主要なアプリケーションと手法
微生物のゲノムを詳細に表示できます。 小規模ゲノムシーケンスでは、公衆衛生、疫学、および疾患研究の目的で微生物やウイルスのゲノムを網羅的に解析します。 MiSeqのランあたり最大24の小規模ゲノムシーケンスが可能です。
MiSeqシステムでの小規模ゲノムシーケンスで微生物ゲノミクス研究を行っている事例をご覧ください。
Library Prep
90 mins/15 mins hands-on
Nextera XT Library Prep Kit
Prepare sequencing libraries for small genomes, PCR amplicons, and plasmids in less than 90 min, with a low DNA input requirement.
Sequence
56 hours/15 mins hands-on
MiSeq Reagent Kit v3 600 cycles
Optimized chemistry to increase cluster density and read length, and improve sequencing quality scores, compared to earlier kit versions.
Analyze
3 hours
SPAdes Genome Assembler
Open source tool for de novo sequencing, designed to assemble small genomes from MDA single-cell and standard bacterial data sets.
Browse Sample Datasets on Basespace Sequence Hub:
MiSeq Small Genome Data
サンプルあたりの推定コスト： 98ドル*
*MiSeqシステムでの小規模全ゲノムシーケンスのサンプルあたりの推定コスト（2016年）。推定条件：5Mbゲノム、50～100xカバレッジ、300bp x 2リード長、Nextera XTサンプル調製キット、MiSeq Reagent Kit v3（600サイクル）
ターゲットリシーケンスは研究の対象となる遺伝子やゲノム領域の一部のみのシーケンス解析、時間とコストに着目した手法です。 PCRアンプリコンの超ディープシーケンスのアンプリコンシーケンスはコスト効率が高く、1つのアッセイで最大数百ものターゲットゲノム領域を解析できます。 1回のMiSeqランで最大96サンプルおよび1536アンプリコン、またはそれ以上をシーケンスできます。
MiSeqシステムでのアンプリコンシーケンスの使用事例をご覧ください。
Library Prep
8 hours/4 hours hands-on
TruSeq Custom Amplicon Low Input Kit
This scalable amplicon sequencing solution delivers sensitive and specific results from both low-input and formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) DNA samples.
Sequence
24 hours/15 mins hands-on
MiSeq Reagent Kit v2 (300 cycles)
MiSeq sequencing reagents in pre-filled, ready-to-use cartridges. Micro and nano formats are available for low output applications.
Analyze
3 hours
TruSeq Amplicon BaseSpace App
The TruSeq Amplicon workflow enables variant detection and streamlined analysis of Illumina TruSeq Amplicon panels.
サンプルあたりの推定コスト： 90ドル*
*MiSeqシステムでのターゲットリシーケンスのサンプルあたりの推定コスト（2016年）。推定条件：400アンプリコンパネル、500xカバレッジ、TruSeq Custom Amplicon Low Input Kit、MiSeq Reagent Kit v2（300サイクル）
16SリボソームRNA（rRNA）遺伝子のシーケンスは培養を必要としない手法で、研究が難しい複雑な微生物群または環境から得た細菌群を同定および比較します。 16S rRNAシーケンス用の実証されたプロトコールで、実験結果から効果的な推量を行うことができます。 マルチプレックスにより、MiSeqランあたり最大96サンプルをシーケンスできます。
MiSeqシステムを利用してメタゲノミクス研究を加速する方法をご覧ください。
Library Prep
3 hours/30 mins hands-on
Nextera XT Index Kit v2
Nextera XT index kits allow for up to 384 uniquely indexed samples to be pooled and sequenced on a single sequencing run.
Sequence
56 hours/15 mins hands-on
MiSeq Reagent Kit v3 (600 cycles)
Optimized chemistry to increase cluster density and read length, and improve sequencing quality scores, compared to earlier kit versions.
Analyze
3 hours
16S Metagenomics BaseSpace App
Performs taxonomic classification of 16S rRNA targeted amplicon reads using an Illumina-curated version of the GreenGenes taxonomic database.
Browse Sample Datasets on BaseSpace Sequence Hub:
16S Metagenomic Sequencing Run
16S Metagenomic Sequencing Project
サンプルあたりの推定コスト： 18ドル*
*MiSeqシステムでの16S rRNAシーケンスのサンプルあたりの推定コスト（2016年）。推定条件：96サンプル、300bp x 2リード長、Nextera XTインデックスプライマー、MiSeq Reagent Kit v3（600サイクル）
その他のアプリケーションと手法
ターゲットRNA-Seqによる遺伝子発現解析
ターゲットRNAシーケンス（RNA-Seq）では、関心のある特定の転写産物を選択して、遺伝子発現の解析および融合遺伝子の同定に使用します。
アプリケーションノート
MiSeqシステム向けのTruSeqターゲットRNA発現ソリューション
研究者の声
ターゲット遺伝子パネル
ターゲット遺伝子シーケンスパネルには、特定の関心遺伝子に絞り込んだ既定のプローブセットが含まれています。 固定パネルとカスタムパネルの両方を利用できます。
研究者の声
De Novoシーケンス
次世代シーケンス（NGS）を使ったDe Novoシーケンスにより、リファレンスゲノムを使わない、高速で精確な種の特性評価が可能になります。
アプリケーションノート
miRNA解析およびSmall RNA解析
microRNAなどの低分子RNA種を単離およびシーケンスし、遺伝子サイレンシングおよび転写後制御におけるノンコーディングRNAの役割を調べます。
シーケンスによるジェノタイピング
シーケンスによるジェノタイピングとは、新たな動植物SNPを発見してジェノタイピング研究を行なうための、低コストな遺伝学的スクリーニング手法です。
アプリケーションノート
ChIP-Seqを使用した、DNA-タンパク質相互作用解析
クロマチン免疫沈降アッセイとシーケンスを融合し、ChIP-Seqはゲノムワイド遺伝子調節解析のパワフルな手法となります。
研究者の声
サンプル品質管理
シーケンスライブラリーを大規模なランで本格的に使用する前にその品質を評価します。または、生物生産研究用の品質管理アプリケーションを実行します。
研究者の声
イルミナのNGS活用ガイド
必要な情報にアクセスする-ゲノム、トランスクリプトーム、エピゲノムライブラリーの調製からシーケンサー選択、解析、サポートまで-すべてをここに。 研究アプリケーションに特化して作成された総合的なカタログであなたのラボに最適なツールをご選択ください。
資料請求