アンプリコンシーケンス
アンプリコンシーケンスの紹介
アンプリコンシーケンスは、研究者が特定のゲノム領域における遺伝的変異を解析できる高度にターゲット化されたアプローチです。PCR産物（アンプリコン）の超ディープシーケンスにより、効率的なバリアントの同定と特性評価が可能になります。この方法では、関心領域をターゲットにして捕捉するように設計されたオリゴヌクレオチドプローブを使用し、次に次世代シーケンス（NGS）を行います。
アンプリコンシーケンスは、複雑なサンプル（生殖細胞系DNAと混合した腫瘍など）における希少な体細胞変異の発見に有用です。もう1つの一般的なアプリケーションは、特に多様なメタゲノミクスサンプルにおいて、フィロジーとタクソノミクス研究に広く使用されている手法である、複数の種にわたる細菌16S rRNA遺伝子のシーケンスです。
アンプリコンシーケンスの利点
- 研究者は、高度にターゲットを絞ったアプローチを用いて、遺伝子バリアントを効率的に発見、検証、スクリーニングできます
- 1反応あたり数百から数千のアンプリコンのマルチプレックスをサポートし、高いカバレッジを達成
- GCが豊富な領域などシーケンスが難しい領域でも、高度にターゲットを絞ったリシーケンスを実現
- 幅広い実験デザインに柔軟に対応
- 全ゲノムシーケンス などの幅広いアプローチと比較して、シーケンスコストとターンアラウンドタイムを削減
高精度にターゲット化されたマルチプレックス分析
アンプリコンシーケンスにより、研究者は1回のランで数から数百の遺伝子のターゲットをシーケンスできます。この超高マルチプレックスPCRアプローチは、複数の遺伝子を同時に評価することで研究を加速します。ライブラリーはわずか5～7.5時間で調製でき、17～32時間でシーケンスできます。
アンプリコンシーケンスは、遺伝的バリアントの発見、検証、またはスクリーニングのための幅広い研究アプリケーションを可能にします。
アンプリコンシーケンスの推奨ワークフロー
コンテンツの選択とライブラリー調製
DesignStudio Custom Assay Designer
ウェブベースのカスタムアッセイデザインツール。
AmpliSeq for Illumina Custom DNA Panel
特定のターゲットまたは関心のあるゲノムコンテンツに最適化されたターゲットカスタム研究パネル。
データ解析
BaseSpace Sequence Hub（DNA Amplicon App） およびBaseSpace Variant Interpreter
アンプリコン解析およびバリアント検出ツール。
包括的なアンプリコンシーケンスワークフロー
イルミナのSequence by Synthesis（SBS）ケミストリーは、最も広く採用されている次世代シーケンサー（NGS）技術で、世界のシーケンスデータの約90%を生み出しています。*
イルミナは、ライブラリー調製からデータ解析、生物学的解釈までのプロセス全体を簡素化する統合アンプリコンシーケンスワークフローを提供しています。
以下のをクリックしてワークフローの各ステップで使用する製品をご覧ください。
AmpliSeq for Illumina Sequencing Solution
シンプルで柔軟なターゲットリシーケンスのためのすぐに使えるカスタムパネルを幅広く提供し、信頼できる高品質のデータを提供します。
Illumina DNA Prepヒト全ゲノムシーケンスからアンプリコン、プラスミド、微生物まで、さまざまなアプリケーションに対応する高速な統合ワークフロー。
TruSight Tumor 151回のアッセイで固形腫瘍でよく変異する15の遺伝子を、シンプルで迅速なワークフローで評価するフォーカスシーケンス研究パネル。
Nextera XT DNAライブラリー調製キット小さなゲノム（バクテリア、古細菌、ウイルス）、アンプリコン、およびプラスミドのライブラリー調製を、90分未満で行うことができます。
がん研究パネルポートフォリオ
イルミナのターゲットシーケンスパネルは、専門家が定義した遺伝子コンテンツに加えて、シンプルなデータ解析とレポート作成オプションを提供することで、臨床がん研究を促進します。
ライブラリー調製キットセレクタープロジェクトタイプ、出発材料、および手法、またはアプリケーションに最適なキットを決定します。
DesignStudio Assay Designツールダイナミックフィードバックを提供し、プローブデザインを最適化する使いやすいオンラインソフトウェアツールです。
iSeq 100システム
ターゲットを絞った、または小規模ゲノムシーケンスに向けた、お求めやすく、かつ高速でアクセスしやすいシーケンスパワーをあらゆる研究室に提供します。
MiniSeqシステム単一の遺伝子またはパスウェイ全体を調べるための幅広いターゲットDNAおよびRNAアプリケーションをサポートします。
MiSeq システムターゲットリシーケンスからメタゲノミクス、小規模ゲノムシーケンスなど、焦点を絞ったアプリケーションを可能にします。
NextSeq 550システム全ゲノム、トランスクリプトーム、ターゲットリシーケンスに必要な柔軟なパワーを提供します。
プラットフォーム比較ツール
シーケンスプラットフォームを比較して、それぞれのラボやアプリケーションに最適なシステムを特定できます。
シーケンス試薬イルミナのシーケンスシステムに適したシーケンス試薬、フローセル、バッファーが含まれるキットを検索できます。
BaseSpace Sequence Hub
NGSデータ解析と管理を行うイルミナのゲノミクスコンピューティング環境。
Local Run Managerシーケンスランの作成、ランのステータス監視、データ解析のためのオンプレミス型ソフトウェアソリューションです。
DNA Ampliconアプリアンプリコンリードを使用して、特定のターゲットシーケンスにエンリッチされたNGSデータの解析を合理化。
16Sメタゲノミクスアプリ原核生物の16S小サブユニットrRNA遺伝子のアンプリコンシーケンスからDNAを解析し、分類学的分類の視覚を提供します。
統合ゲノミクスビューアアプリ
Broad Institute of MIT and Harvardが開発した、複雑なバリアント解析のためのNGSデータを表示するゲノムブラウザ。
BaseSpace Variant Interpreter業界をリードするアノテーションデータベースと強力なフィルタリングインターフェースを活用し、研究者が疾患関連バリアントを迅速に同定できるようにします。
BaseSpace Correlation Engine疾患メカニズム、薬剤ターゲット、バイオマーカーの同定で研究者をサポートする、キュレーションされたゲノムデータの発展し続けるライブラリー。
MiniSeqベンチトップシーケンサーによるターゲットシーケンスパワー
小型で堅牢なMiniSeqシステムにより、ロースループットアプリケーション向けのイルミナNGSの実績あるパワーにアクセスできます。ベンチトップ、予算、ワークフローに適したシーケンスソリューションで、単一遺伝子またはパスウェイ全体を研究します。
システムを見る
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ターゲットシーケンスにより、研究者はがんとの関連が知られている遺伝子やアンプリコンを選択することができます。事前に設計されたパネルとカスタムパネルの両方が利用可能です。ターゲットがんシーケンスの詳細はこちら。
遺伝性疾患および希少疾患
NGSテクノロジーは、希少および遺伝性の遺伝性疾患に関連する原因バリアントの迅速な同定に役立ちます。対照的に、従来の手法はコストがかかり、大規模な検査が必要になります。遺伝性疾患のNGSの詳細はこちら。
16S rRNAシーケンス
16SリボソームRNA（rRNA）シーケンスは、特定のサンプル内の細菌を同定して比較するために使用される一般的なアンプリコンシーケンス方法です。他の方法では検出できない可能性のある菌株を同定できます。16S rRNAシーケンスの詳細はこちら。
動植物シーケンス
ターゲットリシーケンスは、動物や植物の遺伝的変異を明らかにすることができます。これらのバリアントは、育種の決定に役立つ有益な変異、または疾患感受性に関連する変異を表す可能性があります。動植物シーケンスの詳細はこちら。
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*社内計算データ Illumina, Inc., 2015