クラスター形成とシーケンス
| MiSeq Reagent Kit v2 | MiSeq Reagent Kit v3 | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| リード長 | 36bp × 1 | 25bp × 2 | 150bp x 2 | 250bp x 2 | 75bp × 2 | 300bp x 2 |
| ラン時間* | ～4時間 | ～5.5時間 | ～24時間 | ～39時間 | ～21時間 | ～56時間 |
| 出力 | 540～610Mb | 750～850Mb | 4.5～5.1Gb | 7.5～8.5Gb | 3.3～3.8Gb | 13.2～15Gb |
| MiSeq Reagent Kit v2 Micro | MiSeq Reagent Kit v2 Nano | ||
|---|---|---|---|
| リード長 | 150bp x 2 | 250bp x 2 | 150bp x 2 |
| ラン時間* | ～19時間 | ～28時間 | ～17時間 |
| 出力 | 1.2Gb | 500Mb | 300Mb |
* ラン時間には、デュアルサーフェススキャン対応のMiSeqシステムにおけるクラスター形成、シーケンス、ベースコールまでが含まれます。
パスフィルターリード数**
| MiSeq Reagent Kit v2 | MiSeq Reagent Kit v3 | MiSeq Reagent Kit v2 Micro | MiSeq Reagent Kit v2 Nano | |
|---|---|---|---|---|
| シングルリード | 1,200万～1,500万 | 2,200万～2,500万 | 400万 | 100万 |
| ペアエンドリード数 | 2,400万～3,000万 | 4,400万～5,000万 | 800万 | 200万 |
** 据付けはイルミナPhiXライブラリーを使用し、サポート内のパスフィルターのクラスター密度（MiSeq v2試薬キットの場合は865-965k/mm2、MiSeq v3試薬キットの場合は1200-1400k/mm2）で実施します。 実際のパフォーマンス項目は、サンプルの種類、クオリティ、そしてパスフィルタークラスターに依存します。
クオリティスコア†
| MiSeq Reagent Kit v2 | MiSeq Reagent Kit v3 |
|---|---|
| 36bp x 1の場合、Q30以上の塩基が90%以上 | 75bp x 2の場合、Q30以上の塩基が85%以上 |
| 25bp x 2の場合、Q30以上の塩基が90%以上 | 300bp x 2の場合、Q30以上の塩基が70%以上 |
| 150bp x 2の場合、Q30以上の塩基が80%以上 | |
| 250bp x 2の場合、Q30以上の塩基が75%以上 |
† クオリティスコア（Qスコア）は、ベースコールにおけるエラー確率の予測指標です。 Q30以上の割合はラン全体の平均値を示します。
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主要なテクノロジー
1塩基合成反応（SBS）テクノロジー
MiSeqシステムでは、イルミナの実績あるSBSテクノロジーを採用しているため、さまざまなアプリケーションで傑出した高品質かつ高精度なデータが得られます。 SBSでは、蛍光標識したヌクレオチドを使用する可逆的ターミネーター法により、伸長しているDNA鎖に取り込まれる塩基を1塩基単位で検出します。
ペアエンドシーケンステクノロジー
ペアエンドシーケンスでは、DNA断片の両端をシーケンスできます。 各ペアリード間の距離は既知であるため、この情報をアライメントアルゴリズムで使用してリードをマッピングできます。 このテクノロジーは、シーケンスが困難なゲノムの反復領域間で特に有効です。