品質管理のためのiSeq 100システムの使用
Texas A&M AgriLifeのゲノミクスおよびバイオインフォマティクス担当ディレクターであるCharlie Johnsonが、品質管理のためにiSeq 100シーケンスシステムとNovaSeq 6000シーケンスシステムをどのように組み合わせているか、そしてiSeq 100システムがワークフローに不可欠になった理由について語ります。
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イルミナの次世代シーケンサー(NGS)テクノロジーのパワーを、ラボですぐに利用できる、使いやすく安価なエコシステムで活用します
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イルミナのポートフォリオの中で最も手頃な価格のコンパクトなベンチトップシーケンスシステムの舞台裏をご覧になり、ラボでNGSのパワーを活用するのがいかに簡単かをご覧ください。
相補的金属酸化膜半導体(CMOS)テクノロジーのスピードと手頃な価格、および合成によるシーケンス(SBS)ケミストリーの精度を活用して、iSeq 100システムは事実上すべてのラボが強力なNGSテクノロジーを取得できるようにします。
iSeq 100システムは、qPCRやサンガーシーケンスと比較して、より高いデータ分解能とより深いカバレッジを提供することで、結果を得るまでの時間を短縮し、ハンズオンステップを減らすことで、バリアントまたは低頻度アリルの呼び出しに対する高い統計的信頼性を実現します。1,2
iSeq 100システムは、大規模なシーケンスシステムやアウトソーシングと比較して、小規模のラン、アウトソーシングからの独立性、シーケンスプロセスの最初から最後までの制御を迅速かつコスト効率良く実現します。
iSeq 100システムは、サポートされる最長リード長で最大1.2 Gbの出力を備え、スモールゲノムシーケンス、ターゲット遺伝子シーケンス、遺伝子発現プロファイリングなど、DNAおよびRNAシーケンスの幅広いアプリケーションに対応する高速マルチプレックスシーケンスを提供します。
ViromicsのラボラトリーリードサイエンティストであるWestmead Institute for Medical ResearchのJohn-Sebastian Eden博士は、シーケンスプロジェクトを社内に持ち込んできました。iSeq 100システムを決定した理由と方法をご覧ください。
iSeq 100システムは、迅速で費用対効果の高い遺伝子解析を行うあらゆるラボに最適な、包括的で合理化されたワークフローです。
Clarity LIMSソフトウェアまたは既存のLIMSシステムでワークフローをシームレスに管理できます。
ハイパフォーマンスなライブラリー調製キットで、さまざまなアプリケーション用のライブラリーを調製します。
すぐに使える試薬でシーケンスを生成し、わずか9.5時間で合成ケミストリーによる実績のあるイルミナシーケンスを実現します。
装置上のソフトウェア、Local Run Manager、およびタッチスクリーンインターフェースを使用してシーケンスランを監視および解析します。
BaseSpace Sequence Hubにあるアプリを使用して、結果を解釈し、共有します。
iSeq 100システムは、1ランあたり最大1.2 Gbの出力範囲、最適化されたライブラリー調製キット、高解像度と分析感度を備え、スモールゲノムシーケンス、16Sメタゲノミクス研究、遺伝子編集検証など、幅広いアプリケーションに対応する汎用性の高いオプションです。
Texas A&M AgriLifeのゲノミクスおよびバイオインフォマティクス担当ディレクターであるCharlie Johnsonが、品質管理のためにiSeq 100シーケンスシステムとNovaSeq 6000シーケンスシステムをどのように組み合わせているか、そしてiSeq 100システムがワークフローに不可欠になった理由について語ります。
実証済みのアンプリコンケミストリーは、がん関連のターゲットリシーケンスアプリケーションのための業界をリードするシーケンステクノロジーと融合しています。
iSeq 100 システム |
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ランタイム | 9~19時間 | 4~24時間 | 5~55時間 |
1ランあたり最大アウトプット | 1.2 Gb | 7.5 Gb | 15 Gb |
ランあたりの最大シングルリード数 | 4M | 25M a | 25Mb |
最大リード長 | 2 × 150 bp | 2 × 150 bp | 2 × 300 bp |
データ解析サービスc | BaseSpace Sequence Hub、Illumina Connected Analytics、オンプレミスDRAGENサーバー | BaseSpace Sequence Hub、Illumina Connected Analytics、オンプレミスDRAGENサーバー | BaseSpace Sequence Hub、Illumina Connected Analytics、オンプレミスDRAGENサーバー |
a. MiniSeq High Output Reagent Kitのみ。
b. MiSeq Reagent Kit v3のみ。
c. 専用DRAGENサーバーはイルミナシーケンスシステムとペアになっており、イルミナランマネージャーを使用したシーケンスランの一環として二次解析の計画に使用できます。オンプレミスのDRAGEN サーバーは、シーケンスシステムと直接接続していませんが、コマンドラインを介してIlluminaシーケンスシステムからデータを取り込み、処理することができます。
次世代シーケンサー(NGS)について学び、シーケンスプロジェクトを開始するのに適した製品を選択するための教育リソースとサポートリソースを見つけてください。
ステップバイステップのガイドとトレーニングビデオを使用して、iSeq 100システムを開始する方法を学びます。ラボにNGSを持ち込むのがいかに簡単かをご覧ください。
NGSデータ解析プロセスでは、ほとんどの手作業が取り除かれました。Local Run ManagerソフトウェアはすべてのiSeq 100システムにインストールされ、装置上のデータ解析を自動的に実行します。このソフトウェアには、シーケンスランの開始、ランステータスのモニタリング、結果の表示、およびデータの解析のための使いやすいタッチスクリーンインターフェースがあります。
iSeq 100システムは自分で簡単にインストールできます。開始にあたっては、さまざまなサポートリソースを利用できます。イルミナのサイエンティストとエンジニアは、オンラインまたは対面でサポートとトレーニングを提供し、ラボのスタッフが迅速に作業を開始できるよう支援します。長期メンテナンスの場合、システムには1年間の保証が付いており、ダウンタイムを最小限に抑えるために交換機器またはフィールドサービスエンジニアのサポート(地域によって異なります)が含まれます。
参考文献
この小型で強力なベンチトップシーケンスシステムのメリットをラボが享受できるかどうかの判断にサポートを受けてください。iSeq 100システムの詳細については、今すぐお問い合わせください。
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