Aba-Seq
Aba-Seq
Aba-seqは、5hmCメチロームの高解像度マッピングの手法で、低占有領域で5hmCの高感度検出を提供します。この方法は、5mCおよびCと比較して高い特異性でグルコシル化5hmC5mCを認識する制限酵素AbaSIのユニークな特性に依存しています。単一細胞変異であるscAba-seqも利用できます1。関連する方法では、PvuRts1Iを使用してAbaSI 2のシーケンスバイアスを克服します。
長所：
- シングル塩基分解能でゲノム全体のCpGメチル化と非CpGメチル化をカバー
- 密度の高いリピート領域と密度の低いリピート領域で5mCをカバー
- 5mCと5hmCを明確に区別
短所：
- 曖昧さは、Aba-seqアッセイ3で切断された分子の13%に存在する可能性があります
- AbaSI活動におけるシーケンスバイアス4
- Aba-Seq：Sun Z., Terragni J., Borgaro J. G., Liu Y., Yu L., et al. （2013）マウス胚性幹細胞におけるゲノム5-ヒドロキシメチルシトシンの高解像度酵素マッピング。セルレップ3：567-576
- 1. Mooijman D., Dey S. S., Boisset J. C., Crosetto N. and van Oudenaarden A. Single-cell 5hmCシーケンスは、染色体ワイドな細胞間変動を明らかにし、系統の再構築を可能にします。Nat Biotechnol. 2016;34:852-856
- 2. Sun Z., Dai N., Borgaro J. G., et al. ゲノムワイドな5-ヒドロキシメチルシトシンと5-ホルミルシトシンを単一塩基分解能でマッピングする高感度アプローチ。モルセル。2015;57:750-761
- 3. Serandour A. A., Avner S., Mahe E. A., et al. 化学標識とエキソヌクレアーゼ消化による5-ヒドロキシメチルシトシンのシングルCpG分解能マッピングは、進化的に未保存のCpGをTETターゲットとして同定します。ゲノムバイオル。2016;17:56
- 4. Sun Z., Dai N., Borgaro J. G., et al. ゲノムワイドな5-ヒドロキシメチルシトシンと5-ホルミルシトシンを単一塩基分解能でマッピングする高感度アプローチ。モルセル。2015;57:750-761