多様なアグリゲノム研究から
育種へつなげるソリューション
複雑なゲノムのアセンブリーから低コスト大規模ジェノタイピングまで


イルミナでは、探索/発見から育種における展開/決定までをサポートするアグリゲノム解析製品を提供しています。従来の製品ポートフォリオで直面していた技術的、コスト的課題を克服する、新たなソリューションをご紹介します。

 

植物や魚類のゲノム配列をDe novoアセンブリーによって決定するには、倍数性やリピート配列などの問題により長い時間と多大な労力が必要です。イルミナは、ショートリードデータを補うため、メイトペアシーケンスおよびロングリードテクノロジーを提供しています。これらの組み合わせにより、様々な生物種において迅速な高品質ゲノムのアセンブリーに貢献します。

Oncology
メイトペアシーケンス

メイトペア法は、De novoシーケンスおよび構造変異検出を可能にする、インサートサイズの長いライブラリー調製方法です。数キロベースという長いインサートを持つライブラリーの両端をシーケンスすることにより、数キロベース離れた2つのDNAセグメントの配列情報を得ることができます。この情報と短いペアエンドリードから得られたデータを組み合わせることにより、ゲノム全体を最大限にカバーしたシーケンスに必要なリード長を得ることができます。

合成ロングリードシーケンス

イルミナは2016年、NRGene、10X Genomics、Dovetail Genomicsという3つの会社とのコマーケティング合意を発表しました。ゲノムの構造研究で重要となる長い配列情報を、イルミナの高精度Short Readから再構築するこれらの技術により、複雑なゲノムを持つ生物種のゲノム研究を加速できます。

  • NRGene HiSeqによるPaired End ReadとMate Pair Readを利用し高品質ゲノムアセンブリーを完成するインフォマティクス受託サービスを提供
  • 10X Genomics マイクロ流路システムを介し、分子バーコードで標識したShor ReadからLong Read情報を合成する技術を提供
  • Dovetail Genomics ドラフトゲノム情報に、高次構造を取ることで近接したDNA同士の情報を加えることにより、Scaffoldの連続性を改善する受託サービスを提供
Oncology

生物種のリファレンスゲノムができたら、遺伝子、SNP、構造多型の探索および遺伝型決定には全ゲノムリシーケンスが適したアプローチです。その後、RNAシーケンスによる発現解析と組み合わせたeQTL解析、マイクロアレイによる全ゲノム関連解析などにより。新規に得られた多型情報の形質との関連を特定することが出来ます。

全ゲノムリシーケンス

HiSeqシリーズは、集団規模の全ゲノム解析を低コストで実施できるシステムです。特にHiSeq X Tenシステムにより、ヒト全ゲノムシーケンスがこれまでにない1000ドルという低価格で実施できるようになりました。2015年、HiSeq Xを用いた全ゲノム解析の適用がヒト以外の生物種にも拡張されました。種の制限なく、ゲノムあたり15x 以上のカバレッジで全ゲノム解析を低コストに実施できます。

最新のHiSeq Xシリーズの情報についてはこちら

日本で利用できるHiSeq Xシステムを用いた高品質なゲノム解析サービス
株式会社マクロジェン・ジャパン

数々の大規模ゲノムプロジェクトを遂行してきた実績と豊富なノウハウを基に事業を行っております。全ゲノム解析をご検討の際にはぜひご利用ください。
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株式会社東芝

全シークエンシングから情報解析までを国内で全て行うことで、個別化医療の実現に向けた国内の病院や大学・研究機関等の研究を支援し、ゲノム研究における国際競争力向上に貢献しています。
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RNAシーケンス

リファレンスゲノム情報が整備されていない生物種でも、RNAシーケンスは有効な探索ツールです。トランスクリプトームの比較により、発生や病気、ストレス下の遺伝子発現レベルの変化に新たな知見をもたらします。このアプローチは遺伝子およびタンパク質機能と相互作用を明らかにしたり、組織特異的なRNA転写産物(mRNA、ノンコーディングRNA、低分子RNAなど)およびcSNPを同定したりすることができます。

全ゲノム関連解析(GWAS)

全ゲノムにわたり高密度にSNPをカバーしたマイクロアレイを用いてGWASを行うことにより、遺伝子型と表現型の関連性を明らかにすることができます。農作物や家畜の改良に重要な特性を持つ個体の同定、また繁殖プランの決定およびゲノミック選抜のための情報を得ることが出来ます。

特定の価値形質に関連する遺伝マーカーを同定し、望ましい特徴をもつ家畜、作物を同定するための大規模なスクリーニングに活用することができます。

Oncology
シーケンスによるジェノタイピング

次世代シーケンサーを用いたジェノタイピングは、低コストでフレキシブルにスクリーニングを行うアプローチです。ターゲットリシーケンスでは、事前の知見によって得られたある特定のゲノム領域をディープシーケンスすることが可能で、ターゲットを絞ることによりデスクトップシーケンサーでも十分なデータ量を得ることが出来ます。
 

マイクロアレイによるジェノタイピング

低コストで大規模ジェノタイピングを実現するカスタムマイクロアレイ、Infinium XTでは、短期間に多検体のDNAマーカーセットを調べる必要があります。従来、マイクロアレイをこのような用途に用いると、コストやスループットの制限からジェノタイプできるサンプル数が限られるという問題がありました。

Infinium XTは、Infiniumアッセイの実積を土台に新たな96サンプルBeadChip を採用したカスタムマイクロアレイです。1サンプルあたりのコストを抑え、効率的に大規模ジェノタイピングを実施できるよう最適化されています。産業規模のジェノタイピングプロジェクトを、マイクロアレイでパワフルに推進できます。

Infinium XT の特長
コンテンツ 最大5万SNPを搭載
生物種数 異なる生物種用パネルを共存させることができ、複数用途への利用が可能
価格 SNP数、生物種数、サンプル数に応じて決定

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※ご注文は10万サンプル分からお受け致します。