ドロップシーケンス
ドロップシーケンス
メソッドカテゴリー：トランスクリプトーム>RNA低レベル検出
説明： Drop-Seqは、個々の細胞の液滴からのmRNA転写物を非常に平行に解析します。このシングルセルシーケンス法では、マイクロ流体デバイスを使用して、シングルセル、溶解バッファー、バーコード付きプライマーで覆われたマイクロビーズを含む液滴をコンパートメント化します。各プライマーには、1）mRNAに結合する30 bpのオリゴ（dT）シーケンス、2）各mRNA鎖を一意に識別する8 bpの分子インデックス、3）各細胞に固有の12 bpのバーコード、4）すべてのビーズで同一のユニバーサルシーケンスが含まれます。コンパートメント化後、液滴内の細胞が溶解され、放出されたmRNAがプライマービーズのオリゴ（dT）管にハイブリダイズします。次に、すべての液滴がプールされ、破損してビーズが放出されます。ビーズを単離した後、テンプレート交換により逆転写します。これにより、ユニバーサルシーケンスの代わりにPCRプライマーシーケンスで最初のcDNA鎖が生成されます。cDNAはPCR増幅され、シーケンスアダプターはNextera XT Library Preparation Kitを使用して追加されます。バーコード化されたmRNAサンプルはシーケンスの準備ができました。
同様の方法：CEL-Seq、Quartz-Seq、MARS-Seq、CytoSeq、inDrop、Hi-SCL。
長所：
- シングルセルのシーケンスを非常に平行に解析
- 独自の分子および細胞バーコードにより、細胞および遺伝子に特異的なmRNA鎖の同定が可能
- テンプレートスイッチングPCRによる逆転写により、単一細胞から高収率のリードを生成
- 低コスト - 1セルあたり0.07ドル（10,000セルあたり653ドル）、高速ライブラリー調製（1日あたり10,000セル）
短所：
- 液滴分離を実行するためにカスタムマイクロ流体デバイスが必要
- 他のscRNA-Seq法と比較して低い細胞あたりの遺伝子感度1
- mRNA転写産物に限定
関連コンテンツ：
関連出版物：
- Bowen J. R.、Ferris M. T.、Susar M. S. Systemsの生物学：抗ウイルスランドスケープをグラフ化するツール。ウイルス耐性 2016年
- Chaitankar V., Karakulah G., Ratnapriya R., Giuste F. O., Brooks M. J. and Swaroop A. 次世代シーケンス技術とゲノムワイドデータ解析：網膜研究の視点。Retin Eye Resをプログラムする 2016年
- Zhao Q.-Y.、Gratten J.、Restuadi R.、Li X.のマッピングとモデル生物のショートリードRNA-Seqデータからの差動発現解析。定量的生物学。2016;4:22-35
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