遺伝子制御に影響する
DNAタンパク質相互作用を同定

DNAタンパク質結合解析

DNAタンパク質の相互作用を解析することで、多くの生物学的プロセスや疾患状態に重要な、制御事象を理解することができます。このエピジェネティクス情報は、DNAシーケンスやジェノタイピング、遺伝子発現など様々なゲノム解析に相補的なものです。

DNA-Protein Interaction Analysis

クロマチン免疫沈降(ChIP)と大量並列シーケンスを組み合わせたChIP-Seqは、精度よくタンパク質、DNA、そしてRNAの相互作用を捉え、多くの生物学的プロセスや疾患状態に重要な、制御事象を理解することができます。ChIP-Seqでは転写調整因子の結合部位の同定や、ゲノム上のヒストン修飾の調査、そしてクロマチン構造や機能のさらなる理解を深めることができます。

ChIP-Seqについての詳細

Analyzing DNA-Protein Interactions with Sequencing
シーケンス手法エクスプローラー

このベータ版の直観的なツールでは、科学論文からまとめられた次世代シーケンサー(NGS)ライブラリー調製手法を探すことができるツールです。このツールは、上記にあるシーケンス手法レビュー記事、およびポスターの手法が含まれています。新しい手法については、継続的に追加する予定です。

手法を探す
シーケンス手法エクスプローラー
最適なクラスター密度のベストプラクティス

イルミナのサイエンティストが、過剰クラスターと過小クラスターがシーケンスデータにどのような影響を与えるかについて説明します。クラスターの一般的な問題とその防止策の詳細はこちら。

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一貫したクラスター密度を実現する手法

クラスター密度は、ランの性能、特にデータ品質と総出力に大きな影響を与えます。より一貫したクラスター密度の実現方法の詳細はこちら。

報告書を読む
腫瘍におけるDNAタンパク質相互作用を検出
Detect DNA-Protein Interactions in Tumors

がんでは、転写因子の結合部位が変わることは比較的よくおこるエピジェネティクスの変化です。ChIP-Seq実験では興味のあるタンパク質が関連するDNA領域を包括的にとらえることができます。
がんエピジェネティクス >>

よくある疾患における遺伝子発現
Gene Expression in Common Disease

遺伝子発現とその制御の解析は、複雑な疾患で観察されるゲノム変化の生物学的な影響を明確にします。
遺伝子発現プロファイリングと制御 >>

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Sequencing Methods Review
シーケンス手法レビュー

ピアレビューされた論文からの、ChIP-Seqを含む様々なNGSライブラリー調製プロトコールを集約しています。

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Epigenome Roadmap
エピゲノムロードマップ

主にヒトの組織および細胞におけるエピゲノム全貌の特徴づけを説明した研究論文の数々です。

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Epigenome Blueprint
エピゲノムの設計図

健康および疾患のヒト細胞における遺伝子活性と抑制を理解するための100リファレンスエピゲノムを産出したコンソーシアムの努力です。

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ENCODE
ENCODE

ENCODEコンソーシアムはゲノムの関連するタンパク質の包括的なリストを構築し、ChIP-Seqデータの産出および解析の標準化を設定しました。

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