2021年7月27日
「先月、パンデミックが始まって以来最大のCOVID感染者数がありました」と、Biomédicos de MéridaのメディカルディレクターであるAdrian Alejandro Ceballos López博士は述べています。Biomédicosは、メキシコ南部の極度の経済格差を特徴とする領域で、臨床アプリケーションにシーケンスを採用した唯一のラボです。しかし、今月、新しいイルミナCOVIDSeq−(* Assayが発売されるまで、彼らはSARS-CoV-2ウイルスのシーケンスをまだ行っていませんでした。Biomédicosは、世界で初めて96サンプルアッセイを使用した顧客の1つです。キットの受領から数日以内に、21のサンプルのシーケンスを行い、この地域で15のガンマと3つのアルファバリアントを発見しました。
ユカタン州には、米国やカナダの退職者や、メリダや近隣のカンクンを訪れる観光客が多数います。Ceballos Lópezは、観光客が変異体を持ち込んでいるかどうか疑問に思っています。この地域にアルファまたはデルタのバリアントがある可能性が高いと感じました。現在、メキシコでは入国に必要なCOVID検査はありません。マスクの着用も必須です。これでSARS-CoV-2のシーケンスが可能になり、感染源を特定できるようになります。
私たちの高齢者集団はすでに完全なワクチン接種を受けていますが、40～60歳の人は初回接種のみを受けています。ウイルスの拡散が容易なため、シーケンスが必要です。
Biomédicosは、その地域でSARS-CoV-2を検出するためにシーケンスを開始することに熱心でした。このラボは、ユカタン、チアパス、タバスコ、カンペチェ、キンタナルーなどのメキシコ南東部の先端部でサービスを提供しています。また、近隣のベリーズにもサービスを提供しています。
Ceballos Lópezは、2020年後半にIllumina MiSeq−(* for Hematology-Oncologyを購入し、小規模ラボがサーベイランスに参加 できる新しいCOVIDSeq−(* Assay を使用することを嬉しく思っています。COVIDSeq Assayキットは、MiSeq−(*、MiniSeq−(*、およびiSeq−(* 100システムでシーケンスするために最大96のサンプル調製用の試薬を提供します。これはNovaSeq−(* 6000の3,072サンプル、またはNextSeq−(* 500/550/550Dx/2000の384サンプルよりも管理しやすい代替品です。
臨床的意義のあるバリアントを同定でき、新しいバリアントも同定できるかもしれないとCeballos López氏は述べています。
現在、世界中で 1億9,100万件以上のCOVID-19症例 が報告されています。多くの国では、公衆衛生管理をサポートするために、陽性症例のシーケンスと変異の報告を行っています。しかし、既存のゲノムデータのほとんどは、ラボがハイスループットのサンプル処理を行える大規模なゲノムセンターから来ており、ハイスループットシーケンサーに投資するリソースが限られている国では、COVIDサーベイランスネットワークへの提出が少なくなっています。
COVIDSeq Assayは、低スループットおよび中スループットのラボに、小規模の分散型サーベイランスへのアクセスを提供し、公衆衛生機関がCOVID-19パンデミックを管理するのに役立つウイルスバリアントのシーケンスと同定を可能にします。ウイルスを制御しようとする世界的な取り組みには、新たに出現したバリアントや蔓延したバリアントの検出に対するサーベイランスの強化が不可欠です。
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