iSeq 100のアプリケーションと方法
主要なアプリケーションと手法
ターゲットDNAシーケンスでは、選択した遺伝子群または関連遺伝子領域に焦点を絞り、コスト効率の良い体系的な変異検出を実現できます。iSeq 100システムでのターゲットリシーケンスでは、効率化されたワークフローを用いて精度の高い再現性のあるデータが得られます。iSeq 100システムは、専門家により選定されたコンテンツの固定パネルやユーザーが定義したカスタム遺伝子パネルなど、さまざまなNGS試験デザインに対応しています。
アプリケーションノート：
ライブラリー調製
合計1.5時間、内操作時間は15分
AmpliSeq for Illumina Cancer HotSpot Panel v2
がんとの関連が判明している50の遺伝子のホットスポット領域を調べるためのターゲットパネル。
AmpliSeq for Illumina Focus Panel
固形腫瘍との関連が判明している52遺伝子を調べるためのDNAおよびRNAのターゲットパネル。
AmpliSeq for Illumina BRCA Panel
BRCA1 および BRCA2 の体細胞バリアントや生殖細胞バリアントを調べるためのターゲットパネル。
AmpliSeq for Illumina Immune Response Panel
腫瘍と免疫系の相互作用に関与する395遺伝子を調べるためのターゲットRNA発現パネル。
AmpliSeq for Illumina Custom DNA Panel
特定のターゲットまたは目的のゲノムコンテンツに最適化されたターゲットカスタムパネル。
微生物の全ゲノムシーケンスは、新規微生物のゲノムのマッピング、既知微生物のゲノムフィニッシング、または複数のサンプルにわたってゲノムを比較するための重要なツールです。また、全ゲノムシーケンスは、正確なレファレンスゲノムの生成、微生物同定および他の比較ゲノム研究にとって重要です。
アプリケーションノート：
ライブラリー調製
合計1.5時間、内操作時間は15分
Nextera DNA Flex Library Prep Kit
ヒト全ゲノムシーケンスからアンプリコン、プラスミド、そして微生物種までの幅広いアプリケーションに対応した迅速な統合ワークフロー。
データ解析
1–2 時間
Local Run Manager (Resequencing Analysis Module)
装置内でデータ解析を自動的に実行します。リードをアライメントし、小規模ゲノムの全ゲノムシーケンスで得られたデータのバリアント解析を行います。
BaseSpace Sequence Hub
下流のデータ解析と保管に役立ちます。
ウイルスの全ゲノムシーケンスは、新規微生物のゲノムのマッピング、既知微生物のゲノムフィニッシング、または複数のサンプルにわたってゲノムを比較するための重要なツールです。次世代シーケンサー（NGS）テクノロジーを用いたRNAシーケンス（RNA-Seq）は、転写物全体をアノテーションし、定量化するための標準的な手法となっています。
ライブラリー調製
合計1.5時間、内操作時間は15分
Nextera DNA Flex Library Prep Kit
ヒト全ゲノムシーケンスからアンプリコン、プラスミド、そして微生物種までの幅広いアプリケーションに対応した迅速な統合ワークフロー。
データ解析
1–2 時間
Local Run Manager (Resequencing Analysis Module)
装置内でデータ解析を自動的に実行します。リードをアライメントし、小規模ゲノムの全ゲノムシーケンスで得られたデータのバリアント解析を行います。
BaseSpace Sequence Hub
下流のデータ解析と保管に役立ちます。
その他のアプリケーションと手法
Library QC
Assess the quality and composition of your pooled NGS library on the iSeq 100 before committing to a full scale run on higher throughput sequencing systems.
iSeqTM 100システムを用いたシングルセル遺伝子発現ライブラリーのQCおよびリバランシング
NextSeqTM 550システムやNovaSeqTM 6000システムで高い深度のランを行う前に、マルチプレックスしたシングルセルライブラリーの重要なメトリクスを評価することで品質を評価し精度の高いリバランシングが可能になります。
ターゲットRNA-Seqによる遺伝子発現解析
ターゲットRNAシーケンス（RNA-Seq）は、関心のある特定の転写産物に焦点を当てます。遺伝子発現を解析し、融合遺伝子を特定するのに使用されます。mRNAシーケンス（mRNA-Seq）では、正確で包括的な発現プロファイルを実現するため、既知と新規の転写産物を検出し、その存在量を測定します。
16S rRNAシーケンス
培養を必要としない手法により、研究が難しい複雑な微生物または環境から得た細菌を同定および比較します。
ターゲット遺伝子パネル
ターゲット遺伝子シーケンスパネルには、関心のある特定の遺伝子にフォーカスした規定のプローブセットが含まれています。固定パネルとカスタムパネルの両方を利用できます。
Small Whole-Genome Sequencing
Small genome sequencing provides comprehensive analysis of bacterial, viral, and other microbial genomes for epidemiology and disease studies.