PRO-capは、RNA転写中のRNAPII開始部位を塩基対分解能でマッピングします。このアプローチは、RNAPII一時停止部位をマッピングするPRO-Seq法のバリエーションです。ビオチン-NTPおよびサルコシルとの核ランオン反応は、核溶解物で実行されます。最初のビオチン-NTPの取り込みにより、RNAPIIによる新生RNA鎖のさらなる伸長が停止します。RNA鎖を抽出し、ストレプトアビジンプルダウンで精製します。次に、3'アダプターは、別のストレプトアビジン精製ステップの前に、精製されたサンプルに直接ライゲーションされます。5'末端は、5'アダプターをライゲーションする前に、南極ホスファターゼとTAPを使用して修復されます。アダプターに隣接するRNA断片は、RTおよびPCR増幅前の別のストレプトアビジンプルダウンプロセスによって濃縮されます。得られたcDNA鎖を5'末端からシーケンスし、RNAPII一時停止部位をマッピングします。
長所:
- RNAPII開始サイトを塩基対の解像度でマッピング
- PCR前の複数のビオチンエンリッチメントステップ
- PRO-seqを使用してマップされたサイトを一時停止する
短所: