シーケンスクオリティスコア

シーケンスにおけるクオリティスコアとは?

シーケンス品質スコアは、塩基が誤って呼び出される確率を測定します。合成によるシーケンス(SBS)テクノロジーでは、リードの各塩基に、サンガーシーケンス実験用に開発されたものと類似したフレッド様アルゴリズム1,2によるクオリティスコアが割り当てられます。

シーケンステクノロジーの動画
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イルミナSBSの仕組みをご覧ください。

Qスコアの定義

所与の塩基Qのシーケンス品質スコアは、以下の方程式によって定義されます。

 Q = -10log 10(e)

ここで、eはベースコールが間違っている確率の推定値です。

  • Qスコアが高いほど、エラーの確率が低くなります。
  • Qスコアが低いと、リードの大部分が使用できなくなる可能性があります。また、偽陽性バリアントコールの増加につながる可能性があり、不正確な結論につながる可能性があります。

クオリティスコアが20(Q20)の場合、エラー率は100分の1(100 bpのシーケンスリードごとにエラーが発生する可能性があることを意味します)で、対応するコール精度は99%です。 

シーケンス品質がQ30に達すると、エラーや曖昧さがなく、ほぼすべてのリードが完璧になります。そのため、Q30は次世代シーケンサー(NGS)の品質のベンチマークと見なされています。

SBSテクノロジーの概要

イルミナのテクノロジーにより、最適化されたSBSケミストリーで超並列シーケンスが可能になります。

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シーケンスクオリティスコアとベースコール精度の関係
クオリティスコア 不正確なベースコールの確率 推定ベースコール精度
10(Q10) 10分の1 90%
20(Q20) 100分の1 99%
30(Q30) 1000人に1人 >99.9%

イルミナシーケンスクオリティスコア

イルミナのシーケンスケミストリーは、Q30以上のスコアリングを行うほとんどの塩基で高精度を実現します。この精度レベルは、臨床研究を含むさまざまなシーケンスアプリケーションに最適です。

ランクオリティモニタリング

PhiXとは何か、またPhiXをイルミナNGSにおけるシーケンスラン品質モニタリングのインランコントロールとしてどのように使用できるかをご覧ください。

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クオリティスコアの詳細

シーケンス品質スコアの詳細については、以下のテクニカルノートをお読みください。

SBSテクノロジーの利点

実証済みの塩基コール精度と均一なカバレッジにより、ゲノム全体の安定した塩基コールが可能になり、結果に自信が持てます。

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次世代シーケンサー(NGS)

NGSと従来の手法の比較、テクノロジーの仕組み、そしてお客様にとって何ができるかをご覧ください。

NGS企業の選択

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NGS実験デザイン

シーケンスランの計画に役立つリード長、カバレッジ、その他の実験上の考慮事項について学びます。

参考文献
  1. Ewing B, Hillier L, Wendl MC, Green P.(1998年):フレッドを使用した自動シーケンサートレースのベースコーリング。I. 精度評価。Genome Res. 8(3):175-185
  2. Ewing B, Green P.(1998年):フレッドを使用した自動シーケンサートレースのベースコーリング。II. エラー発生確率。Genome Res. 8(3):186-194