興味のある領域の高度なターゲットリシーケンス

PCRアプリコンのディープシーケンスにより、効率よくターゲット遺伝子の特性を解明

Amplicon Sequencing

アンプリコンシーケンスは、特定のゲノム領域にみられる遺伝的変異を解析する高度なターゲット手法です。PCR産物(アンプリコン)の超ディープシーケンスにより、効率的な変異検出および特性解明ができます。イルミナのアンプリコン技術では、目的の領域をターゲットにしてキャプチャーするようデザインされた1対のオリゴヌクレオチドプローブを使用し、その後、次世代シーケンサー(NGS)を実施します。

アンプリコンシーケンスは複雑なサンプル(例:生殖細胞DNAが混合した腫瘍)で希少な体細胞変異を検出するのに有用です。また、特に多様なメタゲノミクスのサンプルにおける系統学的および分類学的研究に広く使用される、複数の種の細菌16S rRNA遺伝子のシーケンシングにもよく用いられます。

  • 高度なターゲット手法を用い、効率のよい遺伝的変異の探索、検証、スクリーニング
  • 1回の反応で数百から1,000を超えるアンプリコンをマルチプレックスして、高カバレッジを実現
  • GCリッチ領域などシーケンスが困難な領域でも高度なターゲットリシーケンスを実施
  • 広範な実験デザインに柔軟に対応
  • より一般的なアプローチに比べ、シーケンスのコストを削減およびターンアラウンドタイムを短縮
アンプリコンシーケンスの利点

アンプリコンシーケンスでは、用いるライブラリー調製方法によって、ターゲット当たり150bp~1.5kbにわたり、1回で16~1,536のターゲットをシーケンスすることができます。この高度にマルチプレックスされた手法は、単一遺伝子のアッセイとほぼ同じコストで、複数の遺伝子を同時に評価することで研究を迅速化します。DNAライブラリーの調製は6.5時間、シーケンスは5~56時間で完了できます。

アンプリコンシーケンスは、遺伝変異の探索、検証、スクリーニングに広範囲に適用できます。

ターゲットを絞ったマルチプレックス解析

Recommended Workflow for Amplicon Sequencing

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1 Library Prep

Prepare
Your Library with

TruSeq Custom Amplicon Low Input Kit

Fully customizable, amplicon-based assay for targeted resequencing of low DNA input and/or FFPE samples.

2 Sequence Efficently

Sequence
Efficiently with

MiSeq Series

Focused power for sequencing 1536 amplicons or more in a single run.

3 Analyze and Store Data

Analyze and
Store Data with BaseSpace Apps

TruSeq Amplicon, VariantStudio, and Amplicon DS

Push-button variant detection of data generated using the TruSeq Amplicon Panels to rapidly identify disease-associated variants.

イルミナの1塩基合成反応(SBS:sequencing by synthesis)ケミストリーは最も広く採用されているNGSテクノロジーであり、世界中のシーケンスデータの約90%以上がこのテクノロジーを利用して産生されています。*

イルミナは、業界をリードする高いデータ品質に加えて、ライブラリー調製からデータ解析および生物学的解釈までのプロセス全体を簡素化する統合されたアンプリコンシーケンスワークフローを提供します。

下のクリックしてワークフローの各ステップで使用する製品をご覧ください。

TruSeq Custom Amplicon Low Inputライブラリー調製キット

少量DNAインプットおよび/もしくはFFPEサンプルに対応したターゲットリシーケンスのための完全なカスタム化が可能なアンプリコンベースのアッセイです。

TruSeq Custom Amplicon v1.5ライブラリー調製キット

ターゲットシーケンスのための完全なカスタム化が可能なアンプリコンベースのアッセイです。

TruSeq Amplicon – Cancerパネル

48遺伝子における体細胞変異を検出することができるマルチプレックスターゲットリシーケンスアッセイです。

TruSight Myeloidシーケンスパネル

血液がんにおいて高頻度に変異が見られる54個の遺伝子をターゲットとする、あらかじめデザインされたパネルです。

TruSight Tumor 15

簡単なサンプルからデータまでのワークフローで、固形腫瘍における関連体細胞変異を評価することができるフォーカスパネルです。

Nextera XT DNAライブラリー調製キット

小さなゲノム (細菌、古細菌、ウイルス)、アンプリコン、プラスミドを対象とする90 分以内に終了するライブラリー調製です。

ライブラリー調製キットセレクター ライブラリー調製キットセレクター

プロジェクトの種類、出発材料、および手法やアプリケーションに基づいてニーズに最適なキットをお選びください。

DesignStudio

ダイナミックなフィードバックを提供してプローブ設計を最適化する、使いやすいオンラインソフトウェアツールです。

MiSeqシリーズ

1回のランで96個以上のアンプリコンをシーケンスするフォーカスパワー。

NextSeqシリーズ

1回のランで最大384個のアンプリコンをシーケンスするフレキシブルパワー。

プラットフォーム比較ツール

シーケンスプラットフォームを比較して、ラボおよびアプリケーションに最適なシステムを見つけてください。

シーケンス試薬

イルミナの各シーケンスシステムに合わせてデザインされたシーケンス試薬、フローセル、バッファーが同梱されたキットをご覧ください。

TruSeq Ampliconアプリ

TruSeq Ampliconリードで特定のターゲットシーケンスを行うために充実させたNGSデータの効率化された解析。

16S Metagenomicsアプリ

原核生物16S小サブユニットrRNA遺伝子のアンプリコンシーケンスからDNAを解析し、分類学的手法可視化表示します。

VariantStudioアプリ

大規模なアノテーションデータベースと強力なフィルタリングインターフェースを活用して、疾患関連変異の迅速な特定を行います。

Broad IGV

MITおよびハーバード大学によって開発された、NGSによる複雑な多型解析データを表示するゲノムブラウザー。

BaseSpace CloudまたはOnsite

差次的遺伝子発現、薬物間相互作用、および疾患解析。

NextBio Research

疾患機序、薬剤標的、およびバイオマーカーの特定をサポートする、キュレーションされたゲノムデータで充実したライブラリー。

Targeted Sequencing Power with the MiniSeq Benchtop Sequencer

Access the proven power of Illumina NGS for low-throughput applications with the small and robust MiniSeq System. Study single genes or entire pathways with a sequencing solution that fits your benchtop, your budget, and your workflow.

View System
MiniSeq Desktop Sequencer
がん遺伝子シーケンス
がん遺伝子シーケンス

がんターゲットシーケンスでは、がんと関連することが既知の遺伝子、遺伝子領域、またはアンプリコンの選択セットに焦点を絞ります。目的のターゲット遺伝子を研究するために固定パネルとカスタムパネルの両方をご用意しています。
がんターゲットシーケンス >>

疾患スクリーニング
疾患スクリーニング

NGS技術を使用して多数の遺伝子を同時に評価することで、遺伝性疾患の原因となる変異を発見することができます。コストが高く広範な検査が必要となる一方、結論が明確ではなかった従来の方法と比較して、NGSではコストを削減できます。
遺伝性疾患スクリーニング >>

16S rRNAシーケンス
16S rRNAシーケンス

16S リボソームRNA(rRNA)遺伝子シーケンスは、採取したサンプル中に存在する細菌の同定および比較に用いられる一般的なアンプリコンシーケンス手法です。NGSベース16S rRNAシーケンスでは、他の方法では検出できない変異株を特定できます。
16S rRNAシーケンス >>

動植物シーケンス
動植物シーケンス

既定のゲノム領域をターゲットリシーケンスすることにより、動植物の遺伝多型を検出できます。これらの多型は育種決定に有益な変異でり、病気や寄生の感受性の原因として応答した変異である場合があります。
動植物シーケンス >>

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Illumina NGS Application Guide
ターゲットリシーケンス ライブラリー調製キット 製品ガイド

本製品ガイドでは、各キットの原理や特長、さらには推奨のシーケンス条件やシステム毎の処理可能なサンプル数などを説明しています。ぜひご活用ください。

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NextSeq Series Amplicon Sequencing Solution
NextSeq Series Amplicon Sequencing Solution

The NextSeq Series of systems offers a fast, easy, and accurate way for researchers to detect variants in genes of interest.

Access PDF
Demonstrated 16S rRNA Amplicon Sequencing Protocol
Demonstrated 16S rRNA Sequencing Protocol

Illumina offers a demonstrated amplicon-based library prep protocol for 16S metagenomic sequencing.

Download Protocol
Custom Amplicon Sequencing for Cancer Research
Custom Amplicon Sequencing for Cancer Research

Dr. Robert Daber uses Illumina NGS technology to study molecular changes and genomic signatures in tumor DNA.

Access PDF
Genotyping by Sequencing
Genotyping by Sequencing

NGS-based genotyping is a genetic screening method for discovering plant and animal SNPs and performing genotyping studies.

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NGS Technologies Fuel Cancer Research
NGS Technologies Fuel Cancer Research

Endocrinologists use MiSeq System and TruSeq Custom Amplicon Assay to discover causative variants of heritable endocrine cancer.

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* データはイルミナにて公的データベースをもとに計算(2015)