リード長とは？ シーケンスリード長は、シーケンスされた各DNA断片の長さ、および片端または両端からシーケンスされるかどうかを示すものです。たとえば、2 x 150 bpランでは、各DNA断片に対し、150塩基対の2つのリード（フォワードとリバース）が生成されます。リード長が長いほど、DNAシーケンスのリピートが広がる可能性が高くなりますが、リード長が短いほど、広範なゲノムカバレッジが不要な計数手法には費用対効果が高くなります。
MiSeq i100シリーズ仕様
迅速で柔軟性のあるシーケンス
短いランタイム、スケーラブルなアウトプット、卓越したデータ品質
様々なリード長におけるフローセルあたりのアウトプットa
| フローセルタイプ | 5Mb | 25Mb | 50Mc | 100Mc |
|---|---|---|---|---|
| 1 x 100 bp | — | 2.5 Gb | 5 Gb | 10 Gb |
| 2 x 150 bp | 1.5 Gb | 7.5 Gb | 15 Gb | 30 Gb |
| 2 x 300 bp | 3 Gb | 15 Gb | 30 Gb | — |
a. サポートされているクラスター密度でイルミナPhiXコントロールライブラリーに基づいた仕様。
b. 現在、5Mおよび25Mのフローセルが入手可能です。
c. 50Mおよび100Mのフローセルは、MiSeq i100 Plusシステムについてのみ2025年から利用可能になります。
フローセル当たりのパスフィルターリード
パスフィルターリードとは何ですか？ フィルターを通過するクラスターの割合で、各パスフィルタークラスターはリード（シングルエンドリード）または2リード（ペアエンドリード）を提供します。最初の25サイクルのうち、Chastity値が0.6未満のベースコールが1つ以下であった場合、そのクラスターはフィルターを通過します。シングルエンドランでは、一端からのみDNAをシーケンスして、経済的な代替品を提供します。ペアエンドランは、再配列や新規転写産物などの解析を容易にするために、DNA末端の両方をシーケンスします。
| フローセルタイプ | 5Mb | 25Mb | 50Mc | 100Mc |
|---|---|---|---|---|
| シングルリード | 5M | 25M | 50M | 1億 |
| ペアエンドリード | 10M | 50M | 1億 | 2億 |
a. Chastityは、最も明るい塩基強度の比率を、最も明るい塩基強度と2番目に明るい塩基強度の合計で割った値として定義されます。
b. 現在、5Mおよび25Mのフローセルが入手可能です。
c. 50Mおよび100Mのフローセルは、MiSeq i100 Plusシステムについてのみ2025年から利用可能になります。
クオリティスコアa
クオリティスコアとは？ クオリティスコアまたはQスコアとは、ベースコーリングにおけるエラーの発生率の予測です。Qスコアが高いほど、エラーが起きる確率が低いことを示します。品質スコアが30なら、エラー率は1000分の1で、対応するコール精度は99.9%です。
シーケンスデータ品質
| フローセルタイプ | 5Mb | 25Mb | 50Mc | 100Mc |
|---|---|---|---|---|
| 1 x 100 bp | Q30以上の塩基が90%以上 | |||
| 2 x 150 bp | Q30以上の塩基が90%以上 | |||
| 2 x 300 bp | Q30以上の塩基が85%以上 | |||
a. Q30以上の塩基の割合は、シーケンスラン全体にわたって平均化されます。
b. 現在、5Mおよび25Mのフローセルが入手可能です。
c. 50Mおよび100Mのフローセルは、MiSeq i100 Plusシステムについてのみ2025年から利用可能になります。
ランタイム
ランタイムとは？ ランタイムのシーケンスには、クラスター形成、オンボード変性、シーケンス、ベースコーリング、装置上のクオリティスコアリングが含まれます。
| フローセルタイプ | 5Ma | 25Ma | 50Mb | 100Mb |
|---|---|---|---|---|
| 1 x 100 bp | — | ～4時間 | ～4.5時間 | ～5時間 |
| 2 x 150 bp | ～7時間 | ～7時間 | ～７.5時間 | ～8時間 |
| 2 x 300 bp | ～15時間 | ～15時間 | ～15.5時間 | — |
a. 現在、5Mおよび25Mのフローセルが入手可能です。
b. 50Mおよび100Mのフローセルは、MiSeq i100 Plusシステムについてのみ2025年から利用可能になります。
主要アプリケーションの推定サンプルスループットa
サンプルスループットとは？ サンプルスループットとは、フローセルごとに1回のランでシーケンスできるサンプルの数です。
| フローセルあたりのサンプルの数 | |||||
| アプリケーション | サンプルあたりリード数 | 5Mb | 25Mb | 50Mc | 100Mc |
| トランスクリプトーム | |||||
| 3’遺伝子発現 | 1～5M | 1～5 | 5～25 | 10～50 | 25～100 |
| Targeted RNA panel | 1～5M | 1～5 | 5～25 | 10～50 | 25～100 |
| mRNA-Seq | 10～25M | — | 1～2 | 1～5 | 1～10 |
| トータルRNA-Seq | 50M | — | — | 1 | 1～2 |
| 微生物ゲノム | |||||
| Pathogen Detection | 0.5～1M | 1～10 | 1～50 | 1～100 | 1～200 |
| 16S アンプリコンシーケンス | 0.1～0.2M | 1～50 | 1～250 | 1～384 | 1～384 |
| シャローショットガンメタゲノミクス | 0.5～10M | 1～10 | 1～12歳 | 1～25 | 1～50 |
| ショットガンメタゲノミクス | 10～25M | — | 1～2 | 1～5 | 1～10 |
| 小規模全ゲノムシーケンス（WGS）d | 0.5M | 1～10 | 1～50 | 1～100 | 1～200 |
| ターゲット遺伝子シーケンス | |||||
| アンプリコンベースの | 0.1～50M | 1～5 | 1～250 | 1～384 | 1～384 |
| エンリッチメントベースの | 0.1～50M | 1～50 | 1～250 | 1～384 | 1～384 |
| ゲノム編集 | 0.1～50M | 1～50 | 1～250 | 1～384 | 1～384 |
| 免疫レパートリー | 2～25M | — | 1～12歳 | 1～25M | 1-50 |
| 品質管理 | |||||
| Library QC | > 0.02M | 最大384-プレックス | 最大384-プレックス | 最大384-プレックス | |
a. サンプルあたりのリード数とサンプルスループットは、パネルと希望するカバレッジに応じた推定値ですが、かなりばらつきがあります。
b. 現在、5Mおよび25Mのフローセルが入手可能です。
c. 50Mおよび100Mのフローセルは、MiSeq i100 Plusシステムについてのみ2025年から利用可能になります。
d. 平均5MBの細菌ゲノムの最低30×カバレッジに基づく、サンプルあたりの推定リード数。
装置の仕様
MiSeq i100シリーズ仕様a
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出力範囲b1.5～30 Gb
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ラン1回あたりのペアエンドリード10～200M
-
最大リード長2 x 300 bp
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ランタイム4以下〜15.5時間
a. サポートされているクラスター密度でイルミナPhiXコントロールライブラリーに基づいた仕様。
b. 100Mフローセル仕様に基づいた最大範囲。100Mフローセルは、MiSeq i100 Plusシステムのみが2025年から利用可能になります。
主要なテクノロジー
試薬は室温で出荷および保管され、すぐに使用できる状態であるため、シーケンス試薬のセットアップの時間が短縮されます。
XLEAP-SBS ケミストリーは、これまでで最強で、最高品質のシーケンスケミストリーです。
フローセルとフルイディクスを単一のカートリッジに統合することで、セットアップが簡素化され、洗浄が不要になります。
オンボードのMiSeq i100シリーズ、およびクラウドでの事前設計されたDRAGENパイプラインにより、データ解析が合理化されます。