BisChIP-Seq/ChIP-BS-Seq
BisChIP-Seq/ChIP-BS-Seq
BisChIP-seq、ChIP-BS-seq、およびChIP-BMSはすべて、基本的に同じ手法を指します。これは、クロマチン修飾またはクロマチン関連因子に関連するDNAメチル化パターンを評価するための直接的な定量的アプローチです。1
ChIPキャプチャーステップは、関心のあるエピジェネティックな特徴によって占められているゲノムの限定的な表現を得るために使用されます。捕捉されたDNA断片は、末端修復、メチル化アダプターを使用したアダプターライゲーション、バイサルファイト変換、PCR増幅、NGSに供されます。
長所：
- 高密度CpG領域およびリピート領域における5mCのゲノムワイドカバレッジ
- MBDタンパク質は5hmCと相互作用しない
短所：
- ゲノムワイドなCpGおよび非CpGメチル化をカバーせず、密度の低い5mCの領域を見逃す
- 他のメソッドではシングル塩基分解能がなかったのに対し、塩基対分解能は低い（約150 bp）
- タンパク質ベースの選択は、高メチル化領域に偏っています