合成によるシーケンスの歴史

イルミナの機器を支える次世代シーケンステクノロジーの進化

イルミナシーケンサーの歴史

ケンブリッジ大学のケミストリー部門で始まった“青空”研究は、イルミナのシーケンス装置の基盤である合成による革新的なシーケンス(SBS)技術へと進化しました。

シーケンステクノロジーの動画
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1990年代半ば、ケンブリッジの科学者であるShankar Balasubramanian博士とDavid Klenerman博士は、蛍光標識されたヌクレオチドを使用して、表面に固定化されたDNAを合成する際に、単一分子レベルでポリメラーゼの動きを観察していました。

ケンブリッジのサイエンティストがヒトゲノムの最初の草案に貢献したこと、そしてアレクサンダー・トッド、ジェームス・ワトソン、フランシス・クリック、フレッド・サンガーによる大学のDNA研究の豊かな歴史は、このアプローチがDNAのシーケンスにどのように使用されるかの理論づけに役立っています。

1997年の夏に、ラボと地元のパブで一連のクリエイティブな議論が行われ、可逆ターミネーターによる固相シーケンスを使用した、クローンアレイの使用とショートリードの大規模並列シーケンスに関するアイデアが生まれました。

この技術は、その後、合成技術、SBSによってシーケンスと呼ばれていました。これが革新的なDNAシーケンスアプローチの基礎となりました。

BalasubramanianとKlenermanは、ベンチャーキャピタル企業であるAbingworth Managementにアプローチし、1998年にSolexaを設立するための最初のシード資金を取得しました。早期の研究開発作業は、2000年までケンブリッジ化学部門で行われ、2000年までは、Solexaの企業施設がチェスターフォード・リサーチ・パークに設立されました。

2001年、Solexaチームの研究の進捗は、シリーズAの資金で1,200万ポンドを集め、経営陣の構築を可能にしました。3年後、SolexaはManteiaから分子クラスター技術を取得しました。クラスターへの単一DNA分子の増幅は、より強いシグナルの生成を通じてシステムオプティクスのコストを削減しながら、遺伝子コールの忠実性と精度を高めました。

Solexaチームは、バクテリオファージphiX-174の全ゲノムをシーケンスし、最初に同じゲノムのサンガーを彼の手法でシーケンスしました。しかし、SBSテクノロジーは、1回のランで300万塩基を超えるシーケンスデータを生成しました。

2005年、Solexaはインストゥルメンテーション会社Lynx Therapeuticsをリバース合併で買収し、英国チェスターフォードとカリフォルニア州ヘイワードにオフィスを構える国際公開会社(NASDAQ)となりました。Haywardに拠点を置くエンジニアリングおよびソフトウェア生産チームは、成功したSolexaプロトタイプを商業用シーケンス装置に変える作業にすぐに取り掛かりました。

最初のSolexaシーケンサーであるGenome Analyzerは、2006年に発売され、1回のランで1ギガベース(Gb)のデータをシーケンスするパワーを科学者に与えました。

Solexaは2007年初頭にイルミナに買収されました。介入期には、この技術で多数の微生物、植物、ヒト、動物のゲノムのシーケンスが行われてきました。次世代シーケンサー(NGS)のデータ出力は、ムーアの法則を上回る速度で増加し、毎年2倍以上に増加しています。

10年にわたるシーケンスグラフィック

シーケンスの10年

2007年から2017年までのイルミナシーケンスのブレークスルーと進歩についてご覧ください。

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改良と最適化により、最新世代のイルミナSBSテクノロジーベースの装置は、ランごとに複数のテラベース(Tb)のデータを生成できます。シーケンスデータを生成する能力の大幅な向上により、サイエンティストは数時間から数日でアイデアからデータに迅速に移行できます。このテクノロジーの強みを生かし始めたばかりです。

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