MiSeq仕様
クラスター形成とシーケンス
| MiSeq試薬キットv2 | MiSeq Reagent Kit v3 | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| リード長 | 1 × 36 bp | 2 × 25 bp | 2 × 150 bp | 2 × 250 bp | 2 × 75 bp | 2 × 300 bp |
| 合計時間* | 約4時間 | ～5.5時間 | ～24時間 | ～39時間 | ～21時間 | ～56時間 |
| 出力 | 540～610 Mb | 750～850 Mb | 4.5～5.1 Gb | 7.5～8.5 Gb | 3.3～3.8 Gb | 13.2～15Gb |
| MiSeq Reagent Kit v2 Micro | MiSeq Reagent Kit v2 Nano | ||
|---|---|---|---|
| リード長 | 2 × 150 bp | 2 × 250 bp | 2 × 150 bp |
| 合計時間* | ～19時間 | ～28時間 | ～17時間 |
| 出力 | 1.2 Gb | 500 Mb | 300 Mb |
* 合計時間には、デュアルサーフェススキャンが可能なMiSeqシステムのクラスター生成、シーケンス、およびベースコーリングが含まれます。
パスフィルターの読み取り**
| MiSeq試薬キットv2 | MiSeq Reagent Kit v3 | MiSeq Reagent Kit v2 Micro | MiSeq Reagent Kit v2 Nano | |
|---|---|---|---|---|
| シングルリード | 1,200万～1,500万 | 2,200万～2,500万 | 400万 | 100万 |
| ペアエンドリード | 2,400万～3,000万 | 4,400万～5,000万 | 800万 | 200万 |
** 対応するクラスター密度（865～965 k/mm v2ケミストリー用のフィルターを通過する2クラスター、および1200-1400 k/mm v3ケミストリー用のフィルターを通過する2クラスター）でイルミナPhiXコントロールライブラリーに基づく仕様をインストールします。実際の性能パラメーターは、サンプルタイプ、サンプル品質、フィルターを通過するクラスターによって異なる場合があります。
クオリティスコア†
| MiSeq試薬キットv2 | MiSeq Reagent Kit v3 |
|---|---|
| > 1 × 36 bpでQ30よりQ30%高い塩基 | > 2 × 75 bpでQ30より85%高い塩基 |
| > 2 × 25 bpでQ30より90%高い塩基 | > 2 × Q30でQ30より70%高い塩基 |
| > 2 × 150 bpでQ30より80%高い塩基 | |
| > 2 × 250 bpでQ30より75%高い塩基 |
† クオリティスコア（Qスコア）は、ベースコールにおけるエラー確率の予測指標です。Q30超の塩基のパーセンテージは全体のランの平均です。
主要なテクノロジー
1塩基合成反応（SBS）テクノロジー
MiSeqシステムでは、イルミナの実績あるSBSテクノロジーを採用しているため、さまざまなアプリケーションで傑出した高品質かつ高精度なデータが得られます。 SBSでは、蛍光標識したヌクレオチドを使用する可逆的ターミネーター法により、伸長しているDNA鎖に取り込まれる塩基を1塩基単位で検出します。
ペアエンドシーケンステクノロジー
ペアエンドシーケンスでは、DNA断片の両端をシーケンスできます。 各ペアリード間の距離は既知であるため、この情報をアライメントアルゴリズムで使用してリードをマッピングできます。 このテクノロジーは、シーケンスが困難なゲノムの反復領域間で特に有効です。