HiSeq 3000/HiSeq 4000システムは製造中止となりました。当社は、2023年2月28日（HiSeq 3000システムの場合）または2024年3月31日（HiSeq 4000システムの場合）まで、装置の完全なサポートと試薬の供給を継続します。代替装置を見つけるには、Sequencing Platform Comparison Toolの使用をお勧めします。
HiSeq 3000/HiSeq 4000の仕様
パフォーマンスパラメーター
| HiSeq 3000システム | HiSeq 4000システム | |
|---|---|---|
| ランあたりのフローセル数 | 1 | 1または2 |
| データ収量 - 2 × 150 bp | 650～750 Gb | 1300～1500 Gb |
| データ収量 - 2 × 75 bp | 325～375 Gb | 650～750 Gb |
| データ収量 - 1 × 50 bp | 105～125 Gb | 210～250 Gb |
| フィルターを通過するクラスター（フローセルあたり8レーン） | 最大25億のシングルリードまたは5B億のペアエンドリード | 最大5Bシングルリードまたは10B PEリード |
| クオリティスコア - 2 × 50 bp | Q30を超える≥ 85%塩基 | Q30を超える≥ 85%塩基 |
| クオリティスコア - 2 × 75 bp | Q30を超える≥ 80%塩基 | Q30を超える≥ 80%塩基 |
| クオリティスコア - 2 × 150 bp | Q30を超える≥ 75%塩基 | Q30を超える≥ 75%塩基 |
| 毎日のスループット | > 200 Gb | > 400 Gb |
| ランタイム | < 1～3.5日間 | < 1～3.5日間 |
| 1ランあたりのヒトゲノム* | 最大6 | 最大12 |
| 1ランあたりのエクソーム† | 最大48 | 96まで |
| ランあたりのトランスクリプトーム‡ | 50まで | 最大100 |
イルミナPhiXコントロールライブラリーに基づく仕様を、サポートされているクラスター密度（1310～1524 K/mm 2パスフィルター）でインストールします。ランタイムはシーケンスのみに対応します。性能は、サンプルの品質、クラスター密度、その他の実験的要因によって異なる場合があります。
*ヒトゲノムを>30倍カバーすると仮定。
†2 × 75 bpリードを用いて、ターゲットの80%で100×カバレッジを想定。
‡サンプルあたり5,000万リードを想定。
HiSeq 3000/HiSeq 4000システムの評価
ランあたり最大15億Tbと50億リードを生成します。HiSeq 3000/HiSeq 4000シーケンスシステムの詳細はこちら。
スペックシートを見る主要なテクノロジー
1塩基合成（SBS）テクノロジー
HiSeq 3000/HiSeq 4000システムは、業界 で最も広く採用されている次世代シーケンサー（NGS）テクノロジーであるSequence by Synthesis（SBS）テクノロジーを活用して、高いデータ品質を確保しています。SBSは、イルミナのすべてのシーケンスプラットフォームで採用されている実績のあるテクノロジーです。このテクノロジーは、独自の蛍光標識可逆的ターミネーター法を用いて、超並列シーケンスをサポートします。
パターン化フローセルテクノロジー
HiSeq 3000/HiSeq 4000システムは、革新的なパターン化フローセルテクノロジーを採用しており、多様なシーケンスアプリケーションに並外れたレベルのスループットを提供します。パターン化フローセルでは数十億ものナノウェルが固定された位置に存在するため、クラスター間隔が調整できます。これにより、シーケンスリード数とシステムの総出力を飛躍的に向上させることができました。