信頼性と偏りのない転写産物解析

次世代RNA-Seqを用いた微生物トランスクリプトームとメタトランスクリプトームの研究

微生物トランスクリプトミクス

微生物トランスクリプトームとメタトランスクリプトームの情報は、特定の抗生物質に対する耐性の予測、宿主と病原体の免疫相互作用の理解、遺伝子発現の変化の定量化、疾患進行の追跡に重要です。細菌、ウイルス、その他の微生物の次世代RNAシーケンス(RNA-Seq)は、トランスクリプトームやメタトランスクリプトーム情報を解析するための標準的な手法となっています。

トランスクリプトームは、生物のゲノムによってコードされるRNAの包括的なセットです。メタトランスクリプトームは、複雑なサンプル中の生物群によってコードされるすべてのRNAを包含します。

細菌、ウイルス、その他の微生物によるRNA-Seq実験により、包括的な微生物転写産物のアノテーションと定量化が可能になります。細胞RNAは抽出され、cDNAに変換されます。cDNAはシーケンスライブラリーの調製に使用されます。その後、シーケンスリードはリファレンスゲノムにマッピングされ、エクソンジャンクションやスプライシング部位などの特徴に関する定性的情報のほか、多くの実験セットで比較できる定量的転写データを提供します。

マイクロアレイなどのハイブリダイゼーションベースの方法とは異なり、RNA-Seqは、一般的および新規の転写産物の偏りのない鎖特異的同定を可能にします。幅広いダイナミックレンジにより、単一の細菌、ウイルス、またはその他の微生物RNA-Seq実験で高発現物質と低発現物質の両方を確実に同定できます。自動化に適した合理化されたワークフローにより、複数のサンプルを一度に処理できます。

rRNA除去を伴う微生物トランスクリプトーム解析

Ribo-Zero Plus rRNA Depletion Kitは、RNA-Seqの前にrRNAを除去し、トランスクリプトームの情報価値の高い部位に集中できるようにします。このテクニカルノートでは、微生物分離株およびコミュニティサンプルにおけるrRNA枯渇性能を、以前のキットバージョンと比較しながら示しています。

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COVID-19ソリューション

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これらの実験には複数の方法がありますが、これらはワークフローの各ステップで推奨される製品です。

以下のをクリックしてワークフローの各ステップに対応する製品をご覧ください。

Illumina Stranded Total RNA Prep with Ribo-Zero Plus

コーディングおよびノンコーディングトランスクリプトーム研究用の広範な種類のサンプルから迅速にライブラリーを調製して、比類ない柔軟性で研究を行うことができます。

Nextera XT Library Prep Kit

トランスクリプトームおよびメタトランスクリプトームの情報を解析するため、細菌、ウイルス、その他の微生物のシーケンス対応ライブラリーを調製します。

備考:RNA抽出キットを使用する場合は、dsDNAを生成する必要があります。

ベンチトップシーケンス

MiSeqシステム

微生物学における広範囲のアプリケーション用の速度、真度、簡易性。

NextSeq 2000システム

画期的なベンチトップシーケンサーは、現在および将来のさまざまなアプリケーションにおいて、より高い効率性と少ない制約で新しい発見を探索することを可能にします。

ハイスループットシーケンス
ハイスループット微生物トランスクリプトミクスのパワーと、プロジェクトやワークフローのニーズに応じて拡張できる柔軟性。

NovaSeq 6000システム

生産規模のゲノミクス用のハイスループットおよび低コスト。

転写産物プロファイリングのためのBaseSpaceアプリ

DRAGENリファレンスビルダー

このアプリはFASTAファイルを受け付け、DRAGENアプリが使用する独自のリファレンスを構築します。

DRAGEN RNAパイプライン

アライメント、定量化、および融合遺伝子検出を行います。

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マイクロアレイからRNA-Seqまで
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発現解析サイエンティストは、マイクロアレイからRNA-Seqへの移行について議論しています。

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RNAリソース
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RNAシーケンスのための包括的なリソースにアクセスできます。

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