x Genomics、BDまたはBioLegendからも入手できます。 | BioLegendソリューションの詳細はこちら |
| 主な利点 | ソリューション | 詳細はこちら | ||
|---|---|---|---|---|
| DNA + タンパク質 | プロテオミクス | シングルセル解像度で、既知の腫瘍ゲノムバリアントを細胞表面タンパク質と相関づける | 腫瘍サンプル用Mission Bio DNA + タンパク質パネルは、NextSeq 2000プラットフォームと互換性があり、BioLegendの互換性ある抗体、Mission Bioの調製装置、調整キット、および分析ツールを備えています。 | Mission BioのTapestriプラットフォームの詳細はこちら |
空間シーケンス法は、組織の構造を保持したままオミクス情報を統合することで、細胞の活動と情報をコンテキストに基づいて把握することができます。これにより、研究者は、複雑な組織の構造と機能を解明するための前例のない知見を得ることができます。
| 主な利点 | ソリューション | 詳細はこちら | ||
|---|---|---|---|---|
| RNA | RNA-Seq Spatial | ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）または新鮮凍結組織切片内の関心特定領域からの遺伝子発現パターンを理解する | RNA-Seq Spatialシーケンスは、NovaSeq 6000システムおよびNextSeq 2000プラットフォームと互換性があり、ライブラリー調製とデータ解析はNanoStringから提供されています。 | テクニカルノートをダウンロードする |
| 主な利点 | ソリューション | 詳細はこちら | ||
|---|---|---|---|---|
| RNA + プロテオミクス | CITE-Seq空間的方法 | ターゲットの遺伝子発現とホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）または新鮮凍結組織切片からのタンパク質発現パターンを相関付ける | CITE-Seq SpatialシーケンスはNovaSeq 6000システムおよびNextSeq 2000プラットフォームとの互換性があり、ライブラリー調製とデータ解析はNanoStringから提供されています | Nanostringソリューションの詳細はこちら |