2024年4月15日
Nature誌のGenomic Medicineに発表された最近の文献レビューでは、ショートリードゲノムシーケンス（GS）により、希少な遺伝性疾患を持つ可能性のある小児患者の診断と治療にかかる時間を短縮できることが示されました。このエビデンスは、特に新生児集中治療室（NICU）やその他の救命救急治療室にいる患者にとって、GSを第一選択の標準治療とするための取り組みを裏付けています。
歴史的に、私たちは、最も包括的な検査から始めて、これらの状態を診断するために階段ステップアプローチを使用してきました。イルミナの科学研究担当副社長であり、研究の著者であるRyan Taft博士は述べています。最初の試みで診断ができなかった場合、より高度な検査が行われ、最終的にはゲノムシーケンスが最後の手段として使用されます。しかし、このアプローチは時間とリソースを浪費し、答えのない家族にとっては精神的に壊滅的な結果を招く可能性があります。多くの場合、シーケンスが最も効果的な診断アプローチであることはエビデンスから明らかです。可能な限り、最初の寄港地としてゲノムシーケンスを使用するだけです。
この研究は、高品質のGSへのアクセス拡大に取り組む臨床ゲノムシーケンスラボのコンソーシアムであるMedical Genome Initiative（MGI）によって実施されました。最新の原稿で報告されているように、希少な遺伝性疾患の診断検査としてゲノムシーケンスが優れていることを示す重要なエビデンスがありますが、臨床の採用は予想外に遅くなっています。
希少な遺伝性疾患集団におけるGSのエビデンスを完全に評価するために、MGIは焦点を絞った文献レビューとメタ解析を実施しました。2014年1月から2022年8月までに発表された計71件の論文が基準を満たし、13,000名を超える患者を対象としました。解析されたバリアントの種類、解釈ガイドライン、医療環境、二次的所見、ターンアラウンドタイム、コホート表現型、診断率、臨床有用性など、解析戦略に基づいて研究を評価しました。
全体として、一次ゲノムシーケンスの平均診断率は45%であったのに対し、以前の遺伝子検査を受けた群では33%、エクソームシーケンスで診断を受けなかった患者では33%でした。3分の1の研究で臨床的有用性が報告されました。記載された管理の変化には、診断的思考、治療、患者の転帰、社会的影響にわたる転帰の有効性が含まれ、著者らは、臨床的有用性を評価するために使用される手法が研究ごとに異なるため、管理の変化率（20%～100%）が広範に報告されたことを発見しました。
多くのシナリオで、ゲノムシーケンスが第一選択の遺伝子検査であるべきことがエビデンスで示されています。説明のつかない疾患を持つ集中治療室にいる小児患者は、まず治療を受けるべきです。また、ターゲットパネルに、子供の状態を引き起こしている可能性のあるすべての疑わしい遺伝子が含まれていない場合、包括的なゲノムシーケンスがこれらのギャップを埋めることができます。
高い診断率に加えて、ゲノムシーケンスも高速です。ここ数年で先駆的に開発された迅速なアプローチは、NICUの重症児に特に有益な機能である数日で結果を生み出すことができます。GSに代わる包括的でない代替品は貴重な時間を無駄にし、必要な診断を遅らせる可能性があります。
このレビューでは、救命救急医療におけるゲノムシーケンスの多くの利点が強調されていますが、まだまだ多くの作業が行われています。著者らは、外来患者やその他の緊急性の低いシナリオにおける第一選択GSに関する研究はほとんど発表されていませんでした。追加の研究が必要になりますが、多くの患者にとって、エビデンスはゲノムシーケンスの臨床的有効性を明確に裏付けています。
“価格が高すぎるという認識があるため、ゲノムシーケンスの追求には依然として抵抗があります”とTaft氏は述べていますが、これは最近のGSコストの劇的な削減と、下流の一連のケアに対するその影響を説明するものではありません。特に希少な遺伝性疾患を持つ患者の場合、精度の高い回答をより早く得ることが、ほぼ常に最も費用対効果の高いアプローチです。
2024年4月25日に開催されるMedical Genome Initiativeのウェビナーにこちらからご登録ください。 イルミナのスポンサーであるKristen Wigby博士が、希少疾患の全ゲノムシーケンスに関連するトピックについて語ります。
