Index hoppingとは
- 複数ライブラリーをプーリングし、シーケンスをした際にライブラリー間でIndex の組み換えが起こり、Demultiplexing 後のライブラリーに、別のライブラリー由来のリードが含まれてしまう現象
- 多検体のシーケンス ( Multiplexed Sequence ) をした際に、低頻度ながらライブラリー分子間での組み換えが生じ、結果として本来と異なる誤った Index を持つ配列が生じてしまう現象
結果として、得られたサンプルの配列情報には、他サンプル由来の配列が混入してしまいます。
図1：Index hoppingの概念図
Index hopping の発生
Index hopping は HiSeq X・HiSeq 3000・HiSeq 4000・NovaSeq 6000 の、Patterned Flow Cell を採用しているシステムで、より高い割合で発生し、MiSeq、HiSeq 2500 や NextSeq などの従来型の Flow Cellを用いたシステムでは、非常に低い割合でのみ発生することがわかっています。
図2：Patterned Flow Cellと従来型のFlow CellそれぞれのTruSeq DNA PCR FreeとTruSeq Nano DNAライブラリーにおけるIndex hoppingの割合
Unique Dual Index の使用で Index hopping を削減
この Index hopping の問題は、ライブラリーDNAの両端にユニークな Index である Unique Dual Index (UD Index)を使用することにより、組み換えが生じたリードを検出し、除くことにより、大幅に低減することが可能です。
UD Index を使用してランを行うと、Index hopping を生じたリードは、Demultiplexing によって、Undermined Read（どのライブラリーにも使用していない Index の組み合わせ）として振り分けられ、Demultiplexing 後の各ライブラリーのリードに、コンタミネーションとして、混ざることはありません。
HiSeq X・HiSeq 3000・HiSeq 4000・NovaSeq の、Patterned Flow Cell を採用しているシステムで、ランをご実施の際には、UD Index の使用をご検討ください。
弊社では、TruSeq DNA Nano, TruSeq DNA PCR Free, TruSeq Stranded mRNA などのライゲーション法を用いたライブラリー調製キットに対応した UD Index を24種類および96種類の組み合わせでご用意しております。
UD Index の製品詳細に関しましては、下記のサポートページをご参照ください。
Index hopping の詳細情報に関しましては、下記のサポートページをご参照ください。