2018年6月7日
腸内細菌は、微生物叢の変化が有害な可能性があり、炎症性腸疾患、肥満、がんなどの慢性疾患に関連する可能性があるため、ヒトの健康に重要な役割を果たします。* 次世代シーケンサー（NGS）テクノロジーは、特定のサンプル内の微生物の遺伝子プロファイル、集団構造、役割に関する情報を提供し、微生物群集を特徴付けるために必要な詳細を提供します。
今週、ジョージア州アトランタで開催された2018年米国微生物学会会議で、Illumina, Inc.とPerkinElmer, Inc.は、標準的かつ最適化されたNGSワークフロープロトコルを開発することで、重要なメタゲノム研究をより正確に実施するための共同の取り組みを発表しました。メタゲノムはメタゲノムの研究です。メタゲノムは環境サンプルからの微生物の集合ゲノムで、特定の環境の微生物の多様性と生態学に関する情報を提供します。
ヒトメタゲノミクス研究の増加に伴い、この新しいプロトコールは、高品質のシーケンスデータを生成して、研究者が便サンプル中のヒト微生物叢をより正確に理解するのに役立つだけでなく、このようなメタゲノミクス研究に必要な同定と解析のスケーラビリティも可能にします。
ほとんどのバクテリアや真菌は、ラボで増殖することはできません。したがって、培養不要のサンプルから抽出されたDNAの直接シーケンスにより、より幅広い微生物の検出が可能になり、培養ベースのアプローチよりも使いやすく、スループットも高くなります。これらのニーズに対応するために、イルミナとPerkinElmerは、ヒト糞便サンプルのメタゲノムプロファイリングのためのスケーラブルで高品質の自動サンプルから回答までのワークフローソリューションを開発しました。
イルミナの製品管理、ライブラリー調製ソリューション担当マネージャー、Mitu Chaudhary氏は、これは微生物叢集団の変化に対する洞察を促進するために特別に設計された、初の完全自動化細菌サンプル調製、シーケンス、および解析ワークフローの1つです。“イルミナとPerkinElmerの標準化ワークフローの組み合わせは、微生物叢関連疾患の発見を大幅に改善することを目的としています。”
包括的なワークフローは、PerkinElmerの事前自動化ソリューションを備えたNextera#@ DNA Flex Library Preparation Kitから始まり、ハイスループットメタゲノミクスプロファイリングを行う能力を提供します。このレベルの自動化により、ラボの効率を高め、人件費を削減し、一貫した高品質のデータを生成することができます。
*Khanna, Sahil, et. al. “ヒトの健康と疾患における微生物の役割に関する臨床医のプライマー” Mayo Clinicの手続き。2014:89(1): 107～114ページ。
