パネル製品の購入を検討中のお客様に!
BaseSpace Sequence Hub でのデモデータ確認方法

イルミナでは、多くのお客様の研究目的に弊社製品をご使用いただけるよう、様々なターゲットパネル製品をご用意しています。

ターゲットパネル製品の購入を検討しているけれど、購入の前に実際の解析データを見てみたいというお客様のために、BaseSpace Sequence Hub を用いたターゲットパネル製品のデモデータ確認方法をご案内します。

※ ご研究の目的に適したパネル製品の選定には Gene Panel Finder をご使用ください。

BaseSpace Sequence Hub でのデモデータの確認方法

1. BaseSpace Sequence Hub にログインします。

ログイン ≫

※ アカウントをお持ちで無い方は、Sign Up をクリックし、アカウントを作成してください。

 

2. PUBLIC DATA のタブをクリックすると、デモデータの一覧が表示されます。

3. Categories より Targeted Sequencing をご選択すると、各種ターゲットパネル製品のデモデータで絞り込むことができます。特に AmpliSeq パネルにご興味のある場合には、AmpliSeq for illumina を選択すると、ターゲットパネル製品のうち、AmpliSeq パネルだけのデモデータを表示させる事ができます。

4. 確認したいデモデータをクリックし、さらにProjectのImportをクリックします。

5. PROJECTのタブに移動し、Importしたターゲットパネルのデータをクリックします。

※ 以下の図はCLASSICバージョン表示での例です。
NEWバージョン表示をご使用の場合には、MY DATAタブからProjectsをお選びください。 CLASSICとNEWバージョンの切り替えは、画面右上のトグルから行えます。

6. BaseSpace Sequence Hub の解析 App で解析をした結果の一覧が表示されます。DNA Amplicon の解析結果をクリックすると、シーケンスリードのOn-Target 率など、一般的にパネル製品の評価の指標となるメトリクスのサマリーが確認できます。

7. タブから各サンプルの Report を選択すると、より詳細な解析結果を確認できます。

8. Coverage by Amplicon Region から、パネル製品を構成する各 Amplicon region の Coverage が確認できます。また図右上のボタンからCSVファイルをダウンロードすることで、各 Amplicon region の Coverage 一覧を確認することができます。

GCリッチな領域など、増幅が難しい領域においては、パネル製品のターゲットの範囲であっても、カバレッジが低下する領域が存在しますので、あらかじめ、研究目的に沿った製品であるかを確認することをお勧めします。
ライブラリー調製キットをご使用いただき、予想している結果とはならなかったなど何かトラブルや気にかかることなどございましたら、テクニカルサポートまでお気軽にご相談ください。
テクニカルサポート部
E-Mail お問い合わせ | TEL 0800-111-5011 (9:00-17:00)