マルチプレックス性能による
数百種もの微生物のシーケンス

精確なリファレンスゲノムの生成およびゲノム比較研究の実施

微生物全ゲノムシーケンス

微生物の全ゲノムシーケンスは、新規微生物のゲノムのマッピング、既知微生物のゲノムフィニッシング、または複数のサンプルにわたってゲノムを比較するための重要なツールです。また、全ゲノムシーケンスは、正確なレファレンスゲノムの生成、微生物同定および他の比較ゲノム研究にとって重要です。

キャピラリーシーケンスやPCRをベースとするアプローチとは異なり、次世代シーケンサー(NGS)は、そのマルチプレックスの威力で、微生物学研究者が何百もの微生物をシーケンスするのを可能にします。従来の方法と異なり、次世代シーケンサーは、労力のかかるクローニングステップに頼ることなく、時間を節約してワークフローを簡素化します。次世代シーケンサーは、他の手法では見逃されるか、コストが膨大になり同定できないような低頻度多型およびゲノム再編成を同定することができます。

全ゲノムシーケンスとは、ゲノムレファレンスを用いずにゲノムをアセンブルすることであり、多くは新規微生物ゲノムのシーケンスに用いられます。イルミナのシーケンサーは、高品質なドラフトおよび完全な微生物ゲノムアセンブリーのために、比類のない生のリード精度、リード長およびリード深度を提供します。

全ゲノムリシーケンスでは、微生物の全ゲノムをシーケンスして、そのシーケンスを既知のレファレンスのものと比較します。迅速かつ正確なシーケンス情報を産出することは、低頻度変異の検出、重要な欠失および挿入の発見、ならびに微生物株間における他の遺伝的変化の発見に不可欠です。

こうした実験を行うには多くの手法がありますが、それらの手法はワークフローのステップごとに製品としてご提案することができます。

以下のをクリックしてワークフローの各ステップで利用できる製品をご覧ください。 

QuickExtract細菌DNA抽出キット

グラム陽性菌およびグラム陰性菌からDNAを抽出する簡便な方法。

MasterPure Complete DNA and RNA精製キット

あらゆるタイプの生物物質からの無処置全核酸(TNA)、DNAまたはRNAの効果的な精製を可能にします。

Nextera Mate-Pairサンプル調製キット

ゲルを必要としない手法であり、低いDNAインプットで最高12 kbのライブラリーを調製します。この手法は、de novoシーケンス、ゲノムフィニッシングおよび構造上の変異検出にとって理想的です。

Nextera XTサンプル調製キット

小さなゲノム(細菌、古細菌、ウイルス)、アンプリコンおよびプラスミドを対象とするシーケンスが即可能なライブラリーであり、ワークフローは90分以内(ハンズオンタイム15分)に終了します。

TruSeq DNA PCRフリーサンプル調製キット

シンプルで、ゲルを必要としない短いワークフロー、最も難しい領域をシーケンスする能力、および全ゲノムシーケンスアプリケーションのための最大量の多型を同定する力のすべてを兼ね備えたサンプル調製です。

MiSeqシステム

 

MiSeq v3試薬キット

最高出力15 Gbの使いやすいベンチトップ型シーケンサーおよび試薬

NextSeq 500

The NextSeq desktop sequencing system is the first and only desktop sequencer to offer exome, transcriptome, and whole-genome sequencing.

HiSeq 2500システム

 

HiSeq 2500 試薬キット

最高出力600 Gbのハイスループットのシーケンサーおよび試薬

MiSeq Reporter

各サンプルに関する品質およびカバレッジの情報のみならず、一次および二次解析データは、シンプルかつ直観的なグラフィック形式でご利用できます DNAStar SeqMan Ngen(BaseSpaceでご利用可能) 細菌ゲノムシーケンスのde novoアセンブリ

SPAdes Genome Assembler BaseSpace App

Online bioinformatics tool for assembling microbial genome sequences.

Assemble bacteria de novo BaseSpace App

DNASTAR SeqMan NGen performs de novo assembly of bacterial genome sequences.

統合型ゲノミクスビューワー(IGV)

複雑な多型解析を行うために、多くのサンプル由来のアラインメントおよび多型を表示する強力なゲノムブラウザー。

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De Novo Bacterial Sequencing
新規細菌シーケンス

MiSeqでの高品質なペアエンドリードが、いかに優れたアセンブリーをもたらすのかをご覧ください。

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Nextera Mate Pair Library Prep
Nextera Mate Pairサンプル調製

de novo アセンブリのための長いインサートライブラリー用に最適化されたサンプル調製法。

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Microbiology: Spotlight on Food Pathogen Testing
微生物: 食品病原菌検査にスポットライト

イルミナ次世代シーケンサープラットフォームと関連アプリケーション、および食品病原菌検査における事例を紹介します。

ビデオを見る
Push-Button De Novo Microbial Genome Sequence Assembly
プッシュボタンで行うde novo シーケンスアセンブリー

DNAStar Seqman NGenを用いて微生物ゲノムの de novo アセンブリーを行います。

詳細はこちらから
Assembly of the Saccharomyces cerevisiae Genome
酵母ゲノムのアセンブリー

このアプリケーションノートでは、MiSeqを用いた小さなゲノムのシーケンスのための完全なワークフローを解説しています。

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