ProP-PD/PDZ-Seq
ProP-PD/PDZ-Seq
プロテオミクスペプチド-ファージディスプレイ（ProP-PD）は、短い線形モチーフ（SLiM）相互作用またはPDZドメイン（PDZ-Seq）を特定するプロトコールです。この方法では、C末端シーケンスが最初に同定され、オリゴライブラリーが作製され、続いてファージディスプレイライブラリーが構築され、これが固定化ベイトタンパク質にハイブリダイズされます。ベイトタンパク質と相互作用するディスプレイファージのシーケンスを単離し、シーケンスし、カウントします。ディープシーケンスは、特定のタンパク質と相互作用するモチーフに関する詳細な情報を提供します。
- ProP-PD：Ivarsson Y., Arnold R., McLaughlin M., Nim S., Joshi R., et al. （2014）ヒトおよびウイルスファージペプチドを使用したプロテオミクスペプチド-ファージ表示によるPDZドメインの大規模相互作用プロファイリング。Proc Natl Acad Sci U S A 111：2542-2547
- PDZ-Seq：Ernst A., Gfeller D., Kan Z., Seshagiri S., Kim P. M., et al. （2010）ハイスループットファージディスプレイとディープシーケンスによって解析されたPDZドメインとリガンドの相互作用の進化。Mol Biosyst 6：1782-1790