MiSeqのアプリケーションと手法
主要なアプリケーションと手法
最も小さな生物の詳細なゲノムビューを取得します。小規模ゲノムシーケンスは、公衆衛生、疫学、疾患研究のための微生物またはウイルスゲノムの包括的な解析を提供します。MiSeqランあたり最大24の小さなゲノムをシーケンスします。
微生物ゲノミクス研究のためにMiSeqシステムで他の研究者がどのように小規模ゲノムシーケンスを使用しているかをご覧ください。
ライブラリー調製
90分／15分のハンズオン
Nextera XT Library Prep Kit
DNAローインプット要件で、小規模ゲノムPCRアンプリコンおよびプラスミド用のシーケンス対応ライブラリーを90分未満で調製します。
Illumina DNA Prep
ヒト全ゲノムシーケンスからアンプリコン、プラスミド、微生物の種まで、広範囲のアプリケーション用の迅速な統合ワークフロー。
シーケンス
56時間／15分のハンズオン
MiSeq Reagent Kit v3 600サイクル
以前のキットバージョンと比較して、クラスター密度とリード長を増加させ、シーケンス品質スコアを向上させるために 化学を最適化。
解析
3時間
SPAdesゲノムアセンブラー
デノボシーケンス用のオープンソースツールで、MDAシングルセルおよび標準細菌データセットから小さなゲノムを組み立てるように設計されています。
TELLSeqアプリ
Tell-ReadおよびTell-Linkアプリは、de novo WGSのアセンブリの読み取りと作成を行います。
Basespace Sequence Hubのサンプルデータを閲覧する（ログインが必要）：
MiSeq小ゲノムデータ
サンプルあたりの推定コスト：$98*
*MiSeqシステム上の小さな全ゲノムシーケンスは、5 Mbゲノム、50-100Xカバレッジ、2 x 300 bpリード長、Nextera XT Library Prep Kit、MiSeq Reagent v3 600サイクルキットに基づく、2016年に計算されたサンプルあたりの推定コストです
ターゲットリシーケンスは、研究対象の遺伝子 またはゲノム領域のサブセットのみのシーケンスに時間、費用、および解析を集中させます。PCRアンプリコンの超ディープシーケンスであるアンプリコンシーケンスは、1回のアッセイで数百ものターゲットゲノム領域の費用対効果の高い解析を可能にします。1回のMiSeqランで最大96サンプルおよび1536アンプリコン以上のシーケンスが可能です。
アッセイデザインとライブラリー調製
5～7時間
AmpliSeq for Illumina Sequencing Solution
一回の実行で数種～数百種の遺伝子を範囲とするターゲットに使用するための、高度にマルチプレックス化されたポリメラーゼ連鎖反応（PCR）に基づくワークフロー
DesignStudioソフトウェア
シーケンス
17～32時間
MiSeq Reagent Kit v2（300サイクル）
MiSeqシーケンス試薬は、充填済みですぐに使用できるカートリッジに入っています。低出力アプリケーションには マイクロフォーマットとナノフォーマットが利用可能です。
データ解析
3時間
Local Run Manager
シーケンスランの作成、ランのステータス監視、データ解析のためのオンプレミス型ソフトウェアソリューションです。
BaseSpace Sequence Hub
NGSデータの解析と管理を行うイルミナのゲノミクスクラウドコンピューティング環境。
BaseSpace Variant Interpreter
研究者がヒトゲノムデータから生物学的に重要なバリアントを迅速に同定できるようにします。
16SリボソームRNA（rRNA）遺伝子のシーケンスは、複雑な微生物叢や研究が困難な環境からの細菌を同定して比較するための培養不要の手法です。当社の 16S rRNAシーケンスの実証 済み プロトコール は、お客様の実験から推測を排除するのに役立ちます。マルチプレックスでは、MiSeqランごとに最大96サンプルをシーケンスできます。
他の研究者がどのようにMiSeqシステムを使用してメタゲノミクス研究を強化しているかをご覧ください。
ライブラリー調製
3時間／30分のハンズオン
Nextera XT Index Kit v2
Nextera XTインデックスキットでは、1回のシーケンスランで最大384のユニークにインデックス化されたサンプルをプールしてシーケンスすることができます。
シーケンス
56時間／15分のハンズオン
MiSeq Reagent Kit v3（600サイクル）
以前のキットバージョンと比較して、クラスター密度とリード 長を増加させ、シーケンス品質スコアを向上させるために最適化された ケミストリー。
解析
3時間
16S Metagenomics BaseSpaceアプリ
GreenGenes分類学的データベースのイルミナ精選版を用いて、16S rRNAターゲットアンプリコン解読の分類学的手法を実施します。
BaseSpace Sequence Hubのサンプルデータを閲覧する（ログインが必要）：
16Sメタゲノムシーケンスラン
16Sメタゲノムシーケンスプロジェクト
サンプルあたりの推定コスト：$18*
*MiSeqシステム16S rRNAシーケンスは、96サンプル、2 x 300 bpリード長、Nextera XTインデックスプライマー、MiSeq Reagent v3 600サイクルキットに基づく、2016年に計算されたサンプルあたりの推定コストです
オーストラリアではNGSが種の研究を促進しています
ハイスループットシーケンスは、Deakin Genomics Centerで農業、水産養殖、生物多様性、保全研究をサポートする道を切り開いています
インタビューを読むその他のアプリケーションと手法
ターゲットRNA-Seqによる遺伝子発現解析
ターゲットRNAシーケンス（RNA-Seq）は、遺伝子発現の解析と融合遺伝子の同定に使用される特定の目的の転写産物に焦点を当てています。
アプリケーションノート
MiSeqシステム用のTruSeqターゲットRNA発現ソリューション
研究者のインタビュー
ターゲット遺伝子パネル
ターゲット遺伝子シーケンスパネルには、特定の関心遺伝子に焦点を合わせたプローブセットが含まれています。事前に設計されたパネルとカスタムパネルの両方が利用可能です。
研究者のインタビュー
De Novoシーケンス
次世代シーケンサー（NGS）によるデノボシーケンスにより、リファレンスゲノムなしで種を高速かつ正確に特性評価できます。
アプリケーションノート
miRNAおよびSmall RNA解析
マイクロRNAなどの小さなRNA種を単離してシーケンスし、遺伝子サイレンシングと転写後制御におけるノンコーディングRNAの役割を研究します。
ChIP-Seqを用いたDNA-タンパク質相互作用解析
クロマチン免疫沈降（ChIP）アッセイとシーケンサーを組み合わせたChIPシーケンス（ChIP-Seq）は、全ゲノムの遺伝子制御調査を行うための強力な手法です。
研究者インタビュー
品質管理
フルスケールランを実行する前に、バイオ生産研究の品質管理(QC)アプリケーションを実行したり、シーケンスライブラリーの品質を評価したりすることができます。
研究者インタビュー
検査法ガイド
BeadChipアレイから、ゲノム、トランスクリプトーム、またはエピゲノム研究のためのライブラリーの準備、シーケンサーの選択、解析、サポートまで、すべて1か所で必要な情報にアクセスできます。研究用途に応じて特別に設計された包括的なガイドを使用して、ラボに最適なツールを選択してください。
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