DRAGEN二次解析オンプレミスサーバー

ロバストな信頼できるオンプレミスソリューションで解析性能を最大化

包括的で効率的なローカル二次解析

DRAGENサーバーは、従来のCPUベースのシステムと比較して、わずかな時間で非常に正確で包括的な二次解析を実行するオンプレミスソリューションです。

FPGA(フィールドプログラマブルゲートアレイ)テクノロジーにより、BCL変換、マッピングとアライメント、ソート、重複マーキング、ハプロタイプバリアントコーリングなどのゲノム解析アルゴリズムが加速します。

最適化されたソフトウェアアルゴリズムを用いて設計されたDRAGENパイプラインは、機能性、精度、および速度を向上させるために改善を続けており、長い計算時間や膨大なデータ量などの一般的なNGS解析の課題に対処します。

Illumina DRAGEN server

DRAGENオンプレミスサーバーの特長

正確で包括的

  • Precision FDA Truth Challenge V2ベンチマークデータを使用し、99.89%の精度を実現します。1
  • 最大30の従来のオープンソースツールを置き換え、幅広い実験タイプをサポートします。2,3
  • PrimateAI-3D、SpliceAI、COSMIC、OMIMなどの17個の主要データベースを統合したIllumina Connected Annotationsを使用した、包括的なゲノムバリアントの洞察。

セキュリティを自分で管理するローカル解析

  • 定期的な更新機能を備えた信頼できるローカルソリューションで、安全かつ高品質の解析を実現する。
  • 最先端のセキュリティソリューションが内蔵データを保護する。*
  • ネットワークアタッチストレージを介して複数のシーケンサーをサポートし、ネットワーク接続が不十分な地域やオフライン環境でも信頼性の高いアクセスを保証する。

ハードウェアアクセラレーションによって、効率性を実現

  • DRAGENサーバーは、FPGAアーキテクチャによる超高速処理を実現し、迅速なターンアラウンドタイムを可能にします(例えば、40倍のカバレッジでバリアントコーリングを行う場合、約26分)。4
  • DRAGEN ORA可逆圧縮により、FASTQファイルサイズを1/5に縮小します。
  • エネルギー効率に優れ、30回の全ゲノムシーケンス(WGS)ランの二次解析に使用される電力は、0.12 kWh未満です。5

* ハードウェアベースのキー保護を備えたフルディスク暗号化を使用しています。

DRAGENサーバーでシーケンスワークフローを最適化

さまざまなタイプのラボが、運用効率のスケールまたは改善を目指してDRAGENサーバーを統合する選択をしています。このオンプレミスのワークフローの例では、装置の接続、オプションのワークフロースケジューラー、解析、および解釈の概要を解説します。

1
ライブラリー調製

WGS、WESおよびパネルなどの幅広いアプリケーションに対応する高性能ライブラリー調製キットで、ライブラリーを調製します。

2
シーケンシング

イルミナのシーケンスプラットフォームを使用したシーケンスライブラリー。

3
二次解析

DRAGEN二次解析では、全ゲノム、エクソーム、メチローム、トランスクリプトームを解析できます。

4
三次解析

仕様

DRAGEN server specifications

DRAGENサーバー仕様

  • CPU
    Dual Intel Xeon Gold 6226R 2.9GHz、16C / 32T
  • システムメモリー
    512 GB DDR4
  • スクラッチドライブ
    2 x 7.68 TB NVMe U.2 SSD
  • OSドライブ
    2 x 480 GB SSD (RAID 1)
  • ハードウェアアクセラレーション
    1x FPGAカード
  • フォームファクター
    2U
  • 寸法

    幅×奥行×高さ
    43.8 cm × 76.4 cm × 8.8 cm

    (17.2インチ×29.9インチ×3.5インチ)
サムネール

簡単な設置とセキュリティ保護

標準2Uフォームファクターは、装置の設置が容易になるように設計されており、業界標準のサーバーラックとの互換性もあります。スタンドアロンのローカルDRAGENサーバーを使用すると、セキュリティと施設のポリシーへの準拠を優先できます。ネットワークアタッチストレージを介して複数のシーケンサーからのデータもサポートします。

よくある質問

DRAGENサーバーにはDRAGENソフトウェアが付属しています。ただし、初期セットアップ中に、最新バージョンのDRAGENソフトウェアに更新することをお勧めします。最新バージョンはhttps://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/dragen-bio-it-platform/downloads.htmlから入手可能です。

各DRAGENサーバーには、二次解析を実行するソフトウェアの年間ライセンスが必要です。スループットと解析するデータ量に応じてオプションをご用意しています。DRAGENサーバー、100,000 GBのスループットを1年間維持するためのレベル1ライセンスから始まります。

はい、DRAGENサーバーはオフラインで実行できます。場合によっては、ソフトウェアアップデートファイルとDRAGENソフトウェアライセンスファイルを別のコンピューターからダウンロードしてインストールし、ローカルのサーバーにロードする必要があります。

できる限り、サンプルデータはDRAGENサーバーに保存しないでください。これはコンピューティングノードです。ネットワークアタッチストレージの取り付けを推奨します。DRAGENサーバーは、ストレージ取り付けに、NFSおよびCIFSプロトコールをサポートしています。

はい、ジョブスケジューリングソフトウェア(例:SLURM)を更新して、DRAGEN二次解析を含めることができます。

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その他の情報

DRAGEN二次解析を注文

DRAGEN二次解析でゲノムの洞察を最大化します。最新情報、よくある質問、製品サポートをご覧ください。

DRAGEN導入オプション

研究者がオンプレミスサーバー、クラウド、または装置を介して、DRAGEN解析にアクセスすることを可能にする柔軟な構成についてご覧ください。

主要なDRAGENアプリと可用性

DRAGENアプリは、WGS、RNA-seq、エクソーム/エンリッチメント、アンプリコン、16Sメタゲノムなど、幅広いNGSメソッドに対応します。

すべてのバイオインフォマティクスソフトウェア製品

当社の親しみやすくカスタマイズ可能なバイオインフォマティクスソフトウェアソリューションは、お客様のデータニーズを満たすために、シーケンサーの深い統合と効率的なスケーリングを実現するように構築されています。

詳細またはお問い合わせ

DRAGEN解析機能の詳細、注文方法、製品ドキュメントの検索についての詳細をご覧ください。製品に関するお問い合わせにもお答えいたします。

参考文献

  1. Illumina. DRAGENがPrecisionFDAベンチマークデータのデータ精度に新たなスタンダードをもたらす。イルミナの機械学習とDRAGENグラフを用いてバリアントコーリングの性能を最適化。illumina.com/science/genomics-research/articles/dragen-shines-again-precisionfda-truth-challenge-v2.html. 2023年3月22日にアクセス。
  2. Behera, S., Catreux, S., Rossi, M. et al. Comprehensive genome analysis and variant detection at scale using DRAGEN. Nat Biotechnol (2024). https://doi.org/10.1038/s41587-024-02382-1
  3. Mehio R, Ruehle M, Catreux S, et al. DRAGEN wins at PrecisionFDA Truth Challenge V2 showcase accuracy gains from alt-aware mapping and graph reference genomes. Illumina website. illumina.com/science/genomics-research/articles/dragen-wins-precisionfda-challenge-accuracy-gains.html. Published November 9, 2020. Accessed July 11, 2024.
  4. 社内データ Illumina, Inc., 2022.
  5. Illumina data on file, without new specialized callers like MRJD and VNTR available in DRAGEN v4.3(DRAGEN v4.3では、MRJDやVNTRなどの新しい特殊なコール機能を使用せずに、イルミナデータをファイルに保存)
  6. Illumina. Inside DRAGEN and what enables efficient secondary analysis at scale.(DRAGENの内部と、大規模で効率的な二次解析を可能にするもの。)illumina.com/science/genomics-research/articles/secondary-analysis-at-scale.html