明確で完全なコーディング転写産物の像

mRNA-Seqにより既知と新規転写産物の検出と量の測定を行い、
精度よく包括的な解析を実施

mRNA シーケンス

mRNAシーケンス(mRNA Seq)は、プローブやプライマーの設計を必要とすることなく、バイアスのないトランスクリプトームの情報を取得することができます。

"ストランド特異的"手法では、どちらのDNA鎖からRNAが転写されるかを同定することができます。特にヒト以外のサンプルでは、転写産物アノテーションに高い信頼性を与え、リードのアライメントを向上し、サンプルあたりのシーケンスコストを低減することが可能です。

ストランドの情報は、これ以外の手法では見逃してしまうようなアンチセンス発現の検出といった発現制御を観察することができます。

TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kitは、明確で完全なmRNAトランスクリプトーム情報を提供します。このキットにより、精確なストランド情報や均一なカバレッジ、さらには新しい転写産物のマッピングや遺伝子の融合状態が得られます。Poly-AがついたRNAをシーケンスすることで、新しい転写産物やアイソフォーム、選択的スプライスサイト、稀な転写産物、そしてcSNPといったものが1回の実験で簡単に解析できます。

低品質サンプルのRNAシーケンスの新しいオプションは、こちら をご覧ください。

3ステップで行うmRNA-Seq

一連のワークフローソリューションで標準mRNAサンプルのコーディング転写産物を解析
推奨ワークフローを見る

アレイからmRNA-Seqへの移り変わり

開発された発現解析ツールにより、mRNA-Seqの結果と以前のアレイデータを比較しやすくなりました。

インタビューを読む
mRNAシーケンスの利点

mRNA-Seqは遺伝子発現アレイと比べて、トランスクリプトームを解析するうえで多くの利点をもたらします。

  • 幅広いダイナミックレンジで感度と測定された遺伝子発現倍数変化を改良
  • 既知および新規特性を捉えることができる
  • 多くの生物種に対応可能

遺伝子発現アレイの技術的な課題は発現比の圧縮でした。これによりダイナミックレンジが限られ、測定する転写産物変化を見えなくしたり、変えてしまうことがありました1–3。対照的に、mRNA-Seqではこのバイアスが見られず、遺伝子発現変化の包括的で高精度な測定を提供します。

また、mRNA-Seqはストランド情報をもたらし、アンチセンス発現検出を可能にします。これによりオーバーラップする転写産物のより正確な定量が可能となり、アライン可能なリードの率も向上します。

自閉症とmRNA-Seq

SynapDxのプレジデントでCEOおよび創立者でもあるStanley Lapidusが、自閉症研究にどのようにmRNA-Seqを用いているか話しています。

ビデオを見る

標準サンプルのための推奨mRNA-Seqワークフロー

1 2 3
1 Library Prep

ライブラリー
調製には

TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit

mRNA-Seqノライブラリー調製のためのコスト効率よく拡張性の高い一連のワークフロー

2 Sequence Efficently

効率の良い
シーケンスには

NextSeq 500

複数のアプリケーションをサポートするデスクトップ型シーケンサーで、1回のランで5-16サンプルのmRNAをシーケンスできます。

3 Analyze and Store Data

解析と
データ保管には BaseSpace アプリ

TophatCufflinks

新規転写産物のアセンブル、発現比差の実施、そしてそれ以外にもツールがあります。

イルミナの1塩基合成(SBS)ケミストリーは最も広く使われているNGSテクノロジーで、世界のシーケンスデータの約90%を産出しています。*

業界をリードするデータクオリティに加えて、イルミナは統合的なmRNA-Seqワークフローを提供し、ライブラリー調製からデータ解析、そして生物学的な解釈まで、全プロセスを簡素化します。

各ワークフローステップの製品を見るには、下記のをクリックください。

TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit

コスト効率よく拡張性のある一連のワークフローを提供するmRNA-Seqのライブラリー調製で、ストランドの方向性の正確な測定をします。遺伝子および転写産物量を精度よく測定し、コーディング領域のトランスクリプトームにおける既知および新規の特性を検出します。

TruSeq RNA Access Library Prep Kit

低いクオリティおよびFFPEサンプルのための全てを含む低コストmRNA-Seqソリューションです。遺伝子および転写産物量を精度よく測定し、コーディング領域のトランスクリプトームにおける既知および新規の特性を検出します。

NeoPrepライブラリー調製システム

イルミナシーケンスプラットフォームに対応した高いクオリティのNGSライブラリーを簡単に調製するシステムです。

TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit for NeoPrep

NeoPrepシステムと互換性があり、高いクオリティと再現性のライブラリーを低いサンプルスタート量から調製します。

mRNA-Seqライブラリー調製キットを比較して

最適なキットを見つける

MiSeqシステム

フォーカスしたアプリケーションにスピードと簡素化をもたらすシステムで、ランあたり1 mRNAサンプルをシーケンスします。

NextSeq 500システム

複数のアプリケーションをサポートする柔軟性の高いデスクトップ型シーケンサーで、1回のランで5-16サンプルのmRNAをシーケンスできます。

HiSeq 2500システム

ランあたり12-80サンプルをシーケンスするパワーと効率を有します。

HiSeq 3000/HiSeq 4000システム

高スループットでRNA-Seqを行い、HiSeq 3000システムでは50、HiSeq 4000システムでは100サンプルのヒトトランスクリプトームを解析します。

プラットフォーム比較ツール

NGSプラットフォームを比較し、研究室とアプリケーションに最適なシステムをお探しください。

シーケンス試薬

シーケンス試薬、フローセル、そしてバッファーなどイルミナシーケンスシステムのキットをお探しください。

RNA Expressアプリ

RNA-SeqのリードをSTARアライイナーでアラインし、アラインしたリードを遺伝子にアサインし、DESeq2にて発現差を解析します。

TopHat Alignmentアプリ

リードをマップし、リファレンス遺伝子と転写産物の予測量を解析し、変異のコールおよびオプションで融合遺伝子のコールを行います。

Cufflinks Assembly & Differential Expression (DE) アプリ

新規転写産物のアセンブルと新規およびリファレンス転写産物の発現差解析を行います。

Broadの IGV

MITおよびハーバードのBroad研究所で開発されたゲノムブラウザーで、複雑な変異解析のためのNGSデータを表示します。

Genomatix Pathway System (GePS)

1遺伝子あるいは遺伝子のリストをパスウェイ、疾患、組織、小分子などのアノテーションデータと関連させます。

iPathway Guide

遺伝子発現差、薬剤相互作用、疾患解析を行います。

BaseSpace Cloud あるいはOnsite

NGSデータ解析および管理のためのイルミナゲノミクスコンピューティング環境です。

NextBio Research

旧レーションされたゲノムデータのライブラリーで疾患メカニズム、薬剤ターゲット、バイオマーカーの同定をサポートします。

がん研究におけるmRNA-Seq
mRNA-Seq for Cancer Research

がんは多数の遺伝的変化の蓄積ですが、通常、いくつかのドライバーが腫瘍形成を進めます。mRNA-Seqで遺伝子発現の変化をモニターすることで、疾患進行あるいは治療応答の予測バイオマーカーの同定の助けとなります。mRNA-Seqはまた遺伝子発現と疾患原因の特徴づけをサポートし、腫瘍分類と進行に影響する変異の理解も行えます。
がんにおけるRNA-Seq >>

複雑な疾患研究における遺伝子発現プロファイリング
Gene Expression Profiling for Complex Disease Studies

遺伝子発現プロファイリングと制御の研究は、どのようにゲノム、エピゲノム、そして環境要因がよくある疾患に寄与するかを明らかにします。mRNA-Seqは実績があり効率よく探索とプロファイリングを行えるツールで、精神、免疫、代謝、そして心臓血管など多岐にわたる複雑な疾患において、高いインパクトをもつ知見をもたらし、興味のある下流解析のためのターゲットを同定します。
遺伝子発現プロファイル >>

電子メールにてゲノム解析研究手法における最新のニュース、事例研究、アプリケーションなどの情報をご提供します。ぜひご登録ください。

Simple RNA-Seq Workflows
入門ガイド: RNAシーケンスのオプション選択

次世代シーケンサーで行うRNAシーケンスのオプションを比較検討いただけます。

今すぐダウンロードする
RNA Seq products Guide
RNAシーケンス ライブラリー調製キット 製品ガイド

RNAシーケンスに関するキットの選択に迷ったとき、RNAシーケンスを始めるときなどに本ガイドをご活用ください。

PDFをダウンロードする
Single-Cell mRNA-Seq
シングルセルmRNA-Seq

Dr. Norma Neffがスタンフォード大学で取り組んでいる発達初期の理解にどのようにシングルセルmRNA-Seqを使っているかを話しています。

インタビューを読む
mRNA-Seq Data Analysis
RNA-Seqデータ解析

ユーザーフレンドリーなソフトウェアツールが、バイオインフォマティクスの経験がなくても、生物学者のためのmRNA-Seqデータ解析を簡素化させます。

解析ツールを探す
RNA-Seq for Gene Expression Studies
遺伝子発現のためのRNA-Seq

イルミナは生物学の深い洞察をもたらす包括的なmRNA-Seqを提供しています。

PDFを読む
mRNA-Seq of Low-Quality and FFPE Samples
低クオリティとFFPEサンプルのためのRNA-Seq

ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)および低クオリティサンプルのRNA-Seqにより、疾患研究のための価値のある情報をもたらします。

FFPE RNA-Seqを知る
Paired-End RNA Sequencing
ペアエンドRNAシーケンス

ペアエンドRNA-Seqにより融合遺伝子や新規スプライスアイソフォームの特徴づけなどの探索アプリケーションを可能にします。

詳細はこちらから
References
  1. Shi L, Tong W, Su Z, et al. Microarray scanner calibration curves: characteristics and implications. BMC Bioinformatics. 2005;6 Suppl 2:S11.
  2. Naef F, Socci ND, Magnasco M. A study of accuracy and precisions in oligonucleotide arrays: extracting more signal at large concentrations. Bioinformatics. 2003;19:178-184.
  3. Yuen T, Wurmbach E, Pfeffer RL, Ebersole BJ, Sealfon SC. Accuracy and calibration of commercial oligonucleotide and custom cDNA microarrays. Nucleic Acids Res. 2002;30:e48.

* データはイルミナにて公的データベースをもとに計算(2015)