新規ゲノムのアセンブリ

NGSテクノロジーでどの生物種においても迅速で精確なゲノムの特徴づけ

De Novo シーケンス

De Novoシーケンスとはアライメント用のリファレンスシーケンスがない場合に新規ゲノムをシーケンスすることを指します。シーケンスリードはコンティグと同様にアセンブルされ、de novoシーケンスデータのカバレッジ品質は、コンティグのサイズと連続性(データ内のギャップ数)に依存します。

次世代シーケンス(NGS)はサンガーシーケンスなどの従来手法と比較して、どの生物種においても特性評価を迅速かつ精確に行うことができます。イルミナはメイトペアシーケンスおよびロングリードテクノロジーを提供し、生物種における精確で完全な特性評価のために短いリードを補完します。

  • 複雑なゲノムあるいは倍数体ゲノムの場合でも、精確なリファレンスシーケンスを生成
  • 新規微生物のゲノムまたは既知の微生物のフィニッシングゲノムをマッピングするための有用な情報の提供
  • 精確なde novoアセンブルのための、極めて類似したまたは反復性のある領域の明確化
  • 欠失、挿入、転座などの構造多型および複雑な再編の同定
De Novoシーケンスの利点

初めてゲノムシーケンスを行う場合、アプローチを組み合わせて高品質のアセンブリを行います。短いインサート、ペアエンド、および長いインサートを組み合わせるメイトペアシーケンスはカバレッジを最大化するための理想的な手法です。短いリードは高い深度でシーケンスされると、長いインサートではカバーされないギャップを埋めることができます。

この組合せは、最も広い範囲の構造多型タイプの検出を可能にし、複雑な再編の精確な同定にとって不可欠です。合成された長いリードも精確さを維持するために短いリードから「縫合」された長いコンティグを提供するため、アセンブリをサポートすることができます。

精確なゲノムアセンブリ

イルミナの1塩基合成反応(SBS:sequencing by synthesis)ケミストリーは最も広く採用されているNGSテクノロジーであり、世界中のシーケンスデータの約90%以上がこのテクノロジーを利用して産出されています。*

イルミナは業界をリードするデータ品質に加えて、ライブラリー調製からデータ解析までde novoシーケンスを単純化する統合ワークフローを提供します。

以下のをクリックしてワークフローの各ステップで利用できる製品をご覧ください。

Nextera Mate Pairライブラリー調製キット

シーケンス用のメイトペアライブラリーを少量のDNAから調製するゲルフリーおよびゲル使用の手法。

TruSeq Synthetic Long-Read DNAライブラリー調製キット

全ゲノムシーケンスまたはゲノムフェージングのために、短いリードからロングシーケンスリードを高精度にアセンブル。

NextSeqシリーズ

1回のランあたりNexteraメイトペアの1サンプルをシーケンスする、多数アプリケーションサポート用の柔軟なデスクトップシーケンサー。

HiSeq 2500システム

1回のランあたり4~16のTruSeq Synthetic Long-Readサンプルあるいは10~15 Nexteraメイトペアサンプルをシーケンスするパワーと効率性。

HiSeq 3000/HiSeq 4000システム

低コストかつ大容量で多彩なアプリケーションに対応する高スループットシーケンサー

プラットフォーム比較ツール

シーケンスプラットフォームを比較して、研究室およびアプリケーションそれぞれに合った最良のシステムを特定するためのツール。

シーケンス試薬

イルミナの各シーケンスシステムに応じたシーケンス用試薬、フローセル、バッファーを含むキット。

Nexteraメイトペア
SPAdesゲノムアセンブラー

シングルセルゲノムおよび単離ゲノムに最適なDe novoアセンブラー。

Velvet De Novoアセンブルアプリ

Nexteraメイトペアデータに焦点をおいてVelvetアセンブラーを用いる細菌ゲノムのDe novoアセンブリ。

TruSeq Synthetic Long-Readデータ
TruSeq Long-Readアセンブリアプリ

de novoゲノムアセンブリおよびゲノムフィニッシングのために、短いシーケンスリードから合成された長いリードを作成します。

可視化
Broad IGV

複雑な変異解析を行なうための多数のサンプルからのアライメントおよび変異を表示します。

BaseSpace CloudまたはOnsite

NGSデータの解析と管理のためのイルミナのゲノミクスコンピューティング環境。

微生物シーケンス
微生物シーケンス

微生物の全ゲノムシーケンスは、新規微生物のゲノムのマッピング、既知微生物のゲノムフィニッシング、または複数のサンプルにわたってゲノムを比較するための重要なツールです。
微生物全ゲノムシーケンス >>

腫瘍/正常シーケンス
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腫瘍サンプルと一致した正常なサンプルとの全ゲノムシーケンスデータを比較することで、研究者はがんの機序に対する貴重な洞察を得ることができます。
腫瘍/正常シーケンス >>

メタゲノムシーケンス
メタゲノムシーケンス

ショットガンメタゲノミクスは、採取した複雑なサンプル中に存在する微生物すべての全遺伝子の標本抽出法です。この手法により、微生物学者は細菌の多様性を評価でき、解析が困難か不可能な培養できない微生物を研究することができます。
ショットガンメタゲノミクス >>

動植物シーケンス
動植物シーケンス

De novoシーケンスは、動植物の機能の遺伝的基礎、および環境との相互作用を理解するための最初のステップです。一部の研究者はアセンブルされたゲノムを用いて、マッピング位置をアサインし、多様な育種情報を後のSNP発見のために積み重ねて保管します。
動植物シーケンス >>

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BaseSpaceでのDe Novoシーケンスアセンブリ
BaseSpaceでのDe Novoシーケンスアセンブリ

DNASTAR SeqMan NGenアプリを用いた、微生物ゲノムのde novoアセンブル

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食の安全性を改善するためのシーケンス
食の安全性を改善するためのシーケンス

南アフリカのAgricultural Research Councilの科学者はシーケンスを使って、既知および新規のサツマイモウイルスを同定しています。

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キーウィゲノムのアセンブリ
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Dr. Diana Le Ducはメイトペアシーケンスを用いて、キーウィ鳥の進化を解明します。

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MiSeqシステムでのDe Novo微生物シーケンス
MiSeqシステムでのDe Novo微生物シーケンス

MiSeqシステムは微生物ゲノムシーケンスおよびde novoアセンブルのための理想的なプラットフォームです。

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細菌ゲノムのDe Novoアセンブル
細菌ゲノムのDe Novoアセンブル

メイトペアテクノロジーは、多数の微生物種からの高品質ゲノムアセンブリを同時に生成します。

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精確なロングリードシーケンス
精確なロングリードシーケンス

イルミナテクノロジーはショートリードから合成ロングリードをアセンブルし、精確さを維持しながら、より多くの情報を提供します。

詳細はこちらから
メイトペアシーケンステクノロジー
メイトペアシーケンステクノロジー

メイトペアシーケンスでは、de novoゲノムアセンブルおよびゲノムフィニッシュにインサートサイズの長いペアエンドDNAのライブラリーを使用します。

詳細はこちらから

* データはイルミナにて公的データベースをもとに計算(2015)