アンプリコンリシーケンスはなぜ有用なのか？
アンプリコンリシーケンスは、特定のゲノム領域のディープシーケンスが可能で、効率的に変異解析を行うことができます。腫瘍サンプルの体細胞変異検出や家族性腫瘍の変異解析、さらには動植物における病気や寄生の感受性に関連する多型の同定など、さまざまな用途で利用されています。
イルミナのカスタムパネルは、オンラインデザインツール DesignStudio を使って、目的領域に対するパネルを簡単に作成でき、ヒト以外にも家畜、農作物などさまざまな生物種に対応しています。インプット量 10ng のゲノムDNAからスタートし、ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織サンプルなど臨床サンプルからもライブラリー調製が可能です。
イルミナアンプリコンリシーケンス対応カスタムパネル
| 製品名 | TruSeq Custom Amplicon Low Input | TruSeq Custom Amplicon v1.5 |
| アンプリコン数 | 最大1,536 | 最大1,536※ |
| インプット量 | 10ng~ | 50ng |
| FFPEサンプル | 対応 10ng~ (FFPE品質に依存) | 対応 250ng |
| アンプリコンサイズ | 150, 175, 250 bp | 150, 175, 250, 425 bp |
| 対応機種 | MiniSeq/MiSeq/NextSeq | MiniSeq/MiSeq/NextSeq |
| リード長 | 150bp x 2 | ~300bp x 2 |
| アッセイ時間 | 6.5時間 | 10時間 |
| キットサイズ | 16, 96~ | 96~ |
| 対応生物種 | ヒト、マウス、ラット、ウシ、トウモロコシ、 イネ、ブタ、イヌ、ダイズ、ニワトリ、ヒツジ | |
*イルミナコンシェルジュサービスにより最大10,000まで対応。詳細はお問い合わせください。
ターゲットリシーケンスのためのカスタムパネルお試しキャンペーン
インプット量わずか 10ng からスタート。目的の遺伝子領域だけを効率的に解析するためのカスタムパネル
対象製品
- TruSeq Custom Amplicon Low Input Kit
- TruSeq Custom Amplicon Index Kit
期間 ： 2016年12月16日（金）まで
オンラインデザインツール DesignStudio のご利用方法
1
DesignStudio にアクセスし、Start Design をクリックします。 TruSeq Custom Amplicon、対象生物種を選択した後、Design name にパネルの名前を入力し、Next をクリックします。
2
ご利用の装置、アッセイの種類、Variant Source、アンプリコンサイズを選択。
Check! アンプリコンサイズは、FFPEサンプルの場合、150bpもしくは175bpを選択
Check! Dual designとは？
フォワード、リバースについてそれぞれライブラリーを作製します。FFPE サンプルでは、脱アミノ化によるシトシンのウラシルへの置換が見られます。このアーチファクトを取り除くために、フォワード、リバースいずれのリードもシーケンスを行い、どちらのリードでも変異が認められたもののみをコールする有用な方法です。
3
遺伝子名を以下のいずれかの方法で入力し、Submit Designをクリック。デザイン完了後には、登録アドレスへメールでご案内。
- Gene；遺伝子名を入力して該当の遺伝子を選択
- Free Text；遺伝子名をフリー入力
- Coordinate；染色体番号と位置を入力
- File；弊社指定ファイルを使用
Check! Target Option は、以下より選択が可能です。
- CDS Only* コーディング領域のみ対象
- Exon Only* エクソン領域のみ対象
- Full Region 全領域対象
* CDS とExon only ではPadding per Exon を選択
アンプリコンリシーケンスに関する情報をお届けするさまざまなウェビナーを実施しています。ぜひご覧ください！
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TruSeq Custom Amplicon Low Input キットを用いたターゲットリシーケンス – ドライ編 –