ChIRP-Seq
ChIRP-Seq
ChIRPは一般的にChIRP-seqとも呼ばれ、ゲノム上の、例えばlncRNAなどのncRNAとそのタンパク質が結合する場所を検出するためのプロトコールです。この方法では、サンプルは最初に架橋され、超音波処理されます。ビオチン化タイリングオリゴは目的のRNAにハイブリダイズされ、複合体はストレプトアビジン磁気ビーズで捕捉されます。RNase Hで処理した後、DNAを抽出してシーケンスします。ディープシーケンスでは、単一塩基の分解能でlncRNA/タンパク質相互作用部位を決定できます。
長所：
- ゲノム上のあらゆる結合部位を同定
- 新しい結合部位の発見が可能
- 関心のある特定のRNAを選択可能
短所：
- 非特異的オリゴヌクレオチド相互作用は、結合部位の誤った解釈につながる可能性があります
- クロマチンは調製段階で破壊される可能性があります
- 関心のあるRNAのシーケンスがわかっていなければなりません
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