NGSを使ったHLA遺伝子の効率的で高品質な解析

HLAタイピングをより明瞭に

NGSによるHLA解析の利点

ヒト白血球抗原(HLA)は、ゲノムの中で最も高度な多型性を示す領域です。HLA遺伝子は、移植拒絶反応、自己免疫疾患、ワクチン薬理ゲノミクス(vaccinomics)、がん、および配偶者選択と大きく関連しています。

HLA遺伝子の徹底的な特性解析はこれまでにも試みられてきましたが、高密度な変異性と遺伝子および偽遺伝子間の配列相同性により非常に困難であることが知られています。イルミナの1塩基合成(SBS)ケミストリーを使った次世代シーケンス(NGS)では、この課題を克服し、重要なHLA遺伝子のシンプルで高品質な解析を実現します。

プレースホルダー

原則的には、NGSはサンガー(CE)シーケンスに似ています。DNA断片がDNAテンプレート鎖から再合成されると同時に、各断片から放出されるシグナルに基づいて塩基が順番に同定されます。NGSはこのプロセスが大規模になったもので、CEのように1個または数個のDNA断片でこの反応を行うのではなく、何百万もの反応を大量に並行して行います。この進歩により、長いDNA鎖のシーケンスを迅速に行うことができるようになり、最新の装置では数千億塩基のデータを1回のシーケンスランで得ることができます。

マルチプレックスにより、多数の遺伝子座のシーケンスを1回で同時に行うことができます。このようなシーケンスを行うには、個別の「バーコード」配列を各遺伝子座に付加して、HLAデータ解析中に区別できるようにします。

イルミナのNGS技術は、ペアエンドシーケンスをサポートします。ペアエンドシーケンスは、明瞭なHLAタイピングを成功させるうえで極めて重要な独自の機能です。ライブラリーのDNA断片の末端をシーケンスすると、高品質のベースコールが得られます。この2つのリード(クローン増幅した同じライブラリーDNA断片に由来)は物理的に結合しているため、各リードペアについて多型との関連を評価できます。ライブラリーの断片生成プロセスはランダムに生じることから、ペアリード間の距離はさまざまです。これにより、2つの多型のフェージングを直接決定することができます。

TruSight HLAパネルとMiSeqシステムを使うことで、1回のアッセイ、1つのワークフロー、1つの装置で、多数のサンプルに対して同時に、11の遺伝子座に関して明瞭なフェージングとサンプルからレポート作成までのHLAタイピングを行うことができます。すべての遺伝子座についてサンプルごとに不明瞭さを軽減する作業を行っていた時代は終わります。TruSight HLAパネルによって、初めて超高解像度タイピングの結果が得られるようになります。

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TruSight HLAシーケンスパネル

TruSight HLAシーケンスソリューションでは、効率的で経済的な高品質・高解像度HLAタイピングを提供します。

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NGS初心者によるHLAタイピング

HLAタイピングのためのイルミナ次世代シーケンスの入門書

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免疫学研究概説

イルミナのテクノロジーを使用した最新の免疫学論文を概説しています。

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