2016年2月2日
多くのアジア文化における幸運と繁栄のシンボルと長い間考えられてきた絶滅の危機に瀕した魚は、その進化の歴史を解明し、自然の復興への希望の源を創造しています。アジアアローナは、中国のドラゴンに似ているため、ドラゴンフィッシュとも呼ばれ、古代の魚群に属しており、東南アジアの川で見られる人気の装飾品です。
モナシュ大学マレーシア校の研究者は、魚の進化と最も原始的な種類の魚の関係を理解するために、その系統を追跡したいと考えていました。イルミナのHiSeq2000を使用することで、包括的なDNAシーケンスデータセットと堅牢なゲノムアセンブリを迅速かつ手頃な価格で生成することができました。 マレーシアで初めてシーケンスされる魚です。調査結果はJournal of Genome Biology and Evolutionで報告されました。
モナシュ大学マレーシア校のChris Austin教授と彼のチームは、この絶滅危惧種の淡水魚のゲノムを解読し、彼らの研究が国の魚の研究に与える大きな影響について話し合いました。
魚のシーケンスを行う研究の目的は何ですか？
プロジェクト開始時、全ゲノムシーケンスは、研究用のモデル種（ゼブラフィッシュなど）またはティラピア、カープ、サケなどの一般的な商業種のいずれかである、よく知られた20種の魚のみに利用可能でした。アジアアローナは、特にマレーシアでは、 保存上の懸念があり、商業的関心の対象であるため、進化生物学者にとって関心があります。
マレーシアの研究コミュニティにとって、マレーシアの大学とマレーシアを拠点とする 研究者が、マレーシアの魚種のゲノムをシーケンスして、この古代種の洞察を得るとともに、複雑な分類法と高い商業的価値を得るための最初の役割を果たすことが重要です。
HiSeq 2000での作業経験はどのようなものでしたか？
モナシュ大学で最初にシーケンスした動物種として、この技術は美しく機能し、すべての期待に応えました。イルミナのテクノロジーは、大規模なデータ生成のための他の次世代シーケンサーテクノロジーと比較して、ハンズオンタイムが最小限で、正確で（高いQ30）、一貫性があり、大幅に高速でシンプルです。
イルミナのテクノロジーによって、チームが研究をどのように実施できたか説明していただけますか？
イルミナのHiSeqテクノロジーのベースあたりの低コストにより、多額の経済的投資をすることなく、アローナゲノムの十分なカバレッジ（60倍）を得ることができました。これは、バイオインフォマティクス解析など、プロジェクトの次の段階に資金を振り分けることができるため重要です。このテクノロジーは、研究を可能にし、研究資金の活用効率を最大化する上で、当社の研究に不可欠な要素です。アローナゲノムシーケンスを持つことは、すでに、部分的なゲノムスキャンに基づいて、アローナ集団内の幅広い地理的範囲の遺伝的多様性を測定する新しい研究をデザインする上で役立っています。これにより、分類学的な疑問を解決し、特別な保全対策を必要とする可能性のある多様な集団を同定することができます。
あなたの発見は種全体にどのような影響を及ぼしますか？
驚異的！アローナは最も古代の魚の系統の1つに属しており、この研究は、アローナ群とウナ群のどちらが最も古い魚の系統であるかという疑問を解決するのに役立ちました。この種は保全上の大きな懸念があります。これは、国際自然保護連合のレッドリストに危険として記載されています。
東南アジアでは、さまざまな人間の活動によって引き起こされるハビタットの劣化がアロワナの主な脅威となっています。 プライムアロワナの生息地は、農業用地に変貌した淡水没頭や、植物園に而出して育った森林を流れる川で失われています。 この種は、占有面積、発生範囲、生息地の質、搾取レベルの低下に基づいて、絶滅危惧と評価されています。
また、この生物種は、その大きなサイズと明るい色のため、世界で最も貴重な装飾品の一つです。金色と赤は特に重要です。高品質の魚は数千ドルで販売できます。マレーシアだけでも、輸出業界の価値は5,000万ドルを超えており、年間20万人以上の魚が生産されています。
アローナのゲノムリソースを基盤とする新しいシーケンス研究が既に進行中です。これは、農家の育種慣行に応じて育種やストックミキシングの証拠を示す可能性があるため、性別の決定、色表現型の遺伝的根拠、および商業用ストックの遺伝的ステータスに関連する重要な質問を探索するのに役立ちます。
大学の研究の詳細については、ここをクリックしてください。
