複雑な疾患, コミュニティー, 遺伝性および希少疾患研究, Population Genomics

カナダ先住民の子供たちの診断ギャップを埋める

Silent Genomes Projectは、First Nations、Inuit、およびMétis集団向けに、この種の類を見ないバリアントライブラリーを構築しています

カナダ先住民の子供たちの診断ギャップを埋める
Detail of "Cedar Man Walking Out of the Log," a totem pole in Duncan, British Columbia. Carved by Gwe-la-y-gwe-la-gya-les (Richard Hunt), photo by Rex Wholster.
2023年7月17日

先住民の権利に関する国連宣言では、“差別なくすべての社会サービスおよび医療サービスにアクセスする権利”と定めています。2007年に159人の総会が宣言を採択した際、反対票を投じたのはわずか4人でした。オーストラリア、カナダ、ニュージーランド、米国。

以来、4か国すべてがポジションを逆転させ、現在ではそれを支持しています。カナダ政府は、先住民の自由かつ事前のインフォームドコンセントが、先住民に影響を与える決定に対して与えられることを強調して、その法律が宣言と矛盾しないように求める法律を可決しました。

プレシジョンメディシンの夢は、個々のDNAと生活環境に基づいて、各患者の診断と治療をカスタマイズすることです。遺伝性疾患が疑われる患者が、参照データベースによく見られる民族集団に属している場合、その医師は、その集団によく見られ、疾患を引き起こす可能性が低い個人的な遺伝的変異の大部分を除外することができます。しかし、現在入手可能なゲノムデータの大半は、ヨーロッパ系の人々から得られています

カナダの先住民グループの参照データが不足しているため、臨床医は意義不明の何十万ものバリアントを抱えることになります。先住民の患者が診断への道のりをより困難で不確実なものに直面する中、医療の不平等が生じています。

この不平等を是正できるのは、カナダ全土の研究者、臨床医、先住民のコミュニティーが連携した継続的なパートナーシップによってのみであり、ブリティッシュコロンビア大学(UBC)を拠点とするサイレントゲノムプロジェクトは、これらのパートナーシップを築こうとしています。

先住民データに対する先住民のガバナンス

Silent Genomes Projectは、Laura Arbour博士、Nadine Caron博士、Wyeth Wasserman博士を共同リーダーとして、2018年に開始されました。

UBCの遺伝医学部の教授であるArbourは、20年以上にわたり先住民のコミュニティと直接連携し、健康の遺伝的要素に取り組んでいます。彼女は、ヌナブットで初めて小児研修所に行ったとき、社会的決定因子がすべての健康問題を引き起こしているという仮定があったことを覚えています。

Caronは、UBC医学部外科の外科腫瘍学者兼教授で、先住民の健康とカナダの健康政策に情熱を注いでいます。また、カナダ初の女性First Nations総合外科医であることも示しています。

Wassermanは、UBCのフェロー医学遺伝学教授であり、British Columbia Children’s Hospital Research InstituteのCentre for Molecular Medicine and Therapeuticsのシニアサイエンティストであり、計算生物学者です。彼の言葉では“data geek”であり、彼の研究室が次世代ゲノムシーケンスを適用して代謝障害の原因を同定し始めると、この作業に関与しました。

Silent Genomes Projectは、4つの活動を中心に構成されています。そのうちの1つ目は、プロジェクト自体の先住民族のガバナンスとコミュニティの関与を確保することです。

地理的条件は、先住民の医学研究への参加を制限する役割を果たしています。カナダの人口の90%は米国国境から160キロメートル以内の距離に住んでいますが、その先住民の約60%は農村地域または遠隔地に住んでいます。しかし、最も有害な障壁は米国とカナダの歴史的背景であり、少数民族の集団を無視し、故意に害を与えている当局の 恥ずかしいたくさんあります。

プロジェクトの非先住民のチームメンバーは、これらの失敗が信頼を築くための長期的な取り組みに対してどのように機能するかを常に認識しています。“足を踏み入れた後に足を踏み入れる人が多い”とWasserman氏は述べています。Arbour博士は、Canadian Alliance for Healthy Hearts and Mindsの会議に早めに私を連れて行きました。隣の誰かがこう言ったことを覚えています。

Arbourは、“私たちのプロジェクトは、最初から先住民の関与によってのみ実行できた”ことを強調しています。その関与には、プロジェクトにおけるCaronの指導的役割、先住民の学者や科学者(国連宣言に当初反対票を投じた4カ国すべて)で構成される国際先住民ゲノム諮問委員会、研究に関心のあるコミュニティ、カナダ全土の先住民コミュニティのメンバーで構成される運営委員会が含まれていました。

An inuksuk in Nova Scotia. These traditional travel markers serve as important cultural symbols for Inuit and other Indigenous Canadian peoples. Photo: Getty Images


プレシジョン診断研究と先住民バックグラウンドバリアントライブラリー

プロジェクトの2番目の活動は、精密診断研究でした。この研究では、全ゲノムシーケンス(WGS)を、疑いはあるが診断されていない遺伝性疾患を持つ100の先住民の家族に提供しました。家族は、6つの省にある11の医療遺伝学センターの1つへの紹介を通じて登録されました。

これらの患者の約4分の1は、WGSデータからすでに明確な診断を受けており、そのうちの何人かは、自分の病状の細胞基盤を理解するために大規模なプロジェクトに参加しています。患者のために臨床医に返されたバリアント情報の約50%は不確定でした。Arbour博士は、より関連性のある先住民のバックグラウンドバリアントライブラリー(IBVL)が参照できるのであれば、科学者はバリアントを理解する機会が増すだろうと述べていますが、そのようなライブラリーはまだ存在していません。

そのIBVLの作成は、プロジェクトにおける3番目の活動であり、現在も進行中です。600サンプルの初期セットがシーケンス用に承認されました。コミュニティが参加を承認した後、各DNAサンプルは匿名化されたチューブでサイレントゲノムプロジェクトに提供されます。個人またはコミュニティ名の記録は提供されず、一意の番号のみが提供されます。研究のデータは、(ライブラリーのX%に特定のバリアントが現れることを示す)集約された形でのみ利用可能であり、オープンソースの研究レポジトリとしてではなく臨床診断のためにのみ利用することができます。

多くの先住民族は、 ゲノム情報が自分に対して利用される可能性がある、または自分のデータが他の人に利益をもたらし、先住民族の健康格差が続くことを懸念しているため、オープンデータを懸念しています。オープンデータが主流の標準業務であるからといって、これは変わらないでしょう。それだけで参加が妨げられます。物事のやり方を本当に変えていかなければ、不平等は続きます。

正義が重要

プロジェクトの4番目の活動は全体像を見て、先住民の子供に対する精密診断の経済的影響を評価することです。IBVLデータの影響はまだ評価できませんが、チームメンバーの体験談は有望な絵を描いています。

“診断のオデッセイを終わらせると、コミュニティを構築するチャンスもあります”とWasserman氏は述べています。診断を受けた家族は、その診断を共有する世界中の他の家族とつながりを持つことがよくあります。年長の子供は、治療に期待できることについての洞察を得ることができます。“世界を少し小さくする”

プロジェクトの2番目と3番目の活動のためのマッチング資金は、一部イルミナが提供しました。“イルミナは世界中で希少疾患の臨床診断が行われるエンジンです”とWasserman氏は述べています。特にカナダでは、ほぼすべての臨床サンプルがイルミナのプラットフォームに適用されており、イルミナのシステムからデータが送られてきます。イルミナのチームが、この作業を最初から行う方法を見つける熱意は明確で際立っていました。

Arbourは、このプロジェクトが野心的な範囲であり、まだ多くの作業が行われていることを認識していますが、コミュニティパートナーシップの構築に費やしてきた年月のおかげで、すでに大きな進歩を遂げています。“Silent Genomes Projectは、私たちが改善すべきことを明らかにしました”と彼女は述べています。良いスタートでした。個人の専門知識を使ってドアを開けるのに少し時間を割くことができれば、大きな違いが生まれるでしょう。誰をなぜ除外するのかを考える必要があります。正義は重要です。人々が放置され、私たちに門戸を開ける能力がある場合、私たちにはそうする義務があります。

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