SWATH™アプリケーションとBaseSpace®の合体により、次世代プロテオミクスと次世代シーケンサーの統合が初めて実現
（当リリースは、Illumina Inc., が2014年10月2日付けで発表した英文プレスリリースを日本語に翻訳したものです。プレスリリースの正式言語は英語であり、その内容・解釈については英語が優先します）
フレーミングハム（MA）およびサンディエゴ（CA）－2014年10月2日‐AB SCIEXとイルミナ（NASDAQ：ILMN）は、SWATH™ベースの次世代プロテオミクス（NGP）ツールと次世代シーケンサーツールをクラウドコンピューティング環境でひとつにまとめる専属パートナーシップ、OneOmics™プロジェクトを本日発表しました。
AB SCIEXのアプリケーションであるSWATH™プロテオミクス・クラウドツールキットを、ゲノミクス解析の促進に特化したイルミナのアプリケーション・ストアでありクラウドベースのインフォマティクス・コミュニティであるBaseSpaceにホストします。このパートナーシップにより、ゲノミクスおよびプロテオミクスの「ビッグデータ」の単一ロケーションとしてBaseSpaceを使用できます。このソリューションは複雑なマルチオミクス・データセットの高速、安全、合理的な解析を可能にすることから、バイオマーカ発見の進展に役立ち、癌、糖尿病、アルツハイマー病、心疾患などの疾患の研究を支援します。
「AB SCIEXとイルミナのパートナーシップによるプロテオミクスとゲノミクスのデータ解析の統合はおおいに期待できるものです。このコラボレーションはコンピューティングの普及、アクセスの一般化およびデータ解析の標準化につながり、ライフサイエンス分野でシステムバイオロジーのプラットフォームを提供することになるでしょう」と、Institute for System Biology社長のLeroy Hoodは述べています。
従来の「ショットガン」プロテオミクスではタンパク質の測定が不完全となるため再現に困難がありましたが、AB SCIEXが特許権を有するSWATH™プロテオミクス・ソフトウェアはこのような「欠測データ問題」を解決します。SWATH™によりさまざまなサンプルについて再現性のあるプロテオーム研究が初めて実現可能となり、またSWATH™とイルミナのNGSテクノロジーが統合することでこの機能がさらに強化されます。
「弊社が特許を有する革新的なSWATH™ソフトウェアを使用することにより、測定方法の開発をほとんど必要とせず、数千のタンパク質を同時に調べることができます。弊社のクラウドベースのアプリケーションのユーザは、50倍の速度でデータを処理できます」と、AB SCIEX社長のRainer Blairは述べています。「OneOmics プロジェクトは、オミクス研究の成果を向上させることができるでしょう。プロテオミクスの質量分析データの処理、解析、視覚化を支援して生物学的洞察を抽出するために、4通りのSWATHアプリケーションを開発しました。」
NGPとNGSで得られるデータの量がこれまで以上に増え続けていることから、このパートナーシップでは大規模で複雑なデータセットの安全な保存、読み出しおよび管理を支援し、生物学的視点からこれらのデータセットを視覚化することで、生物医学的研究のボトルネックに対処します。チューリッヒにあるEHTの分子生物学研究所に所属するRuedi Aebersold教授（Ph.D.）は次のように述べています。「このプラットフォームを使用することで、研究者は予測可能で実行可能、かつ検証可能な疾患モデルをこれまでよりも短時間で効率的に作成できます。要するに、生物学的系のマルチレベル解析の焦点をウェットラボデータの取得からコンピューティング領域へと、大量のデータセットを世界的に共有できる領域へと移行させるということです。」
BaseSpaceアプリケーションはさらに増え続け、以下のようなAB SCIEXのSWATH™クラウドツールキットを使用することでSWATH™プロテオミクス質量分析データから生物学的洞察を抽出する道具として利用できます。
- Protein Expression Extractorを用いて質量分析の生データを処理し、
- Protein Expression Assemblerを用いてタンパク質フォールディングの変化を解析し、
- Protein Expression Browserを用いて生物学的視点から結果を視覚化し、
- Protein Expression Analyticsを用いてデータ品質のレビューを行ないます。
「このような新しいプロテオミクス・ツールによりBaseSpaceにシステムバイオロジー機能が追加され、より広範囲の応用を目的としてデータを高速で解析できる使い易いクラウドベースの環境が創り出されます」と、イルミナの企業開発担当上級副社長兼企業インフォマティクス部長のNicholas Naclerioは述べています。
「BaseSpaceは今、インフォマティクスを、生物学について本当の意味で学際的なシステムレベルの知見を求めているすべての人がアクセスできるものへと変えようとしています。」
ツールを提供する学術界や業界やオープンソースが発展を続けていますが、BaseSpaceアプリケーションによるインフォマティクス・ソリューションはこのようなコミュニティからのツールの利用を可能にします。www.basespace.comからBaseSpaceアプリケーションでAB SCIEXのSWATH™プロテオミクス・クラウドツールキットをご利用いただけます。
AB SCIEXについて
AB SCIEXは、科学者やラボ分析者たちが目の前にある複雑な分析上の難問から答を見つけ出すのを可能にすることで、私たちが暮らす世界の向上に寄与しています。液体クロマトグラフィー質量分析業界における世界的リーダーシップと世界レベルのサービスやサポートを提供しているAB SCIEXは、基礎研究、創薬・医薬品開発、食品・環境検査、法医学および臨床研究に携わる世界中の多数の科学者やラボ分析者たちに信頼できるパートナーとして認められています。25年以上にわたる技術革新の実績を持つAB SCIEXは、たえず進化し続ける顧客のニーズに耳を傾けて理解した上で、ルーチン分析や複雑な分析の中で達成できることをどんどん刷新して行く、信頼性できる高感度で直感的なソリューションを開発することに秀でています。詳しい情報については、www.absciex.comをご覧ください。
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AB SCIEXの機器は研究専用です。診断には使用しないでください。
ここに示した商標はAB SCIEX、イルミナまたは各製品の所有者の所有物です。AB SCIEX™の名称は許可を得て使用しています。© 2014 AB SCIEX.
イルミナについて
イルミナ（www.illumina.com）は、遺伝子多型や遺伝子機能の大規模解析を行うためのライフサイエンスツールおよび包括的システムの開発、製造、販売を行っている主要企業です。当社は ジェノタイピング、コピー数多型解析、メチル化研究、遺伝子発現プロファイリングのほか、DNA、RNA、タンパク質の低マルチプレックス解析を行うための革新的なシーケンシングソリューションおよびアレイベースソリューションを提供しています。このほか、ゲノム科学や診断学の発展を促すツールやサービスを提供しています。当社のテクノロジーや製品は遺伝子解析研究やその応用を加速させ、分子医学への道を切り開き、最終的には医療を変革しています。
出典：イルミナ･インク
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