MiSeqシーケンスシステムのアプリケーションと方法

可能性を探る

MiSeqシステムは、ターゲット遺伝子シーケンスや小ゲノムシーケンスなど、幅広いアプリケーションに柔軟性とシンプルさを提供します

MiSeq flow cell

主要なアプリケーションと手法

小規模全ゲノムシーケンス(WGS)は、公衆衛生、感染症サーベイランス、分子疫学研究、環境メタゲノムのアプリケーションのための微生物またはウイルスゲノムの包括的な解析を可能にします。このアプローチでは、細菌培養や手間のかかるクローニングステップは必要ありません。MiSeqシステムシーケンスランごとに最大24の小さなゲノムをシーケンスします。

アプリケーションノートを読む:微生物WGS

顧客インタビューを読む:疫学研究

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ライブラリー調製
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シーケンス
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解析

BaseSpace Sequence Hubのサンプルデータを閲覧する(ログインが必要):MiSeq小ゲノムデータ

サンプルあたりの推定コスト:$80*

*MiSeqシステム上の小さな全ゲノムシーケンスは、5 Mbゲノム、50~100×カバレッジ、2 × 300 bpリード長、Nextera XT Library Prep Kit、MiSeq Reagent v3 600サイクルキットに基づき、2016年に計算されたサンプルあたりの推定コストです。

ターゲット遺伝子シーケンスは、関心のある遺伝子またはゲノム領域のみのシーケンスに時間、費用、解析を集中させます。PCRアンプリコンの超ディープターゲットシーケンスであるアンプリコンシーケンスは、1回のアッセイで最大数百のターゲットゲノム領域の費用対効果の高い解析を可能にします。1回のMiSeqシステムシーケンスランで最大96サンプルおよび1536アンプリコン以上のシーケンスが可能です。

顧客インタビューを読む:細菌薬剤耐性

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アッセイデザインとライブラリー調製
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シーケンス
3
解析

16SリボソームRNA(rRNA)遺伝子のシーケンスは、複雑な微生物叢や研究が困難な環境からの細菌を同定して比較するための培養不要の手法です。イルミナが実証した16S rRNAシーケンスのプロトコールは、実験から推測を排除するのに役立ちます。マルチプレックスでは、MiSeqシステムシーケンスランごとに最大96サンプルをシーケンスできます。

アプリケーションノートを読む:16Sメタゲノミクス研究

顧客インタビューを読む:微生物コミュニティ研究

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ライブラリー調製
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シーケンス
3
解析

BaseSpace Sequence Hubのサンプルデータを閲覧する(ログインが必要):

16Sメタゲノムシーケンスラン

16Sメタゲノムシーケンスプロジェクト

サンプルあたりの推定コスト:$10* 

*MiSeqシステム上の16S rRNAシーケンスは、96サンプル、2 × 300 bpリード長、Nextera XTインデックスプライマー、MiSeq Reagent v3 600サイクルキットに基づき、2016年に計算されたサンプルあたりの推定コストです。

その他のアプリケーションと手法

ChIP-Seq

ゲノムワイドな遺伝子制御の調査のために、DNAとのタンパク質相互作用を解析します。

De novoシーケンス

どの動物種でも利用できるリファレンスシーケンスなしで、新規ゲノムの高速で正確な特性解析を可能にします。

miRNAおよび低分子RNA解析

microRNAなどの小さなRNA種を単離してシーケンスし、遺伝子サイレンシングと転写後制御におけるノンコーディングRNAの役割を研究します。

品質管理

バイオプロダクション研究のための品質管理(QC)アプリケーションを実行するか、シーケンスライブラリーの品質を評価してから、フルスケールランにコミットします。

ターゲットDNAシーケンス

関心のある遺伝子またはゲノム領域のみをシーケンスする時間、費用、解析に焦点を当てます。

ターゲットRNAシーケンス

遺伝子発現プロファイリング研究のために、関心のある特定の転写産物を選択し、シーケンスします。

他者による本装置の使用方法

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