メチロームの包括的調査

NGSは高カバレッジ密度と柔軟性により、エピジェネティクス研究を促進

メチル化シーケンス

メチル化シトシンは時間的および空間的遺伝子発現ならびにクロマチンリモデリングを大きく変化させます。全ゲノムバイサルファイトシーケンス(WGBS)は、次世代シーケンス(NGS)とゲノムワイド解析の能力を活用し、一塩基単位の解像度でゲノム網羅的にメチル化パターンの包括的な見解を提供します。

  • ゲノム全体のCpG、CHH、およびCHG領域すべてのメチル化パターンを検出します
  • 少量のDNAでサンプル多様性の全体像を捉えます
  • ほとんどの種でゲノムのほぼすべてのシトシンのメチル化を確認できます

多くのアプローチが高品質および高感度のNGSをメチル化解析に活用しています。ほとんどの方法が、非メチル化シトシンの検出で、DNAのバイサルファイト変換に頼っています。バイサルファイト変換は、ライブラリー調製中に非メチル化シトシンをウラシルに変化させます。変換された塩基はシーケンスデータでチミンと同定され(PCR後)、リード数を使用してメチル化シトシンの割合が測定されます。

バイサルファイト変換シーケンスは、アンプリコンメチル化シーケンスなどのターゲット法、または全ゲノムバイサルファイトシーケンス(WGBS)により行うことができます。さらに、メチル化(5-mc)解析とともにヒドロキシメチル化(5-hMc)の同定に、NGSでTAB-SeqやOxBSのような代替ケミストリーを使用できます。

メチル化解析の方法に関する詳細については、『Field Guide to DNA Methylation Analysis』をご参照ください。ガイドはこちらから

メチル化の摂動

イルミナの1塩基合成反応(SBS:sequencing by synthesis)ケミストリーは最も広く採用されているNGSテクノロジーであり、世界中のシーケンスデータの約90%以上がこのテクノロジーを利用して産出されています。*

業界をリードする技術に加えて、イルミナはメチル化シーケンスでのライブラリー調製からデータ解析まで、サポートされた完全なワークフローを提供します。

以下のをクリックしてワークフローの各ステップで利用できる製品をご覧ください。

TruSeq DNA Methylation Kit

わずか50ngのDNAから調製可能な全ゲノムバイサルファイトシーケンス用ライブラリー。

NextSeq 500システム、NextSeq 550システム

複数のアプリケーションをサポートしている柔軟性の高いデスクトップ型シーケンサー、2つのフローセルにつき1つのDNAサンプルをシーケンス。

HiSeq 2500システム

フローセルにつき2つのDNAサンプルをシーケンスする能力および効率。

HiSeq 3000/HiSeq 4000システム

最大のスループットおよび最小のコストで、フローセルにつき2~3サンプルをシーケンス。

プラットフォーム比較ツール

シーケンスプラットフォームを比較して、研究室およびアプリケーションそれぞれに合った最良のシステムを特定するためのツール。

シーケンス試薬

イルミナの各シーケンスシステムに応じたシーケンス用試薬、フローセル、バッファーを含むキット。

MethylSeqアプリ

バイサルファイト処理シーケンスリードを関心ゲノムにマッピングし、Bismarkアルゴリズムを使用してメチル化コールを行います。超高速のメモリ効率の良いツール、Bowtie 2が長いリファレンスシーケンスにリードをアライメントします。

MethylKitアプリ

差異的メチル化解析を行います。

BaseSpaceデータレポジトリ

TruSeq DNA Methylation Kitおよびイルミナのシーケンス装置を使用して生成したWGBSデータの例を表示します(「Methyl-Seq」カテゴリーフィルターを使用)。

がんにおけるエピジェネティクス変化
がんにおけるエピジェネティクス変化

ここではTP53におけるIndel、および1番と8番染色体の間で起こっている転座などのがんにおける変化を紹介しています。がん細胞では、メチル化や転写因子の結合などにおけるエピジェネティクスの変化がしばし起こります。
がんエピジェネティクス >>

複雑な疾患のメチル化プロファイリング
複合性疾患のメチル化プロファイリング

ゲノムワイドなメチル化プロファイリングにより、複雑な疾患症例における機能的なメカニズムの理解につながります。シトシンメチル化異常は遺伝子発現に影響し、アルツハイマー病や喘息など多くの疾患経過に関与しています。
メチル化プロファイリング >>

The DNA methylation landscape of Chinese hamster ovary (CHO) DP-12 cells.

J Biotechnol 199 38-46 2015

要約を表示

Single-cell DNA methylome sequencing and bioinformatic inference of epigenomic cell-state dynamics.

Cell Rep 10 1386-97 2015

要約を表示

Transient acquisition of pluripotency during somatic cell transdifferentiation with iPSC reprogramming factors.

Nat Biotechnol 33 769-74 2015

要約を表示

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全ゲノムバイサルファイトシーケンスライブラリー調製
全ゲノムバイサルファイトシーケンスライブラリー調製

DNAメチル化の効率的なナノグラムスケールのライブラリー調製、シーケンス、および解析

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中毒におけるエピジェネティクスの貢献
中毒におけるエピジェネティクスの貢献

Marilee Morganがエピジェネティックな印と薬物乱用者の脳の画像スキャンを関連付けるNGSの使用について紹介します。

インタビューを読む
Field Guide to Methylation Methods
メチル化手法の現場ガイド

シトシンメチル化の影響およびシトシンの変化を検出するのに使用した主な手法の概要です。

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全ゲノムシーケンスでは不十分な場合
全ゲノムシーケンスでは不十分な場合

全エクソーム、全ゲノム、および全エピゲノムシーケンスで、イルミナの技術を使用して、がんのサブタイプを検討できます。

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Fraz SyedによるWGBSでのライブラリー調製
Fraz SyedによるWGBSでのライブラリー調製

イルミナの研究者Fraz Syedが、全ゲノムバイサルファイトシーケンスでのライブラリー調製を説明します。

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Fraz SyedによるWGBSでのライブラリー調製
DNAメチル化コーリング用MethylSeqアプリ

NGSメチル化データ解析用のこのバイオインフォマティクスソリューションの詳細はこちらから。

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* データはイルミナにて公的データベースをもとに計算(2015)