2017年4月18日
昨年Go Mini Scientific Challengeに優勝して以来、PhDのMatia Prosperi博士は、フロリダ大学公衆衛生学部および医学部の疫学科の准教授として、多忙な経験を積んできました。彼のMINIクーパーは、大学のHealthStreetコミュニティエンゲージメントプログラムで使用され、Prosperi氏と彼のチームは、スプラットロジー（車に飛び散るバグの収集）と従来のバグ収集手法を使用して、フロリダにおける蚊が媒介するウイルスの蔓延を追跡しています。Prosperi博士の研究と最近の研究結果について、さらに詳しく知るために、Dr. Prosperiに連絡を取りました。
あなたの研究について教えてください。
私たちは、昆虫のDNAをシーケンスして、ジカウイルス、デングウイルス、チクングニアウイルスなどの疾患のRNAシグネチャーを同定できることを知っています。この研究では、スプラトロジーやその他の収集方法を用いてフロリダ州のいくつかの地域からシーケンスする蚊のサンプルを収集しました。フロリダ大学の准教授であるVolker Mai博士、博士号、博士号、博士号を持つ学生のJae S. Min博士、ラボマネージャーのMaria Ukhanova博士の協力を得て、MiniSeq TMシステムを使用して蚊からRNAをシーケンスしました。また、実験室で育った蚊や、以前は対照薬としてジカウイルスに陽性であった蚊についても研究しました。
私の経歴は、疫学データを理解するために計算ツールを使用することです。サンプルのデータを解析するだけでなく、感染症の蔓延を検出する手段として蚊の研究に同様のアプローチを取っている他の地域の他の機関の研究者の結果も比較しました。今後数か月で、学習したことを詳述した論文を公開したいと考えています。
Splatologyは、この種の研究を行うための新しい概念です。昆虫を捕集して研究する方法として機能させる上で、何か課題がありましたか？ どのように解決しましたか？
原則として実現可能ですが、スプラッティングされたバグの収集と分類は、この種の研究を行う最も効果的な方法ではありません。正確な場所は郵便番号または郡レベルでのみ可能な場合があります。場合によっては、処理前にサンプルを冷凍庫で保存する必要があります。また、バイオセーフティー規制にも従う必要があります（準拠したプロトコルを書いて、ガバナンス機関から承認を得るのは時間がかかる場合がありますが、それが必要です）。この方法で採取しましたが、HealthStreet旅行でMINI Cooperが到達可能な場所にトラップを設置する、蚊管理区域と協力してサンプルを入手する、UF昆虫学ラボからその他のサンプルを入手するなど、他の手段で蚊のサンプルを採取することが望ましいと考えました。
この研究でMiniSeqシステムを使用することはどのようなことですか？
これまでHiSeq®およびMiSeq®システムの使用経験があったため、学習曲線は迅速でした。MiniSeqシステムは、小規模から中規模のプロジェクトに適した費用対効果の高い機械だと思います。スループットはMiSeqシステムよりも小さくなりますが、慎重に設計されたプロトコールにより、多くのシーケンスを行うことができます。
MiniSeqシステムの次のステップは何ですか？
UF Emerging Pathogens Instituteでは、MiniSeqシステム貴重なリソースとなる次世代シーケンスプロジェクトがいくつか実施されています。これには、Mai博士が最近発見した新しい細菌株の特性解析や、昆虫が拡散する他の疾患の全ゲノムシーケンスが含まれます。
写真クレジット：Mindy C. Miller
