ヒト臓器を理解するには、細胞状態ごとの機能や成り立ち、相互作用を調べる必要がある。ところが特定の細胞状態は事前知識なしに取り出せない。そこで1細胞ごとに特定の遺伝子によらず細胞状態を解析できる1細胞ゲノム科学が登場した。我々は1細胞RNA-seq法とそのデータ解析技術の開発を行ってきた。複雑な臓器の細胞型を網羅的に同定するため、数千から数万の1細胞RNA-seqを高精度に実施できるQuartz-Seq2 (Sasagawa Y. et al. Genome Biol. 2013, 2018)の開発に成功した。この方法はHuman Cell Atlasの国際的ベンチマーク研究で、圧倒的な検出遺伝子数などで最高性能を示した(Mereu E et al. 2020 in press)。本講演ではQuartz-Seq2とHCAベンチマーク研究、1細胞RNA-seq技術の選び方について紹介する。