3'-Seq
3'-Seq
3'-Seqは、幅広いヒト組織タイプにおいて、3'-UTRアイソフォームの存在量を定量的に測定するように設計されています。第一のcDNA鎖は、ストレプトアビジンでコーティングされた磁気ビーズに結合したVNアンカー（VはdA、dC、またはdG）、P5アダプター配列、ウリジン、およびビオチンを含むオリゴ（dT）プライマーを使用して、全RNAを逆転写することによって生成されます。2番目のcDNA鎖は、DNAポリメラーゼIを使用して合成されます。DNAポリメラーゼIでニック翻訳を開始するには、RNase HIIを使用してウリジンにニックを導入します。これにより、3'末端から50～75塩基離れた別のニックが形成されます。新しいニックの位置に鈍端が形成され、この位置に二本鎖P7アダプターが結紮されます。二本鎖cDNAはPCR増幅され、精製され、シーケンスの準備が整います。
長所：
- 3'UTRアイソフォームの存在量を測定し、複数の組織タイプにおけるタンパク質発現の差を検出
短所：
- 技術的に困難。ニックトランスレーションには正確な条件が必要です