テールシーケンス
テールシーケンス
TAIL-Seqは、mRNA分子の末端（3'-UTRおよびpoly(A)テール領域）のシーケンスに焦点を当て、mRNAの半減期、安定性、翻訳効率への影響におけるその役割を探り、3'末端機能を取り巻くその他の側面を発見します。
リボソームRNA（rRNA）は、アフィニティーベースの枯渇によって最初に全RNAから除去されます。精製後、RNase T1断片化の前にmRNAをビオチン化3'アダプターにライゲーションし、ストレプトアビジンプルダウンによりさらに精製します。5'末端はリン酸化され、500～1000 ntの断片に対してサイズ選択され、短いノンコーディングRNA（ncRNA）断片がシーケンスデータを汚染するのを防ぎます。リン酸化された5'末端は、5'アダプターにライゲーションされ、逆転写され、PCR増幅され、シーケンスされます。TAIL-Seqは、独自のペアエンドランシステムを使用して、3'末端シーケンスリードに対応する遺伝子を相関させます。ペアエンドリードを分離することで、断片の5'末端から52 ntの1つのシーケンスをリードし、ゲノムをマッピングして転写産物を同定し、特にシーケンス決定のために3'末端から251 ntの2つのシーケンスをリードします。
長所：
- 特殊な蛍光解析法を用いて、mRNAサンプル上のポリ（A）テール長を高精度に定量化
- オリゴ（dT）エンリッチメントを使用しないため、長いポリ（A）に対するバイアスを排除
- poly(A)-tail length profiling by sequencing（PAL-Seq）とは異なり、修飾3'末端を検出できる1
短所：
- PCR増幅はホモポリマーシーケンスには不利
- Nussbacher J. K.、Batra R.、Lagier-Tourenne C.、Yeo G. W.の神経変性におけるRNA結合タンパク質：Seqとあなたは受け取ります。Trends Neurosci。2015;38:226-236
- トランスクリプトーム解析用のHrdlickova R.、Toloue M.、Tian B. RNA-Seqメソッド。Wiley Interdiscip Rev RNA. 2017;8:n/a-n/a
- Bangru S.とKalsotra A.は、真核生物トランスクリプトームにおけるRNAの多様性解析の進歩：Omicsレンズを通したピアリング。F1000Research. 2016;5:2668
- Viegas S. C.、Silva I. J.、Apura P.、Matos R. G.、Arraiano C. M.は、3'末端に驚きの驚きがあります。'U'も決定できます！FEBS J. 2015;282:3489-3499
- Zuber H., Scheer H., Ferrier E., et al. ウリジル化とPABPは、アラビドプシスにおけるmRNA脱アデニル化末端の修復に協力します。Cell Rep. 2016;14:2707-2717
- Park J. E., Yi H., Kim Y., Chang H. and Kim V. N. Regulation of Poly(A) Tail and Translation during the Somatic Cell Cycle. モルセル。2016;62:462-471
- Lapointe C. P.、Wilinski D.、Saunders H. A.、およびWickens M. Protein-RNAネットワークは、共有結合RNAマークを介して明らかになりました。Nat Methods. 2015;12:1163-1170