微生物研究にブレークスルーをもたらした次世代シーケンス
次世代シーケンサー（NGS）の登場により、微生物研究は飛躍的に発展しました。NGSを利用することで、複雑な微生物環境に存在する細菌を同定したり、それらを比較することができるだけでなく、培養できない生物など予備知識がない場合でも、サンプル中の微生物群集を解析し、情報が得られるようになりました。これにより、キャピラリーシーケンスやPCRベースのアプローチといったこれまでの手法では見つけられなかった種を同定することができるようになるなど、NGSは微生物研究において、なくてはならないものになっています。
現在、微生物ゲノム解析は、健康や罹患状態における微生物の役割を理解するヒトマイクロバイオーム研究や、さまざまな環境下のサンプルのDNAを解析することで、その環境下に存在する生物を研究する環境メタゲノミクス研究など、幅広い分野で活用されています。微生物ゲノム解析の手法には、サンプル中の微生物群集を調べる細菌叢解析法と単離した微生物を詳細に調べる全ゲノム解析法があります。ここでは、細菌叢解析について、解説します。
細菌叢解析の異なる手法
16S rRNAシーケンス
- ウィルスを除くすべての微生物が保有する16S rRNA遺伝子をシーケンスするアンプリコンシーケンス
- サンプル中に存在する微生物種の同定と存在比率の推定が可能
- 16S rRNA遺伝子のみをシーケンスするため、低コストで実現可能
ショットガンメタゲノミクスシーケンス
- 採取したサンプル中に存在するすべての微生物の全遺伝子を包括的に解析する方法
- サンプル中に存在する微生物種やウィルス種の同定が可能
- 16S rRNAシーケンスに比べ、シーケンス量が増えるため、コストがかかる
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iSchool オンライン 微生物メタゲノム解析編
微生物メタゲノム解析のメリットや解析手法の概要、ライブラリー調製キット編、解析ツールの概要（主に16s rRNAメタバーコーディングデータ解析用）まで、オンラインでいつでもだれでもご受講いただけます。
詳細はこちら細菌叢解析を理解して、微生物ゲノム解析をはじめるためのリソース
微生物研究を進める上で、16S rRNAシーケンスとショットガンメタゲノミクスシーケンスのいずれの手法が最適なのでしょうか？微生物ゲノム解析を効果的に進めるために、その有用性、それぞれのワークフロー、そして応用例までをまとめました。
セクション1
はじめのセクションでは、次世代シーケンスの原理から微生物研究におけるアプリケーションを解説した入門書と、各アプリケーションについてライブラリー調製からデータ解析までのワークフローを紹介したアプリケーションガイドを用意しました。
セクション2
このセクションでは、2種類の細菌叢解析手法の違いや利点を解説しており、それぞれの手法で利用するライブラリー調製のワークフローをより詳細に理解できるとともに、注意点についても解説しています。
セクション3
最後のセクションでは、細菌叢解析を活用したさまざまな分野のお客様事例をまとめました。皮膚細菌叢、腸内細菌叢、口腔細菌叢など、幅広い分野の応用例を参考にできます。
- MiSeqを活用したヒト皮膚細菌叢の解析 を視聴
- 次世代シークエンサーを用いた腸内細菌叢解析のためのサンプル調製法と腸内細菌叢データを活用した健康科学への展開 を視聴
- 腸内環境のデザインに向けて を視聴
- 口腔細菌叢のメタ16S解析 を視聴
