宿主および病原体ゲノムを網羅した変異の調査

感染や蔓延に至る機序をより深く理解する

分子疫学

分子疫学によって、感染、伝染および予防に影響を及ぼす宿主および病原体の多型など、疾患の遺伝学的なベースを同定するプロセスを説明できます。研究者は、感染源、伝染経路、ならびに病原性や薬剤耐性の原因となる分子経路および遺伝子を特定し、院内感染予防および疫学調査を支援します。

病原体の同定および特徴づけを行う従来の手法の多くは、一連の仮説に導かれて、限られた数の微生物のみに最適化されていました。

Human Microbiome Analysis

次世代シーケンサー(NGS)は、多数の分離株を対象に、検出の精度が高く仮説を必要としない解析を可能とするものであり、微生物を同定して耐性および病原性を調べる多くの検査に取って代わっています。全ゲノムシーケンスのデータを用いる高分解能の病原体タイピングは、現在の手法の多くが区別できない微生物を識別することができます。

微生物、メタゲノム、感染症、ウィルスなど研究分野ごとにNGSの論文をまとめた要旨集を無料配布しています。ぜひご利用ください。

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次世代シーケンサーの主な利点は、研究者が、様々な微生物(細菌、ウイルスおよび寄生虫)の同定が可能なゲノムシーケンスデータを得られるということです。微生物間の近縁性を測る系統学的な解析のみならず、ゲノム全体にわたって変異を調べることは、感染および流行につながる機序をより十分に理解するための横断的研究の支えとなります。

分子疫学のための次世代シーケンサーの主要なアプリケーションは、全ゲノムシーケンスです。

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獣医感染症におけるNGS

Tony GoldbergとSam Sibleyが、NGSが推し進める獣医学における感染症疾患疫学について議論しています。

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次世代シーケンサー

タイのAFRIMSで開発された、MiSeqを用いてインフルエンザを追跡するための、培養を必要としない手法について知ることができます。

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中国でのH7N9インフルエンザ調査

江蘇省CDCの専門の研究者が、H7N9インフルエンザ調査のためにどのようにMiSeqを用いたかについて読むことができます。

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