ウェビナー録画

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クロマチン動態研究のためのアプリケーション紹介【イルミナiSchool 中級】

転写の機構解明のためにはクロマチン動態の把握は必要不可欠です。NGSを用いた研究手法としては、ChIP-SeqやATAC-Seqなどが用いられています。どの手法を選択するかにより必要な細胞量や得られるデータの質も異なり、また当然コストも変わってきます。
本セッションでは、これらの点に注目して、クロマチン動態研究において用いられる実験手法を紹介します。

イルミナ株式会社
シニア アプリケーション コンサルタント
寺倉 伸治
Topic: Sequencing
口腔細菌叢のメタ16S解析【イルミナiSchool プロフェッショナル】

口腔内は500-700種の細菌が生息すると考えられており、唾液やプラーク、歯周ポケット、さらには感染根管など様々な部位で独自の細菌叢が形成されている。特に歯周病は細菌感染が原因だと考えられ、その検査としてリアルタイムPCR法による数菌種の検出が行われる。しかし、既知の数菌種の検出では歯周ポケットの正確な細菌叢の把握は不可能であり、臨床的な説明が難しいことも多い。
次世代シークエンサーMiSeqを活用したメタ16S解析は歯周ポケットの細菌組成の把握を可能にした。例えば、抗菌薬を投与による歯周ポケット細菌叢の変化など、これまで調べられなかった情報が得られる。今回は歯周ポケット細菌叢のデータを中心に歯科領域での解析例を紹介する。 

谷口歯科医院

谷口 誠 先生
Topic: Microbiology & Infectious Disease : Sequencing
日本の肺癌臨床に即した多遺伝子変異検査システムMINtSの構築【イルミナiSchool プロフェッショナル】

分子標的薬選択での多遺伝子変異検査の必要性が認識されて久しいが,実用化に時間がかかっている.臨床使用には多遺伝子変異検査システの性能以外に,臨床的な事情の考慮が必要である.日本はすべての人に高度な医療を提供できる国民皆保険を誇りにしている.世界シェアの9割を占める内視鏡製造技術を有し,内視鏡による低侵襲検査が根付いている.少数の検査センターに検体が集約され,検査センターでの複数検体一括検査が可能である.そして,医療に高い正確性を求める国でもある.(1)国民皆保険適合価格での検査提供,(2)内視鏡の臨床プラクティスに適合,(3)少数の検査センターでの一括検索で日本人全患者検索が可能,(4)高い正確性,の4つを満たす「臨床医の使いたい」検査としてMiSeqによる多遺伝子変異検査システムMINtSを構築した.
 MINtSはamplicon-baseであり,1%の癌細胞を含む検体を,各ampliconについて感度,特異度0.999,全amplicon総合で感度,特異度0.99で検索する.この精度を達成のため様々な対策を施している.組織検体とともに内視鏡で頻用される細胞診検体両者が使用可能で,1ランで96-192検体検索可能である.臨床利用可能な分子標的薬に対応した数種類の遺伝子変異に限定し検体数を増やしている.1つの検査センターで一日一回MiSeqを流せば日本の全肺癌患者に対応できる.専用のソフトをGUIベースで作成,出力をファイルメーカーにそのままインポート,レポート作成とデータベース作成がほぼ自動化されている.
 臨床研究NPOであるNEJSGにより実臨床サンプル2000検体の検索が終了しており,良好な結果が得られている.本日はMINtSに組み込まれた様々な技術的,臨床的工夫について述べる. 

自治医科大学 内科学講座
呼吸器内科学部門
教授 萩原弘一 先生
Topic: Cancer Genomics
MiSeqのランのセットアップ時・開始時によくあるトラブルの対処方法【イルミナiSchool 初級】

MiSeqのランのセットアップ時や、ラン開始時に起こるエラーやトラブル事例をご紹介し、その対応方法をご案内いたします。MiSeqの試薬のRFIDが読み込めないエラーや、プレランチェック時にパスしないトラブルが起こった際に、すぐに実施いただける対処方法をご説明いたします。

イルミナ株式会社
テクニカル アプリケーション サイエンティスト
米田 瑞穂
Topic: Sequencing
BaseSpace QIIMEアプリで簡単に環境サンプルのバクテリア多様性を解析する【イルミナiSchool 中級】

16S rRNA菌叢解析用ツールQIIMEは著名な国際プロジェクトでも採用され、世界的に人気の高いソフトウェアパッケージです。運用の煩雑さが指摘されることの多いQIIMEですが、弊社BaseSpace Sequence Hubではクリック操作だけで簡単に利用できるアプリ版をご提供しております。
本ウェビナーでは、QIIMEアプリを用いて16S rRNAマーカーのシーケンスデータからバクテリアの多様性解析を行う流れをご紹介します。

イルミナ株式会社
アプリケーションコンサルタント
陳 盈光
Topic: Sequencing : Informatics
BaseSpace Variant Interpreter (Beta!) 、ことはじめ【イルミナiSchool 初級】

弊社 Variant Interpreter Beta (バリアントインタープリタ) が現在ウェブブラウザからお使いいただけるのをご存知でしょうか?
Variant Interpreter は、最新リリース製品のバリアントアノテーション、知識ベースツールです。鋭意開発が進んでおり、ほぼ毎月、バージョンアップしています。本年2017年は、β版として無償アクセスが可能です。本回では、簡単にはじめかた、主な機能、操作インターフェイス、旧製品との比較など、ご紹介を差し上げます。

イルミナ株式会社
シニアバイオインフォマティクス サポートサイエンティスト
癸生川 絵里
Topic: Cancer Genomics : Human Genetics & Genetic Disease : Software : Informatics
次世代シーケンサーを利用した新規genotyping技術GRAS-Diの開発【イルミナiSchool プロフェッショナル】

今回、NGSを利用した新規genotyping技術”Genotyping by Random Amplicon Sequencing-Direct (GRAS-Di)”を開発しました。GRAS-Diは、高濃度ランダムプライマーとシーケンスアダプター配列による2回のPCRにより、数万アンプリコンからなるシーケンスライブラリーを作製しNGSによる解析によりSNPを検出する技術です。リファレンス配列を用いたプライマー設計やサイズセレクション、断片化処理、サンプルノーマライゼーション、また特別な装置などを必要とせず、簡便かつ低コストな技術として期待されます。これまでに通常のリファレンス配列を用いたSNP検出だけでなく、独自のリファレンス配列非依存アルゴリズムを併用することでサトウキビのようなヘテロかつ高次倍数性の生物の解析も可能です。今回、本技術の概要に加え、イネおよびサトウキビでの解析結果について紹介する予定です。 

皆様のご参加、お待ちしております。

※ 登録情報が不十分な場合や競合他社からの参加はお断りして おります。ご了承ください。

トヨタ自動車株式会社
新事業企画部バイオ・緑化研究所
榎 宏征 先生
Topic: Customer
SAV(Sequencing Analysis Viewer)でランの評価と改善を行う【イルミナiSchool 初級】

イルミナの次世代シーケンサーは、SBS (Sequencing by Synthesis)法に基づいて配列データや、クオリティに関する様々な数値を生成します。それらはSAV (Sequencing Analysis Viewer) ソフトウェアで、可視化することが可能です。SAVでは、配列のクオリティの評価だけではなく、ランの改善にも役立つ情報を確認できます。本セッションでは、SAVの使い方、およびランの評価の方法と改善のヒントについてご説明します。

イルミナ株式会社
テクニカル アプリケーション サイエンティスト
西田 圭伸
Topic: Sequencing
バージョンアップしたデスクトップ版VariantStudio v3.0変異解析ソフトウェアの徹底活用法【イルミナiSchool 中級】

ゲノムのシーケンス情報からデータに生物学的な意味づけをすることは非常に重要です。
VariantStudioは、直感的なユーザーインターフェースにより、バイオインフォマティクスの専門知識がなくても、容易に、すばやく生物学的に重要なバリアントを特定するとともに、意味のあるデータだけに絞り込むことができる柔軟性の高い解析ツールです。
バージョンv3では、更新されたアノテーションデータベースをローカル環境に保存でき、クローズドな環境での解析が可能になりました。
本ウェビナーでは、このIllumina VariantStudioの徹底活用方法をご紹介いたします。

イルミナ株式会社
アプリケーション コンサルタント
渡邊 豊
Topic: Sequencing
ロングPCR-Nextera-MiniSeqで始めるお手軽シーケンス【イルミナiSchool プロフェッショナル】

MiniSeqの登場でシーケンサー導入コストも下がり、これまで次世代シーケンサーを使ってこなかった方にとっては今が使い始めるチャンスかもしれません。まずはキャピラリーシーケンサーの代わりに使う方法から始めてみてはいかがでしょうか。いつもゲノムDNAを対象にPCRをしてサンガーシーケンスで多型解析をされている方、サンプルが多い場合はNGSを使うことでスループットが上がるだけでなく、ランニングコストが安くなるかもしれません。これからNGSを始めようとしている方も対象にした内容で、対象とする遺伝子をまるごとPCR増幅するためのコツとPCR増幅産物をどのようにシーケンスするか、その実例を紹介します。

金沢大学 医薬保健研究域医学系
革新ゲノム情報学分野
細道 一善 先生
Topic: Sequencing
NovaSeq導入までの3ステップ 【イルミナiSchool初級】

今年リリースされたNovaSeq 6000は、HiSeqシリーズ以上の高いデータ出力を可能とし、かつNextSeqなどのデスクトップ型システムのような簡便な操作性を兼ね備えた新しいシステムです。所要電源など既存の次世代シーケンサーとは仕様が大きく異なる箇所があります。

本ウェビナーでは、NovaSeq 6000を導入する際に、特に考慮いただく必要がある本装置のサイズや付属物、電源・空調・ネットワーク環境などの製品仕様からお客さまでご準備いただく事項などを具体的にご紹介します。

イルミナ株式会社
アプリケーション コンサルタント
渡邊 豊
Topic: Sequencing
FFPE腫瘍サンプルからのDNA・RNA変異解析ソリューション:TruSight Tumor 170ライブラリー調製からデータ解釈まで【イルミナiSchool プロダクト】

イルミナより新たに販売を開始するTruSight Tumor 170は、固形腫瘍に関連する170種類の遺伝子を対象として設計されています。TruSight Tumor 170は濃縮ベースのターゲットパネルで、DNAとRNAを同時に解析し、さまざまな種類の変異を検出することができます。

また、先日プレスリリースでご案内した通り、IBM Watson Healthとイルミナは、Watson for GenomicsをイルミナのBaseSpace Sequence Hubに統合することにより、ゲノムデータの解釈に関する情報へのアクセスを拡大する、提携を発表しました。これにより、TruSight Tumor 170で生成された幅広いバリアントデータの解釈に役立つ情報に、これまでになく簡単かつすばやくアクセスできるようになります。

本ウェビナーでは、TruSight Tumor 170製品概要についてご案内するとともに、データ解析および解釈までの一連のソリューションについて解説いたします。

イルミナ株式会社
プロダクトマーケティング
深田 ひとみ
Topic: Cancer Genomics
ロングレンジPCRとNexteraXTを組み合わせた遺伝子変異解析【イルミナiSchool 中級】

ロングレンジPCRとNexteraXTを組み合わせた特定領域・遺伝子の配列解析は、簡単に運用ができる費用対効果の高い手法です。この手法は、変異解析、HLAのジェノタイピング、ミトコンドリア配列解析などの様々なアプリケーションで用いられています。本セッションでは、一連のワークフロー、Tips、そして実際の応用例を紹介いたします。

イルミナ株式会社
シニアアプリケーション コンサルタント
寺倉 伸治
Topic: Sequencing
100ドルアレイで始める、大規模集団のサンプル層別化アプローチ【イルミナiSchool プロダクト】

様々な国や地域集団における全ゲノム解析の成果が発表されると共に、個々の集団に固有の多型が、今改めて注目されています。全人類的な視点から見ると極めて稀なバリアントであっても、ある特定の人類集団ではさほど珍しくないことがあるため、例えば、ある遺伝子の機能欠失バリアントを保有する集団の表現型解析で分子標的薬の評価を行ったり、疾患リスクSNPを保有する集団を追跡することで、どのような要因に曝されると発症しないのか調べることが可能となります。本ウェビナーでは、ゲノムバリアントを用いた新しいアプローチを紹介するとともに、大規模解析を可能にする新しいジェノタイピングアレイをご紹介します。

イルミナ株式会社
プロダクトマーケティング部
藤原 鈴子
Topic: Human Genetics & Genetic Disease
Low Diversityサンプルのシーケンスランを成功させるコツ【イルミナiSchool 初級】

特定の領域を増幅したPCR産物などから調製したライブラリーは、シーケンスする配列に相同性をもつため、塩基に偏りが生じます。そのため、シーケンスのランにて、データ量やクオリティの低下が生じやすい傾向があります。 本セッションでは、塩基に偏りがあるLow Diversityサンプルの特徴と、そのラン結果でみられる傾向をご紹介し、クオリティやデータ量を改善させるポイントをご案内いたします。

イルミナ株式会社
テクニカルアプリケーション サイエンティスト
崎川 真里
Topic: Sequencing
【製品ウェビナー】イルミナ|Bio-RadシングルセルRNAシーケンスソリューション:1細胞分離からデータ解析まで

バイオ・ラッドの高度なマイクロ流路技術と、イルミナのライブラリー調製、次世代シーケンス技術を組み合わせた新しいシングルセルRNAシーケンスソリューションが登場しました。本製品により、高感度かつコスト効率のよいシングルセルの遺伝子発現プロファイリングが実現しました。BaseSpace Sequence Hub解析アプリと共に、バイオ・ラッドとイルミが提供するシングルセル解析のトータルソリューションをご案内します。

本ウェビナーでは、バイオ・ラッドが提供するddSEQ Single-Cell Isolatorシステムの概要や技術説明とともに、Nexteraテクノロジーを使用したシングルセルライブラリー調製ワークフローとBaseSpace Sequence Hubの専用アプリで行うデータ解析について、ご紹介いたします。

バイオ・ラッドラボラトリーズ株式会社
ライフサイエンス プロダクトサポートマネージャー
副島正年 様
Topic: Cancer Genomics : Sequencing
CRISPR/Cas9 ゲノム編集スクリーニングライブラリー活用のすすめ Lentivirus pooled ライブラリーによるノックアウトスクリーニング解析【イルミナiSchool プロフェッショナル】

※ 本ウェビナーをダウンロードする際にご登録いただきました情報は、GEヘルスケア・ジャパン株式会社 へ共有させていただきます。
遺伝子発現を調節するツールとして、遺伝子ノックダウンや過剰発現系などが開発され、様々な研究に使われてきました。これらの技術の発展形として、特定の遺伝子を直接改変するゲノム編集ツールが新しい遺伝子操作技術として現在注目を浴びています。本セミナーでは、ゲノム編集の原理のみならず、各遺伝子をノックアウトするsgRNA配列を持つレンチウイルスを、遺伝子ファミリーやパスウェイごとに分類してプールした、sgRNAレンチウイルスライブラリーによる網羅的ノックアウトスクリーニングライブラリーの特徴とワークフローをご紹介します。GEヘルスケア社Dharmaconのゲノム編集技術と、illumina社 次世代シークエンサーとの組合せにより、全ゲノムスクリーニングがベンチトップで可能となります。

GEヘルスケア・ジャパン株式会社 ライフサイエンス統括本部
アプリケーションスペシャリスト 理学博士
大島 英之 様
Topic: Cancer Genomics : Sequencing
BaseSpace Correlation Engineを利用したオミックスデータ検索の紹介【イルミナiSchool プロダクト】

DNAチップなどのマイクロアレイに始まったオミックス解析の公開データは、次世代シーケンサーの登場後その数が飛躍的に増大しています。現在の医療や創薬分野ではこれらのデータをいかに早く探し出し、自身のデータと比較することができるかが研究の重要な要素となっています。今回は新名称をCorrelation Engineと変えた旧NextBio Researchを使ったビッグデータを利用するオミックスデータの検索と解析方法を紹介する。

セレスバイオサイエンス株式会社
技術担当取締役
黒田康弘 様
Topic: Cancer Genomics : Human Genetics & Genetic Disease : Sequencing : Software : Informatics
【新製品ウェビナー】NovaSeqシリーズの全貌

NovaSeqシリーズで新たな10年を歩み出すイルミナのNGS。次世代シーケンサーでできるべきことは何であるのかを再定義したシステムを、ぜひご覧ください。 研究者のビジョンを達成するために1から作り上げたNovaSeqシリーズは、幅広いアプリケーションに対応し、あらゆる規模のプロジェクトを、これまでより早く、より経済的に実現するスケーラビリティーとフレキシビリティーをもたらします。

イルミナ株式会社 マーケティング本部
プロダクトマーケティング部 部長
酒井 名朋子
Topic: Sequencing
腸内環境のデザインに向けて【イルミナiSchool プロフェッショナル】

ヒト腸管内には数多くの細菌が我々とともに共生しており、複雑な生態系を構築している。DNA配列を高速に決定するシーケンサーの技術的な発展に伴い、メタゲノム解析と呼ばれる手法が登場してきた。これにより、培養を介さずに網羅的に細菌群集を解析対象とすることが可能となった。これまでは取り扱いが困難であった難培養性細菌も数多く明らかになりつつある。現在、メタゲノム解析を基盤としてヒト腸内細菌研究は大規模なコホート研究へと発展している。肥満や糖尿病、炎症性腸疾患など様々な疾患に対して、罹患時の腸内環境の状態を定義する試みがなされている。 
ここでは、我々の研究グループが進めている大腸がんの罹患に伴う腸内環境の変動について紹介する。現在は大腸がん罹患時に、腸内がどのような菌叢構造を持つかを観察し、健常時との違いを明らかにすることで、大腸がんマーカーの探索を行っている。 
腸内細菌が関わる可能性のある疾病はますます発見されていくことが予想される。今後は様々な疾患に対して、その罹患している状態を罹患前に近い状態に遷移させる、すなわち腸内環境の制御を試みるフェーズがくる。腸内環境の制御やデザインに向けた第一歩としての腸内環境研究を紹介したい。

株式会社メタジェン 取締役副社長CTO
東京工業大学 生命理工学院 准教授
山田 拓司 様
Topic: Microbiology & Infectious Disease : Sequencing : Customer
MiSeqを活用したヒト皮膚細菌叢の解析【イルミナiSchool プロフェッショナル】

皮膚細菌叢は、腸内細菌叢と同様多様性に富み、宿主の健康状態と関係性を示すことがわかってきている。本webinarでは私達が日本人女性を対象に行った大規模解析の結果を、実験・解析におけるノウハウと共にお話したい。


東京大学
須谷尚史 先生
Topic: Microbiology & Infectious Disease : Sequencing : Customer
NGSを用いたがんを含む疾患症例のDNAメチル化プロファイリングのご紹介とワークフローのご提案【イルミナiSchool 中級】

DNAのメチル化は、遺伝子発現を制御する現象のひとつです。ゲノムワイドなメチル化プロファイリングにより、発生過程、がん、複雑な疾患症例における機能的なメカニズムの理解につながります。また、エピゲノムの変化は重要な腫瘍パスウェイやがん進行率における洞察をもたらします。
今回は、次世代シーケンサーを用いた解析例をご紹介するとともに、TruSeq DNA Methylation Kitを用いたゲノムワイドメチル化シーケンスやTruSeq Methyl Capture EPICを用いたターゲットキャプチャーといったワークフロー、さらにMiSeqで実施可能なターゲットを絞ったDNAメチル化解析方法をご提案します。

池田 理恵子, イルミナ株式会社 アプリケーション コンサルタント
Topic: Cancer Genomics : Sequencing
ゲノム編集技術の養殖魚育種への応用【イルミナiSchool プロフェッショナル】

ゲノム編集技術の開発により、非モデル生物でも容易に狙った遺伝子を改変することが可能となった。これまでに農作物や家畜では、長期間に及ぶ突然変異個体の選抜・継代により優良形質を持つ多数の品種が作製されてきた。一方、養殖魚では、品種の作出がほとんど行われていない。本ウェビナーでは、代表的な養殖魚であるマダイとトラフグにゲノム編集を施すことにより、筋肉量の多い品種を短期間で作製することに成功した事例を紹介する。

木下 政人 先生, 京都大学大学院農学研究科 応用生物科学専攻 海洋生物機能学分野
Topic: Agriculture Genomics : Sequencing
TruSeq Custom Amplicon Low Input Kitを用いて目的遺伝子領域にフォーカスして解析する 【イルミナiSchool 初級】

目的の遺伝子領域のみを高カバレッジに解析したい場合には、TruSeq Custom Amplicon Low Input Kitの利用が有効です。目的領域を増幅させるために必要なプローブのデザインは、イルミナのウェブベースツールDesignStudioで行います。デザインは、イルミナでお手伝いすることも可能です。
本ウェビナーでは、DesignStudioのデザイン概要からライブラリー調製、ラン後の解析までの一連のワークフローについて説明いたします。

米田 瑞穂, イルミナ株式会社 テクニカル アプリケーション サイエンティスト
Topic: Sequencing
イルミナNGSと16S rRNA菌叢解析で調べるヒト細菌フローラ【イルミナiSchool プロダクト】

ヒトの鼻咽腔、腸内、口腔、皮膚、泌尿器には、それぞれ特徴の異なる細菌の集合体(細菌叢・細菌フローラ)が存在しており、ヒトの健康状態と関わることが明らかとなっています。本ウェビナーでは、ヒト細菌フローラの研究で最も採用されているイルミナNGSを用いた16S rRNA菌叢解析の手法についてご紹介致します。

長井 陽子, イルミナ株式会社 シーケンススペシャリスト
Topic: Microbiology & Infectious Disease : Sequencing
Nextera テクノロジーを応用したライブラリー調製と解析ワークフロー【イルミナiSchool プロダクト】

Nextera はTn5トランスポゼースをベースとしたライブラリー調製を非常に容易に行える画期的なテクノロジーです。Nextera はトランスポゼースの活性により二本鎖DNA にランダムにアダプター配列の挿入を行い、ライブラリー調製に必要なDNA の切断と末端へのアダプター連結を行います。通常のライブラリー調製では、これら工程はDNA の物理的切断・末端修飾・アダプター連結という3 時間程度の工程となりますが、Nextera では5 分間の酵素反応でこれらの工程をOne-tube で行うことが可能です。また最近では、Nextera の特性を活かし、ChIPmentation やATAC-Seq といったより少ないサンプルのアプリケーションに応用されており、Nextera は単純なショットガンライブラリー調製試薬ではない、新しい使い方が注目されてきています。 本セッションでは、Nextera のトラブルシューティング、特性を活かしたアプリケーション、そして先進的なNextera を用いたアプリケーションの紹介を行います。

寺倉 伸治, イルミナ株式会社 シニアアプリケーションコンサルタント
Topic: Sequencing
微生物ゲノム解析 –微生物の同定、個体群の多様性を解析する-【イルミナiSchool 初級】

次世代シーケンサーは、複雑なサンプルから微生物群全体のプロファイルを把握する環境ゲノミクス解析や、新規微生物を発見するDe novo解析など様々な微生物ゲノム解析を高感度で行うことを可能にします。本ウェビナーでは、微生物ゲノム解析の主要なアプリケーションを用いたサンプル調製からBaseSpace Appを用いた解析までの流れをご紹介します。また本ウェビナーは、予算申請や研究計画の際に参考にしていただける内容です。ぜひご参加ください。

山重 りえ, イルミナ株式会社 テクニカル アプリケーション サイエンティスト
Topic: Microbiology & Infectious Disease : Sequencing
10X Genomics社Chromiumシステムを用いた複合ヘテロ接合体のフェージングと構造変異解析【イルミナiSchool プロフェッショナル】

Chromiumシステムは、ユニークな分子バーコードの導入システムを利用することで、ショートリードからマルチメガベースのphase block情報を得ることができます。本ウェビナーでは、Chromiumシステムの技術的な概要と、従来では難しかった大きな構造変異の解析例をご紹介します。併せて、De Novoの解析例についても少しご紹介します。併せて、De NovoとシングルセルRNA-seqの解析例についても少しご紹介します。

株式会社スクラム マーケティング&学術部部長 掛谷 知志 様
Topic: Sequencing
アグリゲノムのアレイとシーケンス新製品Bovine Parentage Panelを用いたジェノタイピングソリューション【イルミナiSchool 中級】

イルミナのマイクロアレイと次世代シーケンサーは、アグリゲノム分野において育種、個体識別、親子鑑定などに対する強力なツールとして世界的に利用されています。各生物種用にデザインされたパネル製品は、低コストおよび実験・解析の簡便性から非常に有用です。 本ウェビナーでは、1000万サンプル以上の実績を持つSNPジェノタイピング用アレイ製品と、シーケンス新製品であるTruSeq Bovine Parentage Panelについて、その実験および解析ワークフローをご紹介します。

西濱 啓一郎, イルミナ株式会社 スーパーバイザー アプリケーション コンサルタント
Topic: Agriculture Genomics : Sequencing
Archer FusionPlex® Assays: Unlocking the power of NGS for fusion detection using Anchored MultiPlex PCR (AMP™)【イルミナiSchool プロフェッショナル】

10月初旬より弊社でArcherDX製品の取り扱いを開始します。本ウェビナーでは、ライブラリー調製からデータ解析まで、ArcherDX社製品のテクノロジーや特長、データ解析例について、製品担当者が分かりやすく解説いたします。

 

【要旨】
In this webinar, Darius Fugere will discuss the capabilities and performance of AMP™ chemistry for the detection of known and novel gene fusions, point mutations and expression levels in FFPE and other clinical sample types. The RNA-based FusionPlex assays use AMP to enrich comprehensive sets of genes in hematological malignancies, solid tumors and sarcomas. Together with Archer Analysis, a purpose-built bioinformatics pipeline, these assays enable robust detection of gene fusions and other driver mutation types. Mr. Fugere will highlight examples of translocation, SNV, and expression profiling in blood cancer, solid tumor and sarcoma samples.

Darius Fugere, Product Manager, ArcherDX
Topic: Cancer Genomics : Sequencing
TruSeq Targeted RNA Expression Kitを用いた遺伝子発現プロファイル - MiSeq・MiniSeq 1 Runで数百検体 x 数百遺伝子の発現解析 -【イルミナiSchool 中級】

TruSeq Targeted RNA Expression Kitは、MiSeqやMiniSeqといったデスクトップシーケンサーを用いて、数百検体の数百遺伝子の発現を一度に把握することが可能なqPCRに変わる新しいアプリケーションです。興味のある遺伝子でのカスタム設計にくわえて、NF-κBやWntといったパスウェイに関わる遺伝子を網羅した固定パネルも複数ご用意しております。
本セッションでは、パネル設計、ライブラリー調製、そして情報解析の一連のワークフローをご紹介いたします。

寺倉 伸治, イルミナ株式会社 シニア アプリケーション コンサルタント
Topic: Sequencing
GenomeStudioの基本的な使い方【イルミナiSchool 初級】

GenomeStudioはイルミナのマイクロアレイから得られたデータを視覚化して解析するためのソフトウェアで、アレイデータの一次解析をサポートします。

ソフトウェアパッケージには、ジェノタイピングモジュール、ジーンイクスプレッションモジュール(遺伝子発現解析)、メチレーションモジュール(メチル化解析)が含まれます。
本ウェビナーでは、GenomeStudioを使用するにあたり必要なデータ、ならびに可視化される情報、パブリックデータベースからの情報の利用方法についてご説明します。

小寺 啓文, イルミナ株式会社 テクニカル アプリケーション サイエンティスト
Topic: Software
TruSight Cardioシーケンスキットを用いた遺伝性心臓疾患関連バリアントの検出【イルミナiSchool 中級】

イルミナ株式会社
アプリケーション サイエンティスト
渡邊 豊

 

【要旨】
TruSight Cardioシーケンスキットは、MiSeqもしくはNextSeqで簡単に効率よく既知の遺伝性心臓疾患の原因候補遺伝子を解析できるキットです。
インペリアルカレッジロンドンの専門家と共同で心筋症、不整脈、大動脈障害などを含む17の遺伝性心臓疾患との関与が知られている174の遺伝子を選定しました。
ターゲット領域の99%が、x20以上のカバレッジでカバーされることが期待されます。
本ウェビナーでは、ライブラリー調製からBaseSpaceを用いた情報解析までの一連のワークフローをご紹介いたします。

渡邊 豊, イルミナ株式会社 フィールドアプリケーション サイエンティスト
Topic: Human Genetics & Genetic Disease : Sequencing
BaseSpaceを使用したデータ解析の基本ワークフロー【イルミナiSchool 初級】

BaseSpaceはイルミナシーケンサーのデータを管理・解析するためのクラウドベースのコンピューティング環境です。 大規模な解析環境を整えることなく、シンプルなワークフローで様々なアプリケーションを実行することができます。 本ウェビナーでは、ニーズの高いTarget resequenceのアウトプットデータを例として、データのアップロードから解析結果の参照までの基本的な一連の流れをご説明します。

渡邊 大, イルミナ株式会社 テクニカル アプリケーション サイエンティスト
Topic: Sequencing : Software : Informatics
ベンチトップシーケンサーでここまでできるヒト細菌叢解析【イルミナiSchool プロダクト】

イルミナ株式会社
プロダクトマーケティング部
関 典弘

 

要旨:
ヒトの細菌叢は、真核生物、古細菌、細菌、ウイルスなど様々な微生物群集で構成され、次世代シーケンサーはこれら全ての生物群集を効率良く解析する手法として、 既に数多くの研究プロジェクトで採用され、研究成果が報告されています。 本セミナーでは、ベンチトップシーケンサーでできるヒト細菌叢解析のためのアプリケーションに注目し、16S rRNAメタゲノム解析、De novo アセンブル解析、全ゲノム解析、トランスクリプトーム解析などの事例を紹介します。 アプリケーション毎に、ライブラリー調製からデータ解析までの一連のワークフロー、および最適な製品の特長と選択のポイントをワークフローに沿ってご説明します。

関 典弘, プロダクトマーケティング部
Topic: Microbiology & Infectious Disease : Sequencing
TruSight RNA Pan-Cancerパネルを用いた癌関連遺伝子の発現解析と融合遺伝子検出【イルミナiSchool 中級】

TruSight RNA Pan-Cancerパネルは1,385のがん関連遺伝子をターゲットにデザインされており、分解の進んだFFPE由来の少量RNAサンプルからも、発現解析及び融合遺伝子の検出が可能です。また、MiniSeqやMiSeqを使った経済的なRNAシーケンスを実現します。本セッションでは、実験のポイントからワークフロー、BaseSpaceを用いた解析方法までご案内します。

池田 理恵子, イルミナ株式会社 フィールド アプリケーション コンサルタント
Topic: Cancer Genomics : Sequencing
イルミナのコマンドラインツールを使う【イルミナiSchool 中級】

イルミナ株式会社 バイオインフォマティクス サポートサイエンティスト 癸生川 絵里 【要旨】 必要なリソースを、必要な時に、必要な分だけ利用する、クラウド利用の潮流はますます巨大になっています。 NGS解析においても、コスト・作業効率などの理由から、この流れは例外ではありません。

本ウェビナーでは、イルミナのインフォマティクス製品開発の広がりをご紹介するとともに、とくにBaseSpace Sequence Hub (クラウド)をユーザローカルLinuxからコマンドラインで使用する事ができるツールについて概説いたします。
例えば、ローカルLinuxからコマンドでBaseSpaceにサンプルリードのfastqをまとめてアップロード/ダウンロードしたり、アライメントの様子を確認したり、ランのクオリティメトリクスを取得したり、といった例をとりあげます。

癸生川 絵里, イルミナ株式会社 バイオインフォマティクス サポートサイエンティスト
Topic: Sequencing : Software : Informatics
TruSight Oneを利用したX連鎖性メンデル遺伝病での体細胞モザイク解析【イルミナiSchool プロフェッショナル】

体細胞モザイク(Somatic mosaicism)は受精後の細胞分裂中に発生したゲノムの変化により、ひとつの個体中に遺伝子型の異なる細胞集団が混在する状態をいう。本ウェビナーではTruSight Oneでの解析が有用であった、体細胞モザイクが疾患に関与したX連鎖性メンデル遺伝病(てんかん性脳症、遺伝性糸球体腎炎、Duchenne型筋ジストロフィー)の3症例を紹介する。

森貞直哉 先生, 神戸大学大学院医学研究科 内科系講座小児科学分野 兵庫県立こども病院臨床遺伝科
Topic: Human Genetics & Genetic Disease : Sequencing : Customer
トラブルシューティング編 : Bioanalyzerを使用したライブラリーQCとトラブルシューティング【イルミナiSchool 初級】

良好なシーケンスデータを得るためには、品質の良いライブラリーを調製することが重要です。本ウェビナーでは、ライブラリー調製時のトラブルシューティングとして、アジレント社Bioanalyzerを使用したライブラリーのクオリティーチェック方法についてご紹介します。

小寺 啓文, テクニカル アプリケーション サイエンティスト
Topic: Sequencing
TruSeq Rapid Exome & TruSeq Exome Library Prep Kitを用いたEasy Prep Exome【イルミナiSchool 中級】

イルミナ株式会社
フィールド アプリケーション サイエンティスト 
渡邊 豊

 

【要旨】
濃縮効率とカバレッジの均一性がより改善された新エクソームキットのご紹介をします。 TruSeq Exome KitはFFPE検体にも対応しており、TruSeq Rapid Exome Kitは簡単にライブラリ-を調製することが可能です。 本ウェビナーでは、これらの製品の特長と一連のワークフローをご説明いたします。 

渡邊 豊, イルミナ株式会社 フィールド アプリケーション サイエンティスト
Topic: Cancer Genomics : Human Genetics & Genetic Disease : Sequencing
次世代シークエンサーを用いた臨床検体の病態解析:アルドステロン産生腫瘍研究における最新知見【イルミナiSchool プロフェッショナル】

東京医科歯科大学 
分子内分泌代謝学分野 (糖尿病・内分泌・代謝内科)
村上 正憲 先生

 

【要旨】
次世代シークエンサー(NGS)の導入により、臨床検体を用いた病態解析は新展開を迎えている。ホルモン産生能を保持しながら腫瘍化するという特徴を持つ内分泌腫瘍に関しても、NGSによる解析は有用であると考えられる。今回我々は、二次性高血圧症の原因疾患の一つであるアルドステロン産生腫瘍(APA)を対象に、網羅的DNAメチル化解析と遺伝子発現解析を組み合わせ、病態に関連のある遺伝子の特定を試みた。本セミナーでは研究成果の紹介を中心に、NGSを利用したAPA研究の最新知見を解説する。 

村上 正憲 先生, 東京医科歯科大学 子内分泌代謝学分野 (糖尿病・内分泌・代謝内科)
Topic: Cancer Genomics : Sequencing : Customer
NGSを始めよう!: MiSeqでランをする前に - サンプルシート作成ソフトIllumina Experiment Manager (IEM)の使い方 -【イルミナiSchool 初級】

イルミナ株式会社
テクニカル アプリケーション サイエンティスト
西田 圭伸

 

【要旨】
MiSeqを用いたランには、サンプルシートの作成が必要です。サンプルシートでは、リード長、インデックスの振り分けの指示や、解析アプリケーションなどを指定します。その作成には、Illumina Experiment Manager (IEM) を使用します。本ウェビナーでは、IEMを用いたサンプルシートの作成方法にフォーカスして、目的に合ったラン条件の設定方法を説明いたします。

西田 圭伸, イルミナ株式会社 テクニカル アプリケーション サイエンティスト
Topic: Sequencing : Software
Nextera Mate Pair Sample Preparation Kit と BaseSpaceで完結するバクテリアゲノムアセンブリー【イルミナiSchool 中級】

本セッションでは、Nextera Mate Pair Sample Prep KitとBaseSpaceを用いたバクテリアゲノムアセンブリーをご紹介します。低コストかつ迅速に最少1μgのDNAから長さ12kbまでのメイトペアライブラリーが得られる本キットを用いたライブラリー調製方法を注意点を交えてご案内します。くわえて、BaseSpaceアプリを用いたバクテリアゲノムのde novoアセンブリー(Velvet de novo Assembly)から遺伝子アノテーション(Prokka Genome Annotation)までの一連の解析方法もご紹介します。

 

陳 盈光, イルミナ株式会社 フィールド アプリケーション サイエンティスト
Topic: Microbiology & Infectious Disease : Sequencing
あなたのアプリケーションに適したライブラリー調製キットを探す【イルミナiSchool 初級】

Library Prep and Array Kit Selectorは、ご研究の目的や使用されるアプリケーションに適したライブラリー調製キットおよびアレイキットを簡単に探していただけるようデザインされたウェブ上のツールです。本ウェビナーではKit Selectorを使いながら、イルミナのライブラリー調製キットのラインナップをご紹介いたします。ライブラリー調製キットの選択にお困りの際は、ぜひご活用ください。

崎川 真里, イルミナ株式会社 テクニカル アプリケーション サイエンティスト
Topic: Sequencing
NGSをより深く知り、よりうまく使うための試み【イルミナiSchool プロフェッショナル】

次世代シークエンスは、費用がかかるだけでなく、技術的な相談相手が限られ、そして結果の評価も簡単ではない。本ウェビナーでは、こういった 壁を乗り越えるべく、おもに非モデル生物のゲノム・トランスクリプトーム解析を対象として、イルミナシークエンサやサンプル調製キットを利用 するにあたり実践してきた様々な試みを紹介する。

理化学研究所
ライフサイエンス技術基盤研究センター(CLST)
工樂 樹洋 先生
Topic: Sequencing : Customer
BaseSpaceで達成するSmall RNA発現解析 【イルミナiSchool 中級】

本セッションでは、BaseSpaceに新しく追加されたSmall RNA Appを用いたmiRNAの発現解析と新規miRNA予測解析をご紹介します。ライブラリー調製からこの新しいAppを用いた情報解析までの、miRNA発現解析の一連のワークフローを説明いたします。 

寺倉 伸治, イルミナ株式会社 フィールド アプリケーション サイエンティスト
Topic: Sequencing
次世代シーケンサーを用いた血漿cfDNAのゲノム解析:膵臓がんのLiquid biopsy【イルミナiSchool プロフェッショナル】

がん患者の血漿cell-free DNA (cfDNA)を用いたゲノム解析は”Liquid biopsy”と呼ばれ、侵襲性の低いがんの遺伝子診断法として期待されています。本講演では、我々が行なっている膵臓がんの研究を中心に、次世代シーケンサーを用いたcfDNAからのゲノム異常検出と、Liquid biopsyによるがんの個別化治療の可能性についてご紹介します。

高井 英里奈 先生, 国立がん研究センター研究所 がんゲノミクス研究分野 
Topic: Cancer Genomics : Sequencing : Customer
TruSeq Custom Amplicon Low Input キットを用いたターゲットリシーケンス – ドライ編 –【イルミナiSchool 初級】

TruSeq Custom Amplicon Low Inputキットを用いたターゲットリシーケンスの解析結果についてご説明します。当社BaseSpace cloud上で結果をどのように確認できるのか、そしてどのような知見を得ることができるのか、データを使用しながらご案内いたします。ウェット編をご覧頂いた方はもちろん、解析についてお知りになりたい方もご参加ください。

渡邊 大, イルミナ株式会社 テクニカル アプリケーション サイエンティスト
Topic: Sequencing
ラボの作業効率化、正確性の向上、品質維持を支援するClarity LIMSとは?【イルミナiSchool プロフェッショナル】

ゲノムシークエンス解析の新しい技術の導入とともに、ラボ内における情報は膨大かつ煩雑なものとなってきました。そこで、サンプルとデータ管理は大変重要となってきています。 次世代シーケンス向けデータ管理システム「Clarity LIMS」は、実験開始から終了までのサンプルのトラッキングと、各工程で出てくるデータを一元管理可能としたソフトウエアで、ラボにおける作業の効率化、経費節減、正確性の向上、品質の維持を実現します。 「Clarity LIMS」にはインストール版または、クラウド版の2種類があり、イルミナ社との共同開発によりイルミナシークエンス技術との相互運用と連携が可能です。 今回のウエビナーでは、「Clarity LIMS」の実用例とラボの規模に合わせたシステムについて説明します。

医学博士 黒栁 淳哉 先生、株式会社ワールドフュージョン 技術営業部 テクニカルサポート  Lester Poon, GenoLogics, an Illumina company Asia Pacific Sales, Enterprise Informatics
Topic: Sequencing
TruSight Tumor 15パネルを用いた固形腫瘍からの体細胞変異検出【イルミナiSchool】

TruSight Tumor 15パネルは、固形癌への関与が明らかにされている15の癌関連遺伝子を対象に効率的・経済的な腫瘍プロファイリングを可能にするライブラリー調製キットです。少量 (20 ng) のゲノムDNAから解析が可能で、既定レポートの出力により解析まで視野に入れたワークフローが特長となっています。

本セッションではライブラリー調製からデータ解析までのワークフローをご紹介致します。

宮崎 隆明, イルミナ株式会社 シニア アプリケーション サイエンティスト
Topic: Sequencing
TruSeq Custom Amplicon Low Inputキットを用いたターゲットリシーケンス – ウェット編 – 【イルミナiSchool】

TruSeq Custom Amplicon Low Inputキットは、少量のインプットおよびFFPEサンプルでも高精度で詳細な結果が得られる自在なアンプリコンシーケンスソリューションです。簡潔なデータ解析を含む、フルサポートの最適化されたワークフローソリューションをもつことも特長のひとつです。

本ウェビナーシリーズでは、TruSeq Custom Amplicon Low Inputキットについて、ウェットとドライの2セッションをご用意しました。今回はウェットを中心に、ライブラリー調製方法および注意点をご説明します。

米田 瑞穂, イルミナ株式会社 テクニカル アプリケーション サイエンティスト
Topic: Sequencing
少量サンプルからの融合遺伝子検出と発現解析 TruSight RNA Pan-Cancer パネル【イルミナiSchool プロダクト】

TruSight RNA Pan-Cancer の製品概要を説明します。

イルミナ株式会社 マーケティング本部
Topic: Cancer Genomics : Sequencing
MiniSeq™システムのご紹介:これまでにない、シンプルで、手が届くシーケンスソリューション【イルミナiSchool プロダクト】

最新のイルミナテクノロジーにより、今や研究室の規模を問わず日常的にお使いいただける研究ツールとなったNGSの利用法について解説 します。新しいMiniSeqシステムにより、腫瘍プロファイリングでターゲットDNAシーケンスを、また、発現解析でターゲットRNAシーケンスを行う 手法をご紹介します。

  • ランのセットアップからデータ解析までのワークフロー
  • QCとデータ解析の自動化で向上したワークフローの効率性
  • MiniSeqにより腫瘍学および基礎研究で使える数々のターゲットシーケンスアプリケーション
イルミナ株式会社 プロダクトマーケティング部
Topic: Agriculture Genomics
NGSをはじめよう!- 「DesignStuidoを用いたプローブデザインの方法と最適化のヒント」【イルミナウェビナー 初級】

弊社ソフトウェアDesignStudioは、使いやすいウェブベースのシーケンスアッセイデザインツールです。ターゲット領域のシーケンスカバレッジを最適化するための機能を備えており、カスタムプロジェクトのデザインをより短時間で行うことが可能です。
研究にあわせてコンテンツをカスタマイズし最適化することができます。
今回は、TruSeq Custom Amplicon 1.5およびTruSeq Custom Amplicon Low Inputにしぼって、プローブのデザイン方法と最適化のヒントについてご案内いたします。

イルミナ株式会社
テクニカル アプリケーション サイエンティスト
米田 瑞穂
Topic: Sequencing : Software
Immunogenomics/immunopharmacogenomics: exploring our immune system【イルミナiSchool プロフェッショナル】

近年の免疫療法の発展によって、がん治療過程における免疫システムの重要性が認識されている。また、免疫システムは、自己免疫疾患や食 物アレルギー、感染症、臓器移植後の拒絶反応、あるいは、薬剤誘導性の皮膚障害・肝障害などの、がん以外の様々な疾患においても重要な役割を果たしてい る。次世代シーケンサー(NGS)の急速な進歩によって、多様な免疫細胞を網羅的に解析することが可能になり、免疫システムの全体像を把握することができ る時代になった。Immunogenomics/ immunopharmacogenomicsは、NGSを用いて多様な免疫系の状態を、ゲノムレベル で解析することにより、様々な疾患における免疫状態を解明し、疾患に対する理解を深め、治療や予防の改善を目指す新しい学術分野である。


The recent development of immunotherapies has established the importance of immune system in controlling and eradicating cancer. Furthermore, it also plays a critical role in other non-cancerous diseases such as autoimmune diseases, food allergy, infectious diseases, and rejection of transplanted organs as well as drug-induced skin and liver toxicities. The rapid advance in next generation sequencing (NGS) technologies allows us to examine the immune repertoire comprehensively, providing us a broader picture of the immune system. Here, we are keen in studying the genetic characterization of immune system using NGS technologies, a new field referred as immunogenomics/ immunopharmacogenomics. This field has great potential to explore the roles of immune system in various disease conditions or drug responses, and thus to provide the better understanding of diseases that leads to improvement of the treatment or prevention. 

Dr. Poh Yin Yew, OncoTherapy Science, Inc.
Topic: Cancer Genomics : Sequencing
低品質、微量FFPEサンプルへの対処方法:TruSeq RNA Accessを用いた融合遺伝子検出【イルミナiSchool Oncology Breakthrough 5】

Oncology Breakthrough ウェビナーシリーズ3 でご紹介したFFPEサンプルから RNAシーケンスを可能にするライブラリー調製キット TruSeq RNA Access について、今回は、低品質、微量FFPEサンプルからの融合遺伝子検出を中心に、同キットを用いたライブラリー調製からシーケンス、そしてデータ解析に関するイルミナソリューションをご紹介いたします。

鈴木 健介, イルミナ株式会社 シニアシーケンススペシャリスト
Topic: Cancer Genomics
イルミナソフトウェアを用いたNGSデータの解析におけるヒント【イルミナiSchool】

イルミナのシーケンサーから得られたデータを利用するには、解析用のソフトウェアを利用して頂くことが必要になります。本ウェビナーでは、弊社がリリースしているソフトウェアのご利用に際し、良くあるお問い合わせの内容と、それに対する解決へのヒントをご案内いたします。

渡邊 大, イルミナ株式会社 テクニカル アプリケーション サイエンティスト
Topic: Sequencing : Software
超高機能構造タンパク質探索に向けたクモ類網羅的トランスクリプトーム解析【イルミナiSchool プロフェッショナル】

クモが作り出す糸は、極めて軽量ながらも炭素繊維やアラミド繊維を凌駕する強靭さを併せ持つ次世代繊維として注目を集めている。本講演では、我々が進めているクモ類の網羅的de novo トランスクリプトーム解析について紹介する。

慶應義塾大学先端生命科学研究所
荒川 和晴 先生
Topic: Sequencing : Customer
ターゲットサイトに絞ったカスタムライブラリーのシーケンス【イルミナiSchool】

目的の領域に絞った多サンプル解析をされる際に、既存のライブラリー調製キットにて対応できない場合はカスタムでライブラリーを作製されることが多いです。そこで本ウェビナーでは、次世代シーケンサーでシーケンスを行うために必要となる配列と、ライブラリーデザインのポイントをご紹介し、ライブラリー調製後にMiSeqで行うランのセットアップをご案内いたします。

崎川 真里, イルミナ株式会社 テクニカル アプリケーション サイエンティスト
Topic: Sequencing
TruSeq RNA Access Library Prepキットを用いたFFPE検体のRNA-Seq【イルミナiSchool】

TruSeq RNA Access Library Prepキットは、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)由来といった断片化したRNA検体に対応し、最少のRNAからRNA-Seq用のライブラリーが調製できるキットです。本キットを用いれば、従来は解析が困難であった断片化したFFPE由来のRNAでも、発現解析や融合遺伝子の検出といった解析が可能となります。

本セッションではライブラリー調製方法ならびに解析結果をご紹介いたします。

寺倉 伸治, イルミナ株式会社 アプリケーション コンサルタント
Topic: Sequencing
MiSeqとTruSight Tumor 15ではじめる20ngからの体細胞変異解析【イルミナiSchool Oncology Breakthrough 4】

TruSight Tumor 15は、FFPEや生検組織由来の少ないDNA量でも、わずか20ngからスタートすることができ、ライブラリー調製からシーケンス、データ解析までをサポートする新たな体細胞変異解析ソリューションです。 ニーズの高い15遺伝子に絞り込むことでスループットと検証の無駄を省いて、MiSeq 1ランで8サンプルをリーズナブルに解析することを可能にし、変異レポートも備えています。 イルミナの新しい体細胞変異解析ソリューションについてご紹介します。 

イルミナ株式会社
シニアシーケンススペシャリスト
鈴木 健介
Topic: Cancer Genomics : Sequencing
FFPEサンプルを用いたシーケンス【イルミナiSchool】

FFPEサンプルを用いたシーケンスは、ゲノムサンプルが分解されていたり、十分な収量が得られないこともあるために、サンプル調製が難しく、チャレンジングな手法であるといえます。本ウェビナーでは、FFPEサンプルを用いてシーケンスを行う際の注意点をご紹介させていただくとともに、弊社で取り揃えておりますFFPEサンプルのライブラリー調製キットに関して、ご案内をさせていただきます。

山重 りえ, イルミナ株式会社 テクニカル アプリケーション サイエンティスト
Topic: Sequencing
東北メディカルメガバンク(ToMMo)の ゲノム解析の戦略:1000人ゲノム解析【イルミナiSchool プロフェッショナル】

東日本大震災の翌年、被災地でのゲノムに基づく先進的医療復興を目的として、東北メディカル・メガバンク機構(ToMMo)が創立された。疾病関連多型の探索には数千人単位での大規模ゲノム解析を実施する必要があり、解析対象集団の参照ゲノムパネルとカスタムSNPアレイの組み合わせによる戦略を採用した。今年、1000人の独立した日本人の全ゲノム解読の結果を論文としてまとめ、一部多型情報を公開した。本講演では大規模ゲノム解読を実施するためのパイプライン構築のありようや、日本人集団のゲノム解析の意義について紹介する。 皆様のご参加、お待ちしております。

東北大学東北メディカル・メガバンク機構 ゲノム解析部門
分子ネットワーク解析分野
安田 純 先生
Topic: Human Genetics & Genetic Disease
Bioanalyzerを使用したライブラリーQCとトラブルシューティング【イルミナiSchool】

ライブラリー調製の際のトラブルシューティングとして、アジレント社Bioanalyzerを使用したライブラリーのクオリティーチェック方法についてご紹介します。

米田 瑞穂, イルミナ株式会社 テクニカル アプリケーション サイエンティスト
Topic: Sequencing
Next generation tools for gene expression profiling and gene fusion detection in tumor samples【イルミナiSchool プロフェッショナル】

FFPEからのRNAシーケンスは難しいと諦めていませんか?

RNA Accessは、FFPEサンプルなど生物学的に重要であるけれども技術的に困難なサンプルタイプに利用することができる非常にパワフルな手法です。キャプチャーテクノロジーを利用して、エクソン領域だけを効率的にターゲットとすることで、FFPEサンプル由来のわずか20ngのtotal RNAからスタートすることができます。
本ウェビナーでは、RNA Accessの詳細な製品性能をご説明します。さらに、発現プロファイルおよび融合遺伝子の発見/スクリーニングを目的とした、臨床研究プロジェクトにおける有用性を示す臨床腫瘍サンプルで得られた結果についてご紹介します。

※動画はありません

Illumina Inc. Genomics Application Group, Distinguished Scientist Gary P. Schroth, Ph.D.
Topic: Sequencing
NGSをはじめよう! BaseSpace で行う RNA-seq 入門 ~ TopHat/Cufflinks 編 ~【イルミナiSchool 初級】

RNA Seq をすぐに始めたい研究者をサポートするために、イルミナではクリックで進めるデータ解析ツール BaseSpace をご提案しております。 
BaseSpaceでは、非常に高速にアライメント、リード数のカウントと遺伝子発現の二群間比較までをノンストップで行う RNA Express、 より高度で詳細なアライメントとカウンティングに加えてcSNPや融合遺伝子の検出も行えるTopHat Alignment、そして新規転写産物予測や新規・既知転写産物レベルまでの詳細な二群間比較まで行えるCufflinks Assembly & DE、という3つのアプリをご提供しています。今回のウェビナーでは、まずRNA Seqのワークフローを概説した上で、この3つのアプリのご説明を行い、デモデータセットを用いたTopHatAlignmentとCufflinks Assembly &DE アプリの実行例をご紹介します 。

※動画はありません

イルミナ株式会社
バイオインフォマティクス サポート サイエンティスト
癸生川 絵里
Topic: Software : Informatics
がん研究者のためのFFPEサンプルからの変異解析【イルミナiSchool Oncology Breakthrough 3】

ホルマリン固定パラフィン包埋(Formalin-Fixed Paraffin-Embedded: FFPE)組織サンプルは、保存性が高く、癌研究において入手しやすい組織標本の1つですが、固定条件によって得られる核酸の品質はまちまちで、遺伝子解析を行う際には、サンプルの定量と品質管理が大変重要になります。さらに、固定過程でDNAに与えたダメージは、NGSのライブラリー調製過程で塩基置換を引き起こし、結果にバイアスを与える場合があります。


イルミナでは、FFPEからの遺伝子解析における課題を克服した、ライブラリー調製キットをご用意しています。
FFPEからDNAのみならずRNAシーケンスを可能にするターゲットシーケンステクノロジーをご紹介いたします。

熊井 広哉, イルミナ株式会社 マーケティング本部
Topic: Cancer Genomics : Sequencing
次世代シークエンサーを用いたクリニカルシークエンス;臨床現場の取り組みと今後の展開【イルミナiSchool プロフェッショナル】

次世代シークエンサー(NGS)の導入により、臨床現場で半網羅的な遺伝子解析を行い、診断・治療に必要なデータを抽出するクリニカルシークエンスの確立が必要となっている。しかし、最も進んでいる癌の個別化診断・治療に関する遺伝子診断においても、NGSによる検査方法のプラットフォームが未だ確立しておらず、臨床応用を進める上での喫緊の課題となっている。  本セミナーでは、クリニカルシークエンスの確立に必要な「使用する生体試料の品質に応じた核酸抽出法と解析手法」、並びに「迅速かつ少数検体の解析を行い、診療へフィードバックするための解析パイプラインの構築」、という二つのテーマについて現状と今後の方向性を紹介する。

北海道大学病院臨床研究開発センター
研究開発推進部門 生体試料管理室
西原 広史 先生
Topic: Cancer Genomics : Sequencing : Customer
解析に適したリード前処理を行うために【イルミナiSchool】

よりよい解析結果を得るために、リードの前処理について検討を行うことは大切な解析ステップの一つとなっています。本ウェビナーでは、リード前処理の概念についてパブリックまたBaseSpace上でよく使われるツールをご紹介しながら概説いたします。例えば、リードのトリミング、マージ、サブサンプリング、クオリティーフィルタリング等を例にとりあげます。

イルミナ株式会社
バイオインフォマティクス サポート サイエンティスト
癸生川絵里
Topic: Sequencing : Software
NGSによるバイオマーカー探索【イルミナiSchool プロフェッショナル】

臨床的に診断の難しい疾患、病態を診断する目的でエクソソーム中のマイクロ RNAを使った新規バイオマーカー探索が行われています。今回肝臓、膵臓疾患に おける新規バイオマーカー探索の試みを紹介し、その臨床応用について考察します。

村上 善基 先生, 大阪市立大学大学院 医学研究科 肝胆膵病態内科学
Topic: Human Genetics & Genetic Disease : Sequencing : Customer
癌研究におけるマルチオミックスデータの活用【イルミナiSchool Oncology Breakthrough 2】

細胞ががん化する仕組みを理解する上で、ゲノム、トランスクリプトーム、プロテオーム、メタボローム、インタラクトームと呼ばれる網羅的解析が非常に有効です。
これらの解析の中からイルミナシーケンサーを活用して実施可能な解析について、イルミナから提供しているキット、データ解析ツールを中心に、まとめてご紹介させていただきます。

イルミナ株式会社
シニアシーケンススペシャリスト
鈴木 健介
Topic: Cancer Genomics : Sequencing : Informatics
NGSをはじめよう!- SBS (Sequencing By Synthesis) ケミストリーとは何か?【イルミナiSchool】

イルミナシーケンサーで共通に使用されているSBS (Sequencing By Synthesis) ケミストリーを用いたシーケンスについて基礎からご案内いたします。これからイルミナシーケンサーで実験を始めていただく方を対象としています。

渡邊 大, イルミナ株式会社 テクニカル アプリケーション サイエンティスト
Topic: Sequencing
がん臨床研究におけるイルミナの取り組み【イルミナiSchool Oncology Breakthrough 1】

イルミナでは、「Oncology Breakthrough」をキーワードに、がんゲノム研究をサポートする活動に取り組んでおります。
ウェビナーシリーズの第1回目は、アクショナブル・ゲノム・コンソーシアムをはじめとする、がん臨床研究におけるイルミナの取り組みをご紹介します。

ウェビナーシリーズでは、今後予定されているがん関連パネル新製品のご紹介やがん臨床サンプルからの次世代シーケンスに必要なQC手法など、研究に役立つ情報を提供して参ります。

イルミナ株式会社
クリニカル・スペシャリスト
桜庭 喜行
Topic: Cancer Genomics : Sequencing
NGSをはじめよう!- RNA-seq ~ 研究目的に合わせたアプリケーションの選び方 ~【イルミナiSchool】

RNA-seqにはRNAの発現解析、トランスクリプトーム解析など、様々なアプリケーションがあり、研究目的に応じて適切なサンプル調製キット、シーケンス条件をご選択いただく必要があります。本ウェビナーでは、それぞれのアプリケーションにご使用いただける弊社のサンプル調製キットのご案内、およびシーケンスを行う際のそれぞれのアプリケーションにおける一般的なランの条件をご紹介させていただきます。

山重 りえ, イルミナ株式会社 テクニカル アプリケーション サイエンティスト
Topic: Sequencing
Introduction of TruSight HLA development【イルミナiSchool プロフェッショナル】

TruSight HLAシーケンスパネル開発の段階からご協力いただいたスタンフォード大学 山本フィオナさんによるウェビナー(日本語)が間もなく開催されます。症例サンプルの従来法との比較結果や、TruSight HLAシーケンスパネル運用にあたって行った改良点などに加え、スタンフォード大学HLAラボでの研究体制についてもご紹介いただきます。

山本フィオナ 様, Stanford University, School of Medicine Histocompatibility, Immunogenetics, and Disease Profiling Laboratory
Topic: Sequencing : HLA Typing : Customer
NGSをはじめよう!- Nextera Rapid Capture エクソームキットを用いたエクソームシーケンス - ドライ編 -【イルミナiSchool】

本ウェビナーでは、前回のウェット編を受け、イルミナのクラウドBaseSpace上にフリーでご提供するBaseSpace 解析アプリを使用し、ラン結果からレポート作成までの解析の流れをご紹介します。

癸生川 絵里, イルミナ株式会社 バイオインフォマティクス サポート サイエンティスト
Topic: Sequencing : Informatics
NGSをはじめよう!- Nextera Rapid Capture エクソームキットを用いたエキソームシーケンス -ウェット編-【イルミナiSchool】

Nextera Rapid Capture エクソームキットは、サンプル調製およびエクソーム濃縮に必要な試薬を1つにしたキットで、わずか1.5日でエクソームライブラリーを調製できます。専門家が選択した 37Mbのエクソン領域を均一かつ特異的にカバーするよう最適化されており、1サンプルのエクソームに必要な4Gbのシーケンス量で、ターゲットの80%を超える塩基が10x以上 のカバレッジデータを得ることが可能です。本ウェビナーシリーズでは、Nextera Rapid Capture エクソームキットについて、ウェットとドライの2セッションをご用意しました。今回はウェットを中心に、ライブラリー調製方法および注意点をご説明します。

米田 瑞穂, イルミナ株式会社 テクニカル アプリケーション サイエンティスト
Topic: Sequencing
NGSをはじめよう!- NextSeqで何ができるのか?【イルミナiSchool 初級】

NextSeq 500システムは、ハイスループットが求められるアプリケーションの解析を可能にするデスクトップ型次世代シーケンサーです。
本ウェビナーでは、NextSeq500システムのランあたりのリード数やデータ出力を生かしてどのような解析が可能であるのか、研究プロジェクトの組み立て方についてご紹介いたします。

イルミナ株式会社
テクニカル アプリケーション サイエンティスト
崎川真里
Topic: Sequencing
トラブルシューティング編 - TruSeq DNA & RNAキットを用いたライブラリー作製におけるトラブルシューティング【イルミナiSchool】

イルミナTruSeqシリーズのライブラリー調製キットは、微量スタートやPCRフリーのDNAキットからストランド鎖を維持するRNAキットまで、研究のニーズに応じて幅広いキットの種類をご提供しています。本ウェビナーではTruSeqシリーズのライブラリー調製キットについて、よくあるトラブルおよびその解決策をご紹介します。

小林 孝史, イルミナ株式会社 テクニカル アプリケーション サイエンティスト
Topic: Sequencing
トラブルシューティング編 - Nexteraライブラリー調製キットシリーズで期待通りのライブラリーを得るためのヒント【イルミナiSchool】

NexteraおよびNextera XTライブラリー調製キットはトランスポゾームを利用し、迅速かつ簡単にライブラリーを調製することができます。本ウェビナーではNexteraシリーズのライブラリー調製キットで発生しうるトラブルとその解決策をご紹介します。

小林 孝史, イルミナ株式会社 テクニカル アプリケーション サイエンティスト
Topic: Sequencing
さらなるブレイクスルーを加速するNGS製品ラインアップの拡大【イルミナiSchool プロダクト】

2015年1月、イルミナはハイスループットの次世代シーケンサーにおいて、新たな世界水準を示すシステムの発表をしました。革新的な整列化フローセルのナノウェル技術を採用したHiSeq 3000 / HiSeq 4000、および HiSeq X Fiveです。また、デスクトップ型システムにおいては、細胞遺伝学アレイスキャン能力を有するNextSeq 550、および現在のNextSeq 500のv2試薬キットもアナウンスされました。


HiSeq 3000 / 4000 : 整列化フローセルを使い、大量データをスピーディに産出。幅広いアプリケーションに対応
HiSeq X Five : 整列化フローセルを使い、集団規模のヒト全ゲノムシーケンスにフォーカスしたシステムで、HiSeq Xシステム5台セットの構成
NextSeq 550 : デスクトップ次世代シーケンサーに細胞遺伝学用アレイスキャナー能力を追加したシステム

これまでに広く使われているHiSeq 2000, HiSeq 2500、そして1000ドルゲノムを初めて達成したHiSeq X Tenに加え、これらの新製品の登場でさらに次世代シーケンサーシステムの可能性が広がります。

本ウェビナーでは、新製品であるHiSeq 3000 / 4000、HiSeq X FiveおよびNextSeq 550の概要を説明し、イルミナが提供するハイスループット次世代シーケンサー各システムのポートフォーリオ比較、用途についてご紹介します。ぜひご登録の上、ご参加ください。

イルミナ株式会社, マーケティング本部
Topic: Sequencing
微生物ゲノムシリーズ - ヒト腸内細菌叢メタゲノム解析【イルミナiSchool プロフェッショナル】

ヒトには1000種100兆個体を超える細菌が我々とともに共生しており、これらの細菌群集構造を解析対象にした研究が近年盛んに行われている。今回、ヒト腸内細菌を対象にしたメタゲノム解析についてご紹介する。

山田 拓司 様, 東京工業大学 生命理工学研究科 生命情報専攻
Topic: Microbiology & Infectious Disease : Sequencing : Informatics : Customer
高効率・高精度な臨床研究を可能にするTruSight Oneシーケンスパネル - ドライ編 -【イルミナiSchool】

クリニカルシーケンスでは、効率よく解析を行えるエクソーム解析が主流となっており、TruSight Oneシーケンスパネルは現在臨床研究の場で検討されている4,813遺伝子のエクソン領域を網羅しています。TruSight Oneシーケンスパネルによって平均10,000個の変異が検出されますが、VaraintStudioソフトウェアを使うことで、変異の分類、アノテーション、レポート作成までを迅速かつ簡単に行えます。


本ウェビナーでは、ドライ(データ解析)にフォーカスし、TruSight Oneシーケンスパネルのの親子トリオデモデータセットを使った解析のながれをご紹介します。VariantStudioのフィルター機能を用いることで、疾患原因となりうる候補遺伝子の絞り込みが効率よく実施できます。

長井 陽子, イルミナ株式会社 シーケンシング スペシャリスト
Topic: Sequencing : Software : Informatics
高効率・高精度な臨床研究を可能にするTruSight Oneシーケンスパネル - ウェット編 -【イルミナiSchool】

TruSight Oneシーケンスパネルは、臨床に関与する4,813遺伝子を網羅しており、すべてのイルミナ次世代シーケンサー(MiSeq, NextSeq, HiSeq)でお使いいただけます。パネルのすべての遺伝子を対象に解析したり、特定のサブセットのみに絞って解析したりと、用途に応じて効率のよい解析が可能です。データ解析にはVariantStudioソフトウェアを使うことで、変異の分類、アノテーション、レポート作成までを迅速かつ簡単に行えます。

本ウェビナーシリーズでは、TruSight Oneシーケンスパネルについて、ウェットとドライの2つのセッションをご用意しました。今回はウェットにフォーカスした内容で、ライブラリー調製および濃縮のワークフローについての概要、および注意点をご説明します。

山重 りえ, イルミナ株式会社 テクニカル アプリケーション サイエンティスト
Topic: Sequencing
イルミナNGSでロングリードを可能にするTruSeq Synthetic Long-Readライブラリー調製キット:ワークフローのご紹介および注意点【イルミナiSchool】

10月よりイルミナのライブラリー調製キットのラインナップに、ロングリードを可能にする新製品TruSeq Synthetic Long-Readライブラリー調製キットが加わりました。こちらのキットでは、8-10kbの断片を数百分子ずつウェルプレートに分注後、ウェルごとにインデックスを付加します。これにより、シーケンス後にウェルごとにリードを振り分け、コンティグファイルを作成し、ロングリードの情報の取得ができます。このキットを用いることで、非モデル生物のde novoアセンブルや、ヒトゲノムのフェージング解析も可能となります。

本ウェビナーでは、ウェット部分のワークフローとその注意点、そしてBaseSpaceで行うデータ解析についてご紹介いたします。

崎川 真里, イルミナ株式会社 テクニカル アプリケーション サイエンティスト
Topic: Sequencing
RNA-Seqシリーズ:iPS細胞におけるトランスクリプトーム・エピゲノム解析【イルミナiSchool プロフェッショナル】

RNA-Seq にご興味のある方を対象としたウェビナーです。 京都大学 iPS細胞研究所: CiRA(サイラ)のゲノム・エピゲノム解析コアファシリティの中村正裕様から、RNA-Seqを行う際のトピックに関してご発表いただきます。 セッションの中で、NextSeq と HiSeq で同じライブラリーを解析した結果に関してもご紹介いただきます。

中村 正裕 様, 京都大学 iPS細胞研究所 ゲノム・エピゲノム解析コアファシリティ
Topic: Sequencing : Customer
NextSeq 500から得られるデータのFASTQ変換【イルミナiSchool】

NextSeq 500システムから出力されたアウトプットデータ(*.bclファイル類)をFASTQファイルに変換するため、イルミナでは3種類の方法をご用意しています。ユーザー様の利便に応じて、ネットワーク利用、冗長化、費用の有無等から考慮頂けるよう、本ウェビナーでは、これらの選択肢について概要をご紹介します。NextSeqシステム導入前に整えておくべき解析環境を知りたい方、イルミナがNextSeq 500, HiSeq X ten向けに提供する新しいFASTQ変換ツール(bcl2fastq v2) を学びたい方を対象としています。

 

癸生川 絵里, イルミナ株式会社 バイオインフォマティクス サポート サイエンティスト
Topic: Software : Informatics
RNA Seqをはじめよう!- BaseSpace で行う簡単NGSデータ解析【イルミナiSchool】

RNA Seq をすぐに始めたい研究者をサポートするために、イルミナではクリックで進める簡単データ解析ツール BaseSpace をご提案します。BaseSpaceでは、非常に高速にアライメント、リード数のカウントと遺伝子発現の二群間比較までをノンストップで行う RNA Express、より高度で詳細なアライメントとカウントに加えてcSNPや融合遺伝子の検出も行えるTopHat Alignment、そして新規転写産物予測や新規・既知転写産物レベルまでの詳細な二群間比較まで行えるCufflinks Assembly & DE、という3つのアプリをご提供しています。


本ウェビナーでは、まずRNA Seqおよび3つのアプリの概要をご説明し、つづいてデモデータセットを用いた迅速解析 RNA Express アプリの実行例をご紹介します。

癸生川 絵里, イルミナ株式会社 バイオインフォマティクス サポート サイエンティスト
Topic: Software : Informatics
狙った領域を高カバレッジにカバーする Long Range PCR + Nextera 法のご紹介:ヒトミトコンドリアゲノム解析を例に【イルミナiSchool】

ターゲットリシーケンスの手法はいくつかありますが、10kb程度の領域の解析には Long Range PCR + Nextera法が効果的です。この手法では、まずターゲット領域を Long Range PCR で増幅し、次にそのPCR産物をイルミナ Nextera キットを使って次世代シーケンサー用のライブラリーを作製します。反復領域が多くカバレッジがとりにくい配列のリシーケンスにも適しています。


この手法の応用として、イルミナではヒトミトコンドリアゲノム(16.5Kb)およびミトコンドリアのD-Loop領域をターゲットにしたプロトコールを提供しています。本ウェビナーでは、このプロトコールの概要、注意点をご紹介します。

小林 孝史, イルミナ株式会社 テクニカル アプリケーション サイエンティスト
Topic: Sequencing
疾患研究にエクソーム解析を実現する高速次世代シーケンサーNextSeq【イルミナiSchool プロダクト】

遺伝性疾患の原因探索には、トリオ解析などで実施するエクソームシーケンスが主流となりつつあります。簡単なタッチパネル操作で次世代シーケンサーのランができるNextSeqでは、ランあたり複数サンプルを1度に解析することで、わずか数日でサンプルからデータまでを産出することができるようになりました。

本ウェビナーでは、NextSeqでエクソーム解析を行う場合のワークフローを中心に、その操作性、簡便性、コスト効率性についてご紹介いたします。

イルミナ株式会社
シーケンススペシャリスト
鈴木 健介
Topic: Human Genetics & Genetic Disease : Sequencing
RNA Seq時代到来:NextSeqが実現する簡単、高速、安価なトランスクリプトーム解析【イルミナiSchool プロダクト】

ハイスループットの解析を可能にするデスクトップ型システムNextSeqの登場で、RNA Seqがさらに身近に行えるようになりました。NextSeqを使えば、1回のランで複数サンプルを処理でき、サンプルあたりわずか数万円でRNA Seqが可能です。また、RNA Seqは広いダイナミックレンジを誇り、融合遺伝子の検出が行えるなどマイクロアレイと比べて優れた特長を誇り、癌やiPS細胞、その他基礎研究の分野で急速に利用が進んでいます。


本ウェビナーでは、ライブラリー調製からシーケンサー、データ解析までの一連のワークフローをご提供することで、RNA Seq解析に不安をお持ちの方も、安心して成果が出せるようなご提案をします。

鈴木 健介, イルミナ株式会社 シーケンススペシャリスト
Topic: Sequencing
ラン間のサンプル持ち込みを最大限に防ぐためのMiSeqのメンテナンス -- テンプレート洗浄のプロトコール--【イルミナiSchool】

MiSeqの洗浄の種類と、洗浄が必要な条件についてのご紹介およびMiSeqでラン間のコンタミネーションを0.0001%以下に抑えるテンプレート洗浄プロトコールについてご紹介します。

イルミナ株式会社
アソシエイト テクニカル アプリケーション サイエンティスト
崎川真里
Topic: Sequencing
MiSeqのランが途中で中断した時のデータ解析【イルミナiSchool】

フォーカスエラーなどでMiSeqランが中断してしまった場合でも、途中までのデータをfastqファイルなどで取り出すことが可能です。その方法について、実用例をもとにプロトコールをご紹介します。

米田 瑞穂, イルミナ株式会社 テクニカル アプリケーション サイエンティスト
Topic: Sequencing
MiSeqでフォーカスエラーが出た!どうしたら良い?【イルミナiSchool】

MiSeqのランが行われている最中に、フォーカスを外してランが中断する場合があります。その症状および原因について説明するとともに、次のラン時での対処方法についてご紹介します。

小林 孝史, イルミナ株式会社 テクニカル アプリケーション サイエンティスト
Topic: Sequencing
RNA-Seqシリーズ:トランスクリプトームデータ解析戦略2014【イルミナiSchool プロフェッショナル】

Illumina HiSeqシリーズをはじめとしたトランスクリプトーム解析用機器の技術革新はあまりに早く、ついていくのが精いっぱいどころかおいて行かれ気味だと感じている研究者は(講師を含めて)多い。本ウェビナーでは、RNA-seqデータ解析を中心としたトランスクリプトーム解析全般について、2011年秋以降の情報を中心に解説する。講師による過去2回(2011年9月8日と2011年11月17日)分のウェビナースライドを眺め、その概要を理解済みという前提で話を進める予定である。

門田 幸二 先生, 東京大学・大学院農学生命科学研究科・アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット
Topic: Sequencing : Customer
NGS困ったときのお助けツールキット ≪Online trouble shooter≫【イルミナiSchool】

NGSのトラブルシュートで利用いただけるお助けツール「Online Trouble Shooter」は、ウェブページ上の簡単操作で、大まかな解決策が得られます。その使い方についてご紹介します。

崎川 真里, イルミナ株式会社 アソシエイト テクニカル アプリケーション サイエンティスト
Topic: Sequencing
これだけは知っておきたいMiSeq --解析原理と必要な試薬キット、装置の使い方--【イルミナiSchool】

MiSeqの解析原理や試薬キットのラインナップ、ワークフローなど、MiSeqをご利用時の基礎的な内容についてご紹介します。

イルミナ株式会社
テクニカル アプリケーション サイエンティスト
米田 瑞穂
Topic: Sequencing
RNA-Seqシリーズ:進化するRNA-Seq:臨床検体からシングルセル解析まで -- ウェット・ドライ解析の実験ノート【イルミナiSchool プロフェッショナル】

2011年の秋に弊社ウェビナーでご講演いただきました東京大学大学院 鈴木 穣先生を再度お招きし、最新のRNA-Seq の手法と実際に実験のポイントについてデータを示しながらご講演いただきました。

鈴木 穣 教授, 東京大学大学院新領域創成科学研究科 情報生命科学専攻
Topic: Sequencing : Customer
Tailed PCR法を用いたライブラリー調製【イルミナiSchool】

Tailed PCR法は、サンプル調製キットを使用せずにPCRプライマーにアダプター配列を組み込むことでDNAライブラリーを作製する手法で、領域を絞って多サンプル解析を行う際などに適しています。その実用例とプロトコールをご紹介します。

小林 孝史, イルミナ株式会社 テクニカル アプリケーション サイエンティスト
Topic: Sequencing
TruSight疾患パネルで疾患関連遺伝子だけを効率よく低コスト解析【イルミナiSchool】

TruSight疾患パネルを使用することにより、疾患遺伝子に特化して解析からデータ解析までを、効率よく低コストで行うことが可能です。TruSight製品のラインナップを紹介するとともに、ワークフローについてご紹介します。

田中 敦成, イルミナ株式会社 テクニカル アプリケーション サイエンティスト
Topic: Sequencing
16S rRNA メタゲノム解析のポイント プロトコールのご紹介【イルミナiSchool】

16S rRNAメタゲノム解析とは、環境サンプルなどから含まれる生物種について網羅的に解析する方法です。イルミナ本社で2013年に公表されました16S rRNAメタゲノム解析について、そのプロトコールの詳細および特長などを解説します。

小林孝史, イルミナ株式会社 テクニカル アプリケーション サイエンティスト
Topic: Sequencing
癌ゲノムシリーズ:シーケンス解析による造血器腫瘍の分子プロファイリング【イルミナiSchool プロフェッショナル】

次世代シーケンサーを活用し、癌に関連するゲノム変異同定を行っている小川先生をお招きし、血液癌における分子プロファイリングのための解析戦略および結果についてご講演いただきます。

京都大学
大学院医学研究科腫瘍生物学
小川 誠司 教授
Topic: Cancer Genomics : Sequencing : Customer
RNA-Seq入門(キットの選び方、実験デザイン)【イルミナiSchool】

RNAの配列を解析する際に必要なライブラリー調製キットの紹介と、それぞれの特長および原理についてご説明いたします。推奨のシーケンス条件、可能な同時解析のサンプル数などもご案内します。

米田瑞穂, イルミナ株式会社 テクニカル アプリケーション サイエンティスト
Topic: Sequencing
Low Diversity サンプルを解析するためのテクニック【イルミナiSchool】

偏った塩基配列を持つサンプルを解析する際のテクニックについてご紹介するセミナーです。 
これからイルミナシーケンサーで実験を始めていただく方を対象とした入門セミナーです。

イルミナ株式会社
テクニカル アプリケーション サイエンティスト
小林孝史
Topic: Sequencing
クリニカルシーケンスシリーズ:アンプリコンシーケンシングによる低頻度モザイクGNAS変異の 高感度検出【イルミナiSchool プロフェッショナル】

遺伝性疾患における次世代シーケンサーの応用例として、アンプリコンシーケンスのプロトコールを開発した慶應大学の鳴海先生にご講演いただきます。
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カフェオレ斑、線維性骨異形成、内分泌異常を主要徴候とするMcCune-Albright 症候群は、機能亢進型のGNAS遺伝子変異を病因とする稀な先天異常である。 末梢血では、変異保有細胞は極めて低頻度の体細胞モザイクとして存在するため、Sanger法による解析は困難であった。MiSeqを用いて低頻度モザイクGNAS変異を検出する手法を開発したので、そのワークフローなどを紹介したい。
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鳴海 覚志 先生, 慶應義塾大学医学部 小児科
Topic: Human Genetics & Genetic Disease : Sequencing : Customer
MiSeq Reporterアップデート (PDFのみ)【イルミナiSchool】

本ウェビナーは録画がありません。PDFのみのご提供となります。
開発スピードの速いMiSeq解析ソフトウェア 「MiSeq Reporter」 の新ワークフロー、新機能についてアップデートし簡単なトラブルシュートや留意点と合わせてご紹介するセミナーです。 これからイルミナシーケンサーで実験を始めていただく方を対象とした入門セミナーです。

癸生川 絵里, イルミナ株式会社 バイオインフォマティクス サポート サイエンティスト
Topic: Software : Informatics
クリニカルシーケンスシリーズ:臨床シーケンス解析をする上で理解しておきたい初歩からの遺伝統計学【イルミナiSchool プロフェッショナル】

次世代シーケンサー(NGS)はゲノム研究に欠かせないツールとなりましたが、中でも診断を見据えた臨床応用である「クリニカルシーケンス」に高い期待が寄せられています。NGSでは、詳細なゲノム変異が解析できる一方で、その莫大なデータ量から、生物学的意義を見つけるためのデータ解析を大きな課題として感じている研究者の方が多くいらっしゃいます。本ウェビナーでは、遺伝統計学の権威でもある鎌谷先生をお招きし、臨床応用にNGSを使う場合に必要な遺伝統計学をわかりやすくご解説いただきます。

スタージェン株式会社
鎌谷 直之 先生
Topic: Human Genetics & Genetic Disease : Sequencing : Informatics : Customer
NGSデータ解析プラットフォームMaser【イルミナiSchool プロフェッショナル】

生命科学におけるNGSデータの利用は年々その利用頻度が増えています。 
今回紹介するNGSデータ解析のためのプラットフォームMaserは、文部科学省の「革新的 細胞解析研究プログラム(セルイノベーション)」において開発されたもので、このプログラムに参画した研究機関へのNGSデータ解析支援の過程で構築された汎用的な解析フローをメニュー化したものを、簡単なマウス操作で利用できるWebシステムとなっています(現在、一般公開中)。 
 
解析メニューとしては発現解析、多型解析、エピジェネティック系解析、de novo assembly系処理などを整備しています。また既にこのシステムを利用したデータ解析結果による学会発表や論文に繋げたケースも増えてきています。 ウェビナーでは、Maserの概要と解析メニュー(一部)の紹介を行います。 
 
<参考URL> http://cell-innovation.nig.ac.jp/wiki2/

国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 遺伝情報分析研究室(セルイノベーション)
藤井 信之 先生、吉武 和敏 先生
Topic: Sequencing : Informatics : Customer
ターゲットシーケンスシリーズ:疾患関連遺伝子の long-range PCR Nextera 解析【イルミナiSchool プロフェッショナル】

ゲノム上の一部の領域を次世代シーケンサーで効率的に解析をしたいと考えている方を対象としたWebinarです。long range PCR を用いてゲノム上の 10kb-20kb を増幅し、Nexteraを用いてサンプル調製を行い、デスクトップ型の次世代シーケンサーMiSeqでシーケンス解析を行います。 実際の利用例として、既知疾患原因遺伝子における変異検索、それをさらに進展させたHLA遺伝子解析を、サンプル調製からデータ解析までご紹介いただいます。

細道 一善 先生, 国立遺伝学研究所 人類遺伝研究部門
Topic: Sequencing : HLA Typing : Customer
RNA-Seq をはじめよう!:0.1 pg の mRNA をシーケンスする高精度なRNA-Seq法: Quartz-Seq【イルミナiSchool プロフェッショナル】

近年、同じ組織や培養環境にある細胞集団が、実は不均一な細胞の集まりであることが、様々な研究者から報告されている。細胞の不均一性は、ES/iPS細胞や造血幹細胞、がん細胞などで観察されている。この現象は、細胞分化との機能的関連や、薬剤の応答や、増殖能の違いなどが報告されており、再生医療や創薬と深い関連がある。


細胞の不均一性を正確に把握するためには、1細胞が持つ転写産物の量を正しく、網羅的に測定する必要が、1細胞はわずか 0.1 pg の mRNA しか持たないため、DNAシーケンサーで定量するためにはRNAを増幅しなければならない。ところが、報告されている1細胞RNA-Seq法は、再現性が高いとは言えず、検出できる遺伝子数 も3, 4割程度と少ない。そこで、我々は高い再現性とダイナミックレンジを持つ1細胞 RNA-Seq法, Quartz-Seq を開発した。本方法では、7-9割の遺伝子を捉えることができる。また、1細胞だけでなく、30-50細胞程度の微量サンプル (3 pg mRNA) にも適用できるため、その応用範囲は広い。DNAシーケンサーにはもっとも普及しているHiSeq を利用しており、プロトコールも1つのチューブで完結し、クオリティチェックができるよう工夫しているため、これまでの1細胞RNA-Seq 法よりも導入しやすく、簡便で、安定したデータが出力できるのも特徴である。

講演では、Quartz-Seq が高精度で安定である3つの理由を詳しく解説し、細胞の不均一性をどの程度の精度で捉えられるかを紹介する。

二階堂 愛 先生、笹川 洋平 先生, 独立行政法人 理化学研究所 情報基盤センター バイオインフォマティクス研究開発ユニット
Topic: Sequencing : Customer
de novoシリーズ:DDBJパイプラインによるRNA-seq配列のde novoアセンブル【イルミナiSchool プロフェッショナル】

遺伝研で解析パイプラインについて、またパイプライン内部のスパコン利用、DDBJパイプラインの概要などについてご講演いただきました。また、遺伝研で公開しているDDBJパイプライン上にてTrinityを実行し、公開RNA-Seq配列に対してde novoアセンブルするデモも実施いただきました。

中村 保一 先生、長崎 英樹 先生、谷沢 靖洋 先生, 国立遺伝学研究所 大量遺伝情報研究室
Topic: Sequencing : Informatics : Customer
de novoシリーズ:Miseqでのde novo実験【イルミナiSchool プロフェッショナル】

De novo 解析にデスクトップ型次世代シーケンサー MiSeq を既に使っている方、これから使おうと考えている方を対象としたWebinarです。

サンゴ、アコヤガイなどのゲノム解析を実施された沖縄科学技術大学院大学のDNAシーケンシングセクションにおいてMiSeqがどのように活用されているか、MiSeqの250塩基のペアエンド解析を、どのようなに活用しておられるか、ご講演いただきます。

沖縄科学技術大学院大学 DNAシーケンシングセクション
藤江 学 氏、小柳 亮 氏
Topic: Microbiology & Infectious Disease : Sequencing : Informatics : Customer
de novoシリーズ:非モデル生物のRNA-seq解析 -- 実験デザインから解析パイプラインまで【イルミナiSchool プロフェッショナル】

次世代DNAシークエンサーによって、非モデル生物のゲノム・遺伝情報へのアクセスは飛躍的に容易になりつつある。ゲノムが未知であっても、イルミナのショートリードをde novo アセンブルすることによりトランスクリプトームのかなりの部分を網羅することが可能である。得られたアセンブルは発現比較解析、多型探 索、プロテオーム解析用データベース、分子進化解析など多様な用途に利用できる。


近年のシークエンスコストの低下とインフォマティクス技術の進歩により、de novo RNA-seqは費用対効果が極めて高い技術となっている。本講演では、非モデル生物のRNA-seq解析の一連の流れを、実験デザインから、ライブラリ作製、インフォマティクスのパイプラインまで概説する。

重信 秀治 先生, 基礎生物学研究所 生物機能解析センター
Topic: Sequencing : Customer
iPS研究シリーズ:再生医療時代のiPS細胞のゲノム解析【イルミナiSchool プロフェッショナル】

京都大学iPS細胞研究所の渡辺亮先生をお招きし、最先端テクノロジーを用いたiPS研究についてご講演いただくシリーズです。第1回目のセッションでは、iPS細胞の安全性を評価するために行っているゲノム解析をご紹介いただきました。HiSeqを用いたエクソーム解析と、MiSeqを用いたAmplicon-seqによる少数のアリルに存在するSNV検出のストラテジーを中心にご講演いただきましたので、ぜひご活用ください。

渡辺 亮 先生, 京都大学 iPS細胞研究所
Topic: Sequencing : Customer
iPS研究シリーズ:エピゲノム解析によるiPS細胞の特性解析【イルミナiSchool プロフェッショナル】

京都大学iPS細胞研究所の渡辺亮先生をお招きし、最先端テクノロジーを用いたiPS研究についてご講演いただくシリーズです。第2回目のセッションでは、RNA- SeqやシーケンスキャプチャーによるDNAメチル化解析によるiPS細胞の特性解析についてご紹介いただきました。また、単一細胞やピコグラムの RNAからスタートするRNA-Seqに関してもご講演いただきました。

渡辺 亮 先生, 京都大学 iPS細胞研究所
Topic: Sequencing : Customer
微生物ゲノムシリーズ:16S ribosomal RNA遺伝子から始める腸内細菌叢解析【イルミナiSchool プロフェッショナル】

次世代シーケンサーを用いて16Sリボソーマル領域を対象とした細菌叢解析を、これから行おうと考えている方を対象としたWebinarです。森永乳業株式会社食品基盤研究所において、腸内細菌解析を行なっておられる小田巻博士から、イルミナのデスクトップ型シーケンサーMiSeqを用いた最新の解析結果をご講演いただきます。

小田巻 俊孝 博士, 森永乳業株式会社 食品基盤研究所 生物機能研究部
Topic: Microbiology & Infectious Disease : Sequencing : Customer
微生物ゲノムシリーズ:Nexteraによるライブラリー調製:実験の流れ、注意点、応用例について【イルミナiSchool プロフェッショナル】

次世代シーケンサーを用いて微生物ゲノム解析を、これから行おうと考えている方を対象としたWebinarです。病原性大腸菌など微生物のゲノム解析において豊富な経験と実績をお持ちの小椋先生から、イルミナのデスクトップ型シーケンサーMiSeqと画期的なサンプル調製用キットNexteraを用いてゲノム解析を行なう際の、実際の実験のポイントを、ご講演いただきました。

小椋 義俊 先生, 宮崎大学医学部 感染症学講座微生物学分野
Topic: Microbiology & Infectious Disease : Sequencing : Customer
癌解析シリーズ:イルミナHiSeq2000を用いた癌ゲノムシークエンス解析【イルミナiSchool プロフェッショナル】

癌研究に次世代シーケンサーを既に使っている方、これから使おうと考えている方を対象としたWebinarです。先日Nature Genetics に掲載された肝臓がん27例の全ゲノム解析に関するご研究を中心に、癌研究の分野において次世代シーケンサーがどのように活用されているか、ご講演いただきます。

中川 英刀 先生, 理化学研究所 バイオマーカー探索・開発チーム
Topic: Cancer Genomics : Sequencing : Customer
エピゲノム解析シリーズ:ChIP-Seq: 実験のデザインと落とし穴【イルミナiSchool プロフェッショナル】

次世代シーケンサーを使い、ChIP-Seqを行おうと考えている研究者を対象としたセミナーです。講師には東京大学の白髭先生と中戸先生をお招きし、ChIP-Seq実験をする上で重要なデザイン、ウェットのプロトコール、データ解析について、各ステップの詳細と注意点をお話いただきます。

白髭 克彦 先生、中戸 隆一郎 先生, 東京大学 分子細胞生物学研究所
Topic: Sequencing : Customer
TruSeq Amplicon Cancer Panel - 48の癌関連遺伝子をターゲットとするディープシーケンス【イルミナiSchool プロダクト】

次世代シーケンサーMiSeqに対応した、48癌関連遺伝子をターゲットとするパネルが登場しました。ALK、BRAF、EGFR などを含む48遺伝子、212アンプリコンを同時に増幅する TruSeq Amplicon Cancer Panel は、癌における体細胞変異の検出に適したツールです。

TruSeq Amplicon Cancer Panel の特長
■ 48遺伝子、212アンプリコンをシングルウェルで増幅
■ FFPEサンプルにも対応
■ 実験成功のためのQCステップ(キット)を提供
■ MiSeqでディープシーケンスすることにより、5%以下の変異検出も可能

鈴木 健介, イルミナ株式会社 シーケンススペシャリスト
Topic: Cancer Genomics : Sequencing
TruSeqカスタムアンプリコン - DesignStudioを用いたプローブデザインと実験ワークフロー【イルミナiSchool プロダクト】

ヒトゲノムのターゲット領域を増幅して次世代シーケンサーで解析するTruSeqカスタムアンプリコンのご紹介です。このセッションでは無料ツールDesignStudioの使い方および実験のワークフローをご説明します。

TruSeqカスタムアンプリコンの特長
■ ターゲットあたり200-250bpの領域を増幅
■ 最大384箇所のターゲット領域を同時増幅するシンプルなワークフロー
■ 解析用の無料ソフトを提供

鈴木 健介, イルミナ株式会社 シーケンススペシャリスト
Topic: Sequencing
RNA-Seqをはじめよう!:Session 4 - アリル特異的発現解析から融合遺伝子探索、de novoアセンブルまで【イルミナiSchool プロフェッショナル】

最終回となるこのセッションでは、次世代シーケンサーだから可能なアプリケーションをご紹介します。アリル特異的発現解析、融合遺伝子探索、スプライスバリアント解析、de novoアセンブリの論文をセレクトし、実験デザイン、解析のながれをご説明します。
また、RNA-Seqを行うにあたり必要なキットについてもまとめてご紹介します。

鈴木 健介, イルミナ株式会社 シーケンススペシャリスト
Topic: Sequencing
RNA-Seqをはじめよう!:Session 3 - データ解析のリテラシー【イルミナiSchool プロフェッショナル】

第3回のセッションは、東京大学の門田先生によるデータ解析です。
(1) RNA-Seqデータ取得(マップする側)
・基本形式(FASTQ形式)
・公共データベースから取得する場合
・クオリティのカットオフ
(2) マッピングに使うリファレンス配列(マップされる側)
・ゲノム配列、(RefSeqのような)トランスクリプトーム配列
(3) リード数のカウントやデータの正規化(RPKM)
(4) データの分布とデータ解析ガイドライン

門田 幸二 先生, 東京大学大学院 農学生命科学研究科
Topic: Sequencing : Customer
RNA-Seqをはじめよう!:Session 2 - RNA-Seq実験ノート:リード長とリード数のデザインとウェット実験の注意点【イルミナiSchool プロフェッショナル】

第2回のセッションは、東京大学の鈴木先生をお迎えし、実際に実験を開始するにあたっての注意点をお話いただきました。
RNA-Seqでよく使われるリード長とリード数は?サンプル調製でのチェックポイントは?など、実践的な内容です。

鈴木 穣 先生, 東京大学大学院 新領域創成科学研究科
Topic: Sequencing
RNA-Seq をはじめよう!:Session 1 - トランスクリプトーム解析の今昔:なぜマイクロアレイ?なぜRNAシーケンス【イルミナiSchool プロフェッショナル】

遺伝子発現解析はこれまでマイクロアレイが使われてきました。しかし、次世代シーケンサー技術が急速に広がり、次第にシーケンサーを使った解析に手法が移行しています。第1回のセッションでは、これまでの手法と比べてRNAシーケンスはどう違うのかについて、東京大学の門田先生にお話いただきます。

門田 幸二 先生, 東京大学大学院 農学生命科学研究科
Topic: Sequencing : Customer