2色法SBSテクノロジー

2色法SBSテクノロジーの進化

イルミナのすべてのシーケンスシステムは、実績ある当社のSequence by Synthesis(SBS)テクノロジーを使用しています。SBSは、広く採用されている次世代シーケンサー(NGS)テクノロジーであり、ゲノム全体にわたって塩基ごとのシーケンスを非常に正確に行い、ロバストな性能を実現します。

イルミナの一部の装置は、SBSテクノロジーの進化形である2チャネルSBSが使用されています。この方法では、従来の4色法SBSテクノロジーと同様の高いデータ精度を保ちながら、より高速なデータ生成が可能になります。

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XLEAP-SBSケミストリーを使用したイルミナのSBSテクノロジーの実例をご覧ください。

シーケンスとデータ処理時間の短縮

2色法SBS法では、1サイクルに必要なイメージは4つではなく、2つのみです(図1)。これにより、イルミナシステムが誇る高いクオリティと精度を維持しながら、シーケンス時間およびデータ処理時間を短縮できるようになりました。これらの高度化により、2色法SBSは手頃な価格のソリューションの1つとなり、NGSは世界中のラボで日常的に使用されるツールとなりました。

イルミナのシーケンスおよび処理時間についての詳細

2色法SBSによるヌクレオチド検出の簡素化

2色法のSBSでは、塩基ごとに個別の色素を使うのではなく、2つの蛍光色素と2つのイメージを使って4つのベースコールすべてを判定することで、ヌクレオチド検出を簡素化します。各DNAクラスターのイメージは、ヌクレオチドの同一性を区別するために2つの異なる波長フィルターバンドを使用して取得されます。

例えば、赤色と緑色の色素を使用するイルミナの2チャネルシーケンスシステムを使用する場合、赤色または緑色の画像で見られるクラスターは、それぞれC塩基とT塩基として解釈されます。赤と緑の両方で観察されるクラスターはA塩基としてフラグ付けされ、ラベルなしクラスターはGとして識別されます。イルミナには多くの2チャネルシーケンスシステムがあり、蛍光色素と塩基間の色の組み合わせはシステムによって異なります。

簡素化されたヌクレオチド検出
SBSテクノロジースポットライト

SBSテクノロジースポットライト

イルミナのSBSケミストリーはイルミナシーケンスシステムの基盤となってますが、光学システムは複数の検出方法が利用できるように進化しています。2色法SBSを1色法、4色法SBSと比較やクオリティスコアのデータをご覧ください。

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2色法と他のSBSケミストリーの比較

2色法のケミストリーでは、2種類の蛍光色素を使用します。一方、4チャネルケミストリーでは、4つの異なる蛍光色素で標識されたヌクレオチドの混合物を使用します。一方、1チャネルケミストリーでは1つの色素のみを使用します。画像は、ヌクレオチドの同一性を決定するために、画像解析ソフトウェアによって処理されます。

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注目の2-ChannelSBS装置

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1色法SBS

1色法SBS

1色法SBSは、Sequence by Synthesis(SBS)ケミストリーと補完的な金属酸化膜半導体(CMOS)テクノロジーを組み合わせたものです。1色法は、2色法SBSと同じベースコーリング・アーキテクチャを使用しますが、高精度を維持しながら、機器の低コストと小さな設置面積の利便性を提供します。当社の最小シーケンサーであるiSeq 100システムは、1色法SBSを使用しています。

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