2021年7月27日
「先月、パンデミックが始まって以来最大のCOVID感染者数がありました」と、Biomédicos de MéridaのメディカルディレクターであるAdrian Alejandro Ceballos López博士は述べています。Biomédicosは、メキシコ南部の極度の経済格差を特徴とする領域で、臨床アプリケーションにシーケンスを採用した唯一のラボです。しかし、今月、新しいイルミナCOVIDSeq−(* Assayが発売されるまで、彼らはSARS-CoV-2ウイルスのシーケンスをまだ行っていませんでした。Biomédicosは、世界で初めて96サンプルアッセイを使用した顧客の1つです。キットを受け取ってから日以内に、21のサンプルのシーケンスを行い、この地域で15のガンマと3つのアルファバリアントを発見しました。
ユカタン州には、米国とカナダの退職者や、メリダや近隣のカンクンを訪れる観光客が数多くいます。Ceballos Lópezは、観光客がバリアントを持ち込んでいるかどうか疑問に思っています。この地域にはアルファまたはデルタのバリアントがある可能性が高いと感じました。現在、メキシコでは入国に必要なCOVID検査はありません。マスクの着用も必須です。これでSARS-CoV-2のシーケンスが可能になり、ソースを特定できるようになりました。
私たちの高齢者集団はすでに完全なワクチン接種を受けていますが、40～60歳の人は初回接種のみを受けています。ウイルスの拡散が容易なため、シーケンスが必要です。
Biomédicosは、その地域でSARS-CoV-2を検出するためにシーケンスを開始することに熱心でした。このラボは、ユカタン、チアパス、タバスコ、カンペチェ、キンタナルーなどのメキシコ南東部の先端にサービスを提供しています。また、近隣のベリーズにもサービスを提供しています。
2020年後半に血液腫瘍学 用のイルミナ MiSeq−(*を購入したCeballos Lópezは、小規模ラボ がサーベイランスに参加できる新しいCOVIDSeq−(* Assayを使用することに興奮しています。COVIDSeq Assayキットは、MiSeq−(*、MiniSeq−(*、およびiSeq−(* 100システムでシーケンスするために最大96のサンプル調製用の試薬を提供します。これはNovaSeq−(* 6000では3,072のサンプル、NextSeq−(* 500/550/550Dx/2000では384のサンプルに取って代わる管理しやすい代替品です。
臨床的意義のあるバリアントを同定でき、おそらく新しいバリアントを同定できるでしょう、とCeballos López氏は述べています。
現在、世界中で 1億9,100万件以上のCOVID-19症例 が報告されています。多くの国では、公衆衛生管理をサポートするために、陽性症例のシーケンスと変異の報告を行っています。しかし、既存のゲノムデータのほとんどは、ラボがハイスループットのサンプル処理を行える大規模なゲノムセンターから来ており、ハイスループットシーケンサーに投資するリソースが限られている国では、COVIDサーベイランスネットワークへの提出が少なくなっています。
COVIDSeq Assayは、低スループットおよび中スループットのラボに、小規模の分散型サーベイランスへのアクセスを提供し、公衆衛生機関がCOVID-19パンデミックを管理するのに役立つウイルスバリアントのシーケンスと同定を可能にします。新興変異や蔓延した変異の検出に対するサーベイランスの強化は、ウイルスを制御するための世界的な取り組みにとって不可欠です。
MiSeq、MiniSeq、iSeq 100システム用の新しい96サンプルCOVIDSeq Assayの詳細については、 ここをクリックしてください。
NovaSeq 6000およびNextSeq 500/550/550Dx/2000のCOVIDSeqの詳細については、 ここをクリックしてください。
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