低品質/FFPE RNA-Seqソリューション
FFPEサンプルのRNA-Seq解析を可能にする
FFPEおよびその他の低品質サンプルのRNAシーケンス（RNA-Seq）解析は、疾患研究に重要な洞察を提供することができます。残念ながら、このデータの多くはアクセス不可能でした。イルミナのFFPE RNA-Seqソリューションにより、研究者はこの貴重なデータを入手でき、困難なサンプルから高品質の結果を得ることができます。
FFPEサンプルおよび低品質サンプル用のmRNA-Seq
mRNAシーケンス（mRNA-Seq）は、コーディングトランスクリプトームを解析するための正確で費用対効果の高い方法です。メッセンジャーRNAのみにシーケンス予算を集中させることで、サンプルスループットを向上させ、全RNA-Seqと比較してサンプルあたりのコストを下げることができると同時に、代替スプライシング、融合転写産物、コーディングバリアントなどの新しい特徴を発見することができます。1,2
RNAエクソームキャプチャーシーケンスは、コーディングトランスクリプトームをキャプチャーするための従来のポリAベースの手法の限界を 克服します。これらの従来の手法はFFPE RNA-Seq解析には効果がありません。ポリアデニル化転写産物の存在に依存しない配列特異的なキャプチャーを適用することで、この方法はFFPEまたは分解サンプルを含むmRNA-Seqや、出発物質が限られたサンプルに最適です。
FFPEサンプルおよび低品質サンプル用のトータルRNA-Seq
トータルRNAシーケンスはトランスクリプトームの包括的なビューを提供し、1回の実験でコーディングRNAと複数の形態のノンコーディングRNAの両方を解析できます。
この方法では、非常に正確な転写物量情報が得られ、遺伝子融合、転写物アイソフォーム、cSNP、アリル特異的発現などの新しい特徴を検出できます。
FFPE RNA-SeqのQC推奨事項
FFPE組織の抽出法は一般的に、高度に分解されたRNAを生成します。FFPEのQCに関する当社の推奨をお読みになり、お手元のFFPEサンプルがイルミナのライブラリー調製キットにインプットできるサンプルであるかどうかをご判断ください。
ヒントを確認する
ターゲットRNAシーケンス
ターゲットRNAシーケンスは、関心のある転写産物の発現を測定するための非常に正確で特異的な手法であり、定量的および定性的情報の両方を研究者に提供します。これにより、差次的発現解析、ならびに対立遺伝子特異的発現測定および融合遺伝子の存在の検証が可能になります。
FFPE適合RNAパネルを用いたターゲットがんシーケンスにより、研究者は 遺伝子発現の変化や遺伝子融合を研究することができ、がんで起きている機能的に関連する変化を焦点を絞った視点を得ることができます。
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関連リンク
ライブラリー調製とアレイキットセレクター
プロジェクトの種類、使用するサンプル、興味のある手法に基づいてニーズに最適なジェノタイピングキットを決定する。
がんRNA-Seq
コーディング領域またはがんトランスクリプトーム全体のシーケンスは、腫瘍における遺伝子発現の変化に関する貴重な情報を研究者に提供することができます。
RNA-Seqデータを簡単に解析
ユーザーフレンドリーなツールにより、最も一般的なRNAシーケンス研究デザインのためのデータ解析が簡素化されます。
参考文献
- Wang Z, Gerstein M, Snyder M. RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics. Nat Rev Genet. 2009;10:57–63.
- Wilhelm BT, Landry JR. RNA-Seq—quantitative measurement of expression through massively parallel RNA sequencing. Methods. 2009;48:249–57.