2015年5月14日
エボラウイルスの感染を阻止する取り組みは、臨床医、公衆衛生エンジニア、疫学者など、幅広い専門家からのインプットを必要としていました。しかし、エボラウイルスを軌道に乗せて阻止するには、最も基本的なレベルでウイルスを理解する必要があります。研究者たちは現在、イルミナのHiSeqシステムやMiSeqシステムなどの次世代シーケンサー（NGS）プラットフォームを使用して、ウイルスの遺伝構造を理解しています。ウイルスに感染した人から採取したサンプルのディープシーケンスにより、迅速な変異率など、多くの秘密が明らかになりました。
ハーバード大学のコンピューター遺伝学者であるPardis Sabeti博士と、ハーバード公衆衛生大学院の感染症客員教授であり、ナイジェリアのオサン州イード市にあるRedeemer’s University for Genomics of Infectious Diseases（ACEGID）のアフリカンセンターオブエクセレンスのディレクターであるChristian Happi博士は、この1年間の大半をHiSeqシステムを使用して、このウイルスがどのように拡散し、時間とともに変化するかを把握してきました。
その結果、エボラは2004年に中央アフリカと東アフリカの歴史的な家から西アフリカに初めて移住しました。ウイルスがヒトからヒトに移動し、同じ宿主内で増殖したとしても、相当な遺伝的変異がありました。
“1つのコンセンサスウイルスシーケンスではなく、個人で変異したウイルスの何千もの異なる遺伝子スナップショットを発見しました”とSabeti博士は述べました。
また、このウイルス株は、動物の貯留槽からヒトに1回しか飛び出さない可能性も示しましたが、1回の漏出によりヒトからヒトへの伝播の連鎖が持続することが明らかになりました。2014年10月、別のサイエンティストグループがエボラの伝染チェーンをギニアの幼児まで追跡しました。
もし、これらの感染拡大がそれぞれ独立しており、遺伝的に関連しておらず、同じ進化樹に由来するものであったとしたら、自然の貯水池と環境からのさまざまな侵入の結果とは異なる感染であると考えていたかもしれません。しかし、これらの感染拡大は時間的に密接に関連しており、接触者追跡はそのことを裏付けています。これは、1つの長いウイルス感染チェーンにおける単一の事象であることが示唆されました。
これらの結果から、疾患の蔓延を予防するための接触者追跡の重要性が確認されました。ウイルスは継続的に環境から再導入されていないため、疫学者は、人々がウイルスを相互に感染させないようにできれば、感染拡大を阻止できることを知っていました。
