フローセルタイプ | P1 | P2 | P3 † |
---|---|---|---|
1 × 50 bp | 60 Gb | ||
2 × 50 bp | 10 Gb | 40 Gb | 120 Gb |
2 × 100 bp | 80 Gb | 240 Gb | |
2 × 150 bp | 30 Gb | 120 Gb | 360 Gb |
2 × 300 bp | 60 Gb | 180 Gb (3億) |
* サポートされるクラスター密度でイルミナPhiXコントロールライブラリーを用いたときの、1フローセルあたり出力仕様。
† P3試薬はNextSeq 2000システムでのみ使用できます。
アイテム | 保管温度 | 有効期間 |
---|---|---|
カートリッジ | -25°C~-15°C | 6カ月 |
フローセル | 2°C~8°C | 6カ月 |
RSB with Tween 20* | 2°C~8°C | 6カ月 |
* 室温で発送
フローセルタイプ | P1 | P2 | P3 * |
---|---|---|---|
シングルエンドリード | 1億 | 4億† | 12億 |
ペアエンドリード | 2億 | 8億‡ | 24億 |
* P3試薬はNextSeq 2000システムでのみ利用できます。
† 2 × 300 bpで3億のシングルエンドリード。
‡ 2 × 300 bpで6億のペアエンドリード。
フローセルタイプ | P1 | P2 | P3 ‡ |
---|---|---|---|
クオリティスコア | |||
1 × 50 bp | 1 × 50 bpでは、Q30を超える塩基が90%以上 | ||
2 × 50 bp | 2 × 50 bpでは、Q30を超える塩基が90%以上 | ||
2 × 100 bp | 2 × 100 bpでは、Q30を超える塩基が85%以上 | ||
2 × 150 bp | 2 × 150 bpでは、Q30を超える塩基が85%以上 | ||
2 × 300 bp | 2 × 300 bpでは、Q30を超える塩基が80%以上 | ||
ランタイム | |||
1 × 50 bp | 約11時間 | ||
2 × 50 bp | 約10時間 | 約13時間 | 約19時間 |
2 × 100 bp | 約21時間 | 約33時間 | |
2 × 150 bp | 約19時間 | 約29時間 | 約48時間 |
2 × 300 bp | 約34時間 | 約44時間 |
* クオリティスコア(Q-score)とは、ベースコールにおけるエラー確率の予測指標です。Q30以上の割合はラン全体の平均値を示します。クオリティスコアは、NextSeq 1000および2000システムでイルミナのPhiXコントロールライブラリーを使用し、NextSeq試薬キットでランをした結果に基いています。パフォーマンスはライブラリーの種類やクオリティ、インサートサイズ、ローディング濃度およびその他の実験要因に応じて変わることがあります。
† ランタイムには、NextSeq 1000またはNextSeq 2000システムでのクラスター形成、シーケンス、およびベースコーリングが含まれます。
‡ P3試薬はNextSeq 2000システムでのみ使用できます。
フローセルタイプ | P1 | P2 | P3 † |
---|---|---|---|
小規模全ゲノムシーケンス (300サイクル) 130 Mbゲノム、30xを超えるカバレッジ |
~7 | ~30 | ~90 |
小規模全ゲノムシーケンス (600サイクル) 130 Mbゲノム、30xを超えるカバレッジ |
~15 | ~45 | ~ |
全エクソームシーケンス(200サイクル) 50×の平均ターゲットカバレッジ、20×のターゲットカバレッジは90% |
~4‡ | ~16 | ~48 |
トータルRNA-Seq(200サイクル)§ サンプルあたり5000万リードペア |
~2‡ | ~8 | ~24 |
mRNA-Seq(200サイクル)§ サンプルあたり2500万リードペア |
~4‡ | ~16 | ~48 |
シングルセルRNA-Seq(100サイクル)** 5000セル、2万リード/セル |
1†† | ~4 | ~11 |
miRNA-Seqまたはsmall RNA解析(50サイクル) 1100万リード/サンプル |
~9‡‡ | 36§§ | ~108 |
16S RNAシーケンス(600サイクル) | ~384*** | ~384*** | ~ |
* 表の値は、ランあたりのサンプル数の目安を表します。
† P3試薬はNextSeq 2000システムでのみ使用できます。
‡ P1 300サイクルキットを使用します。
§ 推奨されるリード長は、Illumina Stranded Total RNA PrepおよびIllumina Stranded mRNA Prepでは2 × 75 bp、Illumina RNA Prep with Enrichmentでは2 × 100 bpです。
** 推奨されるシーケンス深度は、サンプルの種類と実験の目的によって大きく異なり、それぞれ研究で最適化する必要があります。
†† P1試薬は、シングルセルの品質管理試験に適したオプションです。
‡‡P1 100サイクルキットを使用します。
§§ P2 100サイクルキットを使用します。
*** イルミナでは、最大384のユニークデュアルインデックスを利用できます。
NextSeq 1000およびNextSeq 2000シーケンスシステムのカートリッジは、試薬、流路系、廃液ホルダーが一体化されています。そのため、ライブラリーのローディングと装置の操作は簡単で、まず試薬カートリッジを融解してから、フローセルをカートリッジに挿入し、ライブラリーをカートリッジにローディングします。あとはそのカートリッジを装置にセットするだけです。
この高密度のフローセルを最大限に活用するため、NextSeq 1000およびNextSeq 2000シーケンスシステムにはまったく新しい超高解像度の光学システムが搭載されています。そのため、従来のベンチトップ型システムより解像度と感度の高い非常に精確なイメージングデータが得られます。この小型化により、NextSeq 550システムと同レベルの高いデータ品質基準を維持したまま、さまざまな出力量に対応できる適応性が生まれました。
この高密度のフローセルを最大限に活用するため、NextSeq 1000およびNextSeq 2000シーケンスシステムにはまったく新しい超高解像度の光学システムが搭載されています。そのため、従来のベンチトップ型システムより解像度と感度が高い非常に精確なイメージングデータが得られます。この小型化により、NextSeq 550システムと同レベルの高いデータ品質基準を維持したまま、さまざまな出力量に対応できる適応性が生まれました。
NextSeq 1000および2000システムでは、実績あるSequencing by Synthesis(SBS)テクノロジーを採用しているため、傑出した高品質かつ高精度なデータが得られます。SBSは、イルミナのすべてのシーケンスプラットフォームで採用されている実績のあるテクノロジーです。このテクノロジーは、独自の蛍光標識可逆的ターミネーター法を用いて、超並列シーケンスをサポートします。
NextSeq 1000および2000システムは、革新的なパターン化フローセル技術を採用しており、多様なシーケンスアプリケーションに卓越したレベルのスループットを提供します。パターンフローセルでは数十億ものナノウェルが固定された位置に存在するため、クラスター間隔が調整できます。これにより、シーケンスリード数と総アウトプットを飛躍的に向上させることができました。
ロスレスゲノム圧縮は、NextSeq 1000およびNextSeq 2000シーケンスシステムを搭載した装置で利用できます。この技術では、超高速マッピングスキームを使用して、読み取り値をリファレンスゲノムにマップし、それらの読み取り値の再現に必要なデータのみ(位置、差分リスト)を保存します。