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【イルミナiSchool プロフェッショナル】日本の肺癌臨床に即した多遺伝子変異検査システムMINtSの構築

分子標的薬選択での多遺伝子変異検査の必要性が認識されて久しいが,実用化に時間がかかっている.臨床使用には多遺伝子変異検査システの性能以外に,臨床的な事情の考慮が必要である.日本はすべての人に高度な医療を提供できる国民皆保険を誇りにしている.世界シェアの9割を占める内視鏡製造技術を有し,内視鏡による低侵襲検査が根付いている.少数の検査センターに検体が集約され,検査センターでの複数検体一括検査が可能である.そして,医療に高い正確性を求める国でもある.(1)国民皆保険適合価格での検査提供,(2)内視鏡の臨床プラクティスに適合,(3)少数の検査センターでの一括検索で日本人全患者検索が可能,(4)高い正確性,の4つを満たす「臨床医の使いたい」検査としてMiSeqによる多遺伝子変異検査システムMINtSを構築した.
 MINtSはamplicon-baseであり,1%の癌細胞を含む検体を,各ampliconについて感度,特異度0.999,全amplicon総合で感度,特異度0.99で検索する.この精度を達成のため様々な対策を施している.組織検体とともに内視鏡で頻用される細胞診検体両者が使用可能で,1ランで96-192検体検索可能である.臨床利用可能な分子標的薬に対応した数種類の遺伝子変異に限定し検体数を増やしている.1つの検査センターで一日一回MiSeqを流せば日本の全肺癌患者に対応できる.専用のソフトをGUIベースで作成,出力をファイルメーカーにそのままインポート,レポート作成とデータベース作成がほぼ自動化されている.
 臨床研究NPOであるNEJSGにより実臨床サンプル2000検体の検索が終了しており,良好な結果が得られている.本日はMINtSに組み込まれた様々な技術的,臨床的工夫について述べる. 

自治医科大学 内科学講座
呼吸器内科学部門
教授 萩原弘一 先生
Topic: Cancer Genomics
【イルミナiSchool プロフェッショナル】口腔細菌叢のメタ16S解析

口腔内は500-700種の細菌が生息すると考えられており、唾液やプラーク、歯周ポケット、さらには感染根管など様々な部位で独自の細菌叢が形成されている。特に歯周病は細菌感染が原因だと考えられ、その検査としてリアルタイムPCR法による数菌種の検出が行われる。しかし、既知の数菌種の検出では歯周ポケットの正確な細菌叢の把握は不可能であり、臨床的な説明が難しいことも多い。
次世代シークエンサーMiSeqを活用したメタ16S解析は歯周ポケットの細菌組成の把握を可能にした。例えば、抗菌薬を投与による歯周ポケット細菌叢の変化など、これまで調べられなかった情報が得られる。今回は歯周ポケット細菌叢のデータを中心に歯科領域での解析例を紹介する。 

皆様のご参加、お待ちしております。

※ 登録情報が不十分な場合や競合他社からの参加はお断りして おります。ご了承ください。

谷口歯科医院

谷口 誠 先生
Topic: Microbiology & Infectious Disease : Sequencing
【イルミナiSchool 中級】クロマチン動態研究のためのアプリケーション紹介
転写の機構解明のためにはクロマチン動態の把握は必要不可欠です。NGSを用いた研究手法としては、ChIP-SeqやATAC-Seqなどが用いられています。どの手法を選択するかにより必要な細胞量や得られるデータの質も異なり、また当然コストも変わってきます。
本セッションでは、これらの点に注目して、クロマチン動態研究において用いられる実験手法を紹介します。
イルミナ株式会社
シニア アプリケーション コンサルタント
寺倉 伸治
Topic: Sequencing