NGSによるHLAタイピングがAmbiguityを克服

Q. TruSight HLA シーケンスパネルで得られた結果は従来法と比較するといかがでしたか？

TruSight HLA シーケンスパネルを利用して、予想どおり、すばらしい結果が得られました。現状で使用している蛍光ビーズ法（Luminex 装置で測定する PCR-SSO 法）は正確性及び再現性において極めて信頼性が高いのですが、その判定結果の裏に Ambiguity と呼ばれる HLA 型判定不確定となる組み合わせが数多く潜んでいます。これまで、血清学的タイピングの時代から、常に Ambiguity に苛まされ、それと戦ってきた経緯から、ついに、NGS という最強のツールで Ambiguity を解消した結果が目の前に現れた時は、本当に感動しました。

Q. TruSight HLA シーケンスパネルの利点は何でしょう？また、期待していることは何でしょう？

言うまでもなく、NGS を利用すれば、DNA1 分子由来の配列データが取得できること、また、Long Range PCR でイントロンを含め HLA のほぼ全領域を対象にしているところにあります。つまり、クローニングせずに Ambiguity 地獄から開放されるという利点が全てでしょう。さらに、キット化されたことで、今後研究ベースから検査試薬に発展する第一歩になったと思います。TruSight HLAシーケンスパネルで誰でも確実な結果を得るには、ライブラリー調製の簡略化（自動化など）、日本人集団 HLA データベースの拡充、解析アルゴリズムの最適化など幾つかの解決すべき問題点が残りますが、必ずやクリアされることを期待しています。

Q. 今後どのように TruSight HLA シーケンスパネルを利用されるご予定ですか？

当研究所には、造血細胞ドナーや献血者を対象に蛍光ビーズ法で判定できないサンプルが集積されます。これは、年間数万件 HLA タイピングされた中から約 200 件に 1 件の頻度で存在します。現状では、クローニングをしてからサンガー法で確認しているのですが、TruSight HLA シーケンスパネルを利用すれば、NGS の特徴を生かし、クローニング無しで確実な結果が期待できます。ゆくゆくは、全数検査も視野に入れています。　価格面については、数年前の NGS アッセイから考えると、現実的な価格帯に到達しつつあると思います。メーカーへの要望としては、TruSight HLA シーケンスパネルのみならず、インデックス・キット、シーケンス試薬セット、消耗品などトータルで価格を語っていただくことが、ユーザー目線というものであると思います。

Q. NGS で HLA 解析を行おうとしている研究者にアドバイスはありますか？

現状では、1) ライブラリー調製が非常に大変であること、２）PCRドロップアウトやアレリック・インバランスの可能性がゼロではないこと、３）HLA データベースを参照するフェージングでは Ambiguity が完全に解消されないことを理解した上で取り組んでいただきたいと思います。上記、2) と 3) は頻度・確率の問題であり、年間数万件 HLA タイピングする我々にとって無視できないことですが、通常使用では、ほとんど問題ないと思われます。