ミラ

ミラ

(MIRA)は、メチル化CpG結合タンパク質複合体(MBD2BおよびMBD3L1)の高い親和性を使用して、メチル化CpGジヌクレオチドで領域を濃縮します。このアプローチは、アレイベースのDNA解析とNGSシーケンスの両方に適用でき、MIRAチップとMIRA-Seqとして区別されることがあります。

MIRA手順では、断片化されたゲノムDNAを精製されたGST-MBD2Bタンパク質およびHis-MBD3L1タンパク質と共にインキュベートします。高親和性MBD2B/MBD3L1複合体は、メチル化ゲノムDNAテンプレートに結合します。メチル化されたゲノムDNA断片は、グルタチオンでコーティングされた磁気ビーズ上に捕捉されます。濃縮されたメチル化DNA画分は、NGSシーケンスによって増幅、標識、解析されます。

長所:
  • わずか1ngのインプットgDNAを必要とする高い特異性と感度
  • DNA変性が不要
  • 制限部位とは無関係
短所:
  • 解像度は100塩基に制限
  • キャプチャーした断片に最低2つのメチル化CpGが必要です1